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Elément régulateur du promoteur d'un géne



  1. #1
    julie29

    Elément régulateur du promoteur d'un géne


    ------

    Bonjour' J'ai un souci comment sait on à quelle distance se trouve l'enhancer qui active le promoteur d'un gène connu!Peut on connaître la séquence ADN correspondante à ce enhancer Merci de me renseigner Impossible de le trouver Juju

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Yoyo
    coresponsable des forums

    Bonjour julie,

    Il n'y a pas de reponse generale a ta question car les enhancers peuvent aussi bien se trouver immediatement avant le promoteur (voir meme apres) que tres eloigne.
    En revanche la technique "classique" pour identifier un enhancer est simple.
    Tu effectues des deletions sequencielles de la region 5' au promoteur des que tu perds l'activite promoter (identifie par un gene rapporteur tel que lacZ ou luc) c'est que tu as touche une region importante pour la stimulation du promoteur. (Ca permet aussi de trouve les eventuels represseurs aussi puisque si tu deletes le represseur alors le promoter deviens superactif).

    exemple

    12345789 -promoteur- 100% d'activite
    23456789-promoter- 100%
    3456789-promoter- 90%
    456789-promoter- 10%
    56789-promoter- 10%
    6789-promoter- 10%
    ensuite tu fais:

    1234-promter -90%
    123-promoter -90
    12-promoter- 10%
    1-promoter -10%

    dans cet exemple tu sais que ton enhencer est situe dans la region 3. C'est tres simplifie, en pratique faut faire attention car la distence entre l'enhancer et le promoter joue souvent un role important.
    il ne te reste plus qu'a la sequencer pour en obtenir la sequence.

    Yoyo

  4. #3
    Steph

    Moi j'ai compris la question autrement:

    Notre amie a un gène connu dont elle voudrait connaître la position et la séquence de l'enhancer. Exact?

    Stéphane

  5. #4
    Steph

    Si mon hypothèse est bonne, je suppose que tu pourrais faire des recherches dans Pubmed. Il est possible qu'il existe une méthode plus adaptée mais je ne suis pas bon en bioinformatique.

    Stéphane

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    Yoyo
    coresponsable des forums

    salut,

    Si steph a raison ca va pas etre simple car il n'y a pas de moyen sur a 100% d'identifier une telle region sans experience!
    Bon ceci dit il existe des programme qui vont te rechercher des motifs present sur l'ADn, si avec un peu de chance ton enhancer est quelquechose de deja connu tu devrais pouvoir le trouver de cette maniere la.

    tu devrais toruver ce qu'il te faut ici : http://www.infobiogen.fr/services/menuserv.html

    (dans le menu recherche de motifs)

    une autre solution si ton gene est conserve entre differente espece, tu peux esperer que l'enhnance l'est aussi, alors un alignement des sequence les unes avec les autres devrait rapidement te montrer les regions fortement conservees.


    Yoyo

  8. #6
    Steph

    Voici l'adresse d'un site en anglais qui propose des méthodes prédictives de détermination de sites de régulation génique:

    http://www.genomatix.de/genomics_tut..._analysis.html

    Stéphane

  9. Publicité
  10. #7
    Steph

    Citation Envoyé par Steph
    Voici l'adresse d'un site en anglais qui propose des méthodes prédictives de détermination de sites de régulation génique:
    http://www.genomatix.de/genomics_tut..._analysis.html
    Stéphane
    Une autre adresse pas mal (c'est un fichier pdf):
    http://genome.cbs.dtu.dk/~gorm/papers/ccrev-pre.pdf

    Stéphane

  11. #8
    karkinos5

    Re : Elément régulateur du promoteur d'un géne

    slt je c pas si sa pourrai t'aider mais je c qe le complex de demarage TATA BOX se trv a 630 du nivo d'initiation (promoteur de pre demarage) bn courage

  12. #9
    karkinos5

    Re : Elément régulateur du promoteur d'un géne

    je corrige c : - 30 et non pas 630 'faute de frap)

    Il n'y a pas que des fautes de frappe, il y a essentiellement du langage sms/phonétique interdit sur le forum par la Charte. Merci de la respecter.

    LXR
    Dernière modification par LXR ; 21/09/2009 à 10h55. Motif: langage sms/phonétique

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