Elément régulateur du promoteur d'un géne

[julie29]

Bonjour' J'ai un souci comment sait on à quelle distance se trouve l'enhancer qui active le promoteur d'un gène connu!Peut on connaître la séquence ADN correspondante à ce enhancer Merci de me renseigner Impossible de le trouver Juju
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[Yoyo]

Bonjour julie,

Il n'y a pas de reponse generale a ta question car les enhancers peuvent aussi bien se trouver immediatement avant le promoteur (voir meme apres) que tres eloigne.
En revanche la technique "classique" pour identifier un enhancer est simple.
Tu effectues des deletions sequencielles de la region 5' au promoteur des que tu perds l'activite promoter (identifie par un gene rapporteur tel que lacZ ou luc) c'est que tu as touche une region importante pour la stimulation du promoteur. (Ca permet aussi de trouve les eventuels represseurs aussi puisque si tu deletes le represseur alors le promoter deviens superactif).

exemple

12345789 -promoteur- 100% d'activite
23456789-promoter- 100%
3456789-promoter- 90%
456789-promoter- 10%
56789-promoter- 10%
6789-promoter- 10%
ensuite tu fais:

1234-promter -90%
123-promoter -90
12-promoter- 10%
1-promoter -10%

dans cet exemple tu sais que ton enhencer est situe dans la region 3. C'est tres simplifie, en pratique faut faire attention car la distence entre l'enhancer et le promoter joue souvent un role important.
il ne te reste plus qu'a la sequencer pour en obtenir la sequence.

Yoyo

[Steph]

Moi j'ai compris la question autrement:

Notre amie a un gène connu dont elle voudrait connaître la position et la séquence de l'enhancer. Exact?

Stéphane

[Steph]

Si mon hypothèse est bonne, je suppose que tu pourrais faire des recherches dans Pubmed. Il est possible qu'il existe une méthode plus adaptée mais je ne suis pas bon en bioinformatique.

Stéphane

[Yoyo]

salut,

Si steph a raison ca va pas etre simple car il n'y a pas de moyen sur a 100% d'identifier une telle region sans experience!
Bon ceci dit il existe des programme qui vont te rechercher des motifs present sur l'ADn, si avec un peu de chance ton enhancer est quelquechose de deja connu tu devrais pouvoir le trouver de cette maniere la.

tu devrais toruver ce qu'il te faut ici : http://www.infobiogen.fr/services/menuserv.html

(dans le menu recherche de motifs)

une autre solution si ton gene est conserve entre differente espece, tu peux esperer que l'enhnance l'est aussi, alors un alignement des sequence les unes avec les autres devrait rapidement te montrer les regions fortement conservees.


Yoyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[Steph]

Voici l'adresse d'un site en anglais qui propose des méthodes prédictives de détermination de sites de régulation génique:

http://www.genomatix.de/genomics_tut..._analysis.html

Stéphane

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[Steph]

Voici l'adresse d'un site en anglais qui propose des méthodes prédictives de détermination de sites de régulation génique:
http://www.genomatix.de/genomics_tut..._analysis.html
Stéphane

Une autre adresse pas mal (c'est un fichier pdf):
http://genome.cbs.dtu.dk/~gorm/papers/ccrev-pre.pdf

Stéphane

[karkinos5]

slt je c pas si sa pourrai t'aider mais je c qe le complex de demarage TATA BOX se trv a 630 du nivo d'initiation (promoteur de pre demarage) bn courage

[karkinos5]

je corrige c : - 30 et non pas 630 'faute de frap)

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LXR