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Cross-linking



  1. #1
    owas

    Cross-linking

    bjr, svp j'aimerai savoir à quoi servent le KCl et le PBS dans une réaction de cross-linking ou je regarde une interaction entre 2 protéines; sachant que les tampons de mes protéines contiennent du KCl? . mon mixte comprend: les protéines, du PBS 10?, le BMH( agent pontant) le KCl et H2O.
    j'aimerai aussi savoir à quoi sert le KCl dans une réaction d'interaction ADN-protéine( band shift)
    merci!

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    Zellus

    Re : Cross-linking

    Bienvenue !

    Dans pratiquement toutes les manips réalisées avec des protéines, il faut un sel (ici le KCl) pour éviter que les protéines précipitent, et un tampon (ici le PBS) qui permet de maintenir un pH constant pour pouvoir réaliser l'expérience dans de bonnes conditions. Et le pontage ne fait pas exception à la règle.
    du PBS 10?
    C'est une question ? C'est sans doute du PBS 10X, c'est-à-dire du PBS concentré qu'il faut diluer 10 fois pour tes manips.

  4. #3
    owas

    Re : Cross-linking

    merci Zellus pour ton éclaircissement! quand au PBS 10X ce n'est pas une question, je sais bien que c'est une solution à diluer 10 fois.c'est donc une erreur!
    par contre j'aimerai aussi savoir si c'est vrai que le KCl permet d'augmenter la force ionique? concernant un band shift( interaction ADN-protéines) le Tris joue t-il le rôle de tampon( comme le PBS) ?

  5. #4
    IngDr

    Re : Cross-linking

    Petite précision : en fait, le PBS est un tampon, mais il contient deja environ 150mM de sel, donc ce n'est pas juste de l'eau tamponnée. Les protéines seront donc stables dans une simple solution de PBS
    Par contre, comme il s'agit d'un pontage chimique, il faut éviter de ponter les protéines si elles n'intéragissent pas réellement, c'est à dire +/- fortement (sinon on a un mega complexe !). Avec le KCl on augmente la force ionique (effet chaotropique), et donc les interaction aspécifiques entre les 2 protéines sont diminuées. Ne sont conservées que les interactions fortes. Apres, c'est de manière +/- empirique qu'il faut déterminer la quantité de KCl nécessaire pour défaire l'intéraction.

    Pour le Tris, c'est un tampon, mais à la différence du PBS, il n'y pas pas de "sel". Donc il faut penser à en rajouter à ta manip pour ne pas dénaturer les protéines. Le tampon tris est utilisé en remplacement du PBS dans les manip ou la présence de tampon phosphate est inhibitrice (par exemple pour des kinations).

    Voila, je pense que ca répond à tes questions

  6. #5
    owas

    Re : Cross-linking

    merci pour vos éclairsissements!!!

  7. A voir en vidéo sur Futura

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