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Problèmes sur les notions/calculs de plasmide




  1. #1
    blondynette

    Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Je me permets de vous demander de l'aide pcq je dois aller o rattrapages et ayant l'énoncé de mes partiels même avec mon cours je n'arrive pas à répondre à tout.
    Pourriez vous m'aider SVP

    L'énoncé étant celui ci:

    Un chercheur dispose d'un vecteur de clonage, le plasmide pLLAGRE, dont il cherhe à déterminer la carte. Pour ce faire, il réalise des digestions à l'aide des enzymes de restriction Hind3 et BsP1 et obtient les fragments suivants:

    Simple digestion Hind3: 4002, 1985, 2057, 1220, 1073
    Simple digestion BspP1: 5807 3500 3030
    Double digestion Hind3/BspP1: 4002, 2442, 1543, 1073, 1058, 999, 806, 414

    Je n'arrive pas à calculer la taille du plasmide. Moi je pensais que la taille du plasmide était de 5807 paires de bases. Est ce que je pourrai avoir une confirmation SVP.
    Aussi, j'ai fait une carte de restriction, est ce qu'il serait possible de la scanner et que qqn me dise si celle ci est correcte.

    -----


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  3. #2
    blondynette

    J'ai encore un petit soucis :(

    JE n'arrive pas à répondre à 2 autres questions de l'énoncé de mes partiels avec le cours et comme je dois aller aux rattrapages, j'aimerai bien savori répondre à tout.

    L'énoncé étant:

    Il choisit de faire pousser un certain nombre de colonoes bactériennes sélectionnées afin d'amplifier son plasmide et ainsi disposer d'une grosse quantité de son insert NIACUSE pour le séquencer et vérifier son intégrité. Il récolte les plasmides après lyse alcaline des bactéries et extraction de l'ADN au phénol/chloroforme. Il réalise alors une double digestion HIND3/BspP1 et obtient les résultats suivants:
    Banque d'ADN génomique: 4002 2442 1543 1487 1073 1058 999 952 806 480
    Banque d'ADN complémentaire: 4002 2442 1543 1144 1073 1058 999 806 294

    1) Quelle ets la taille de l'insert pour chacune des 2 banques?
    (je sais qu'on doit se servir de al formule (insert+plasmide)-plasmide mais je ne vois pas ce qu'est l'insert et le plasmide.

    2) Comment expliquer la différence entre les 2 banques? Chiffrez cette différence
    (ici je sais que je dois parler des exons et des introns mais je ne sais pas vraiment ce qu'est l'un et l'autre)

    Je vous en supllie aidez moi j'en ai besoin pour les rattrapages. M

  4. #3
    MaliciaR

    Re : J'ai encore un petit soucis :(

    Salut et bienvenue,

    Selon la charte que tu as signee, les titres doivent etre explicites.
    Apres, en ce qui concerne tes questions : ce sont franchement des definitions super basiques, tu pourrais au moins faire l'effort de chercher sur Google ou dans tes cours...
    An expert is one who knows more and more about less and less.


  5. #4
    piwi

    Re : SVP aidez moi

    Bonjour.

    Comme le soulignait MaliciaR nous souhaitons que l'ensemble des discussions qui sont ouvertes sur notre forum le soit avec un titre explicite (pour des raisons évidentes de lisibilité).
    Comme le précise les règles établies sur le forum biologie, toute discussion dérogeant à cette règle est fermée temporairement le temps que l'auteur de la discussion indique par message privé au modérateur un nouveau titre pour sa discussion qui remplacera le précédent. Vous pouvez me contacter simplement en cliquant sur mon identifiant (piwi) à coté de ce message et choisir de m'envoyer un message privé.

    Pour la modération.



    Sinon à titre personnel quelques remarques dans l'attentes de votre nouveau titre.
    La première partie du devoir vise à vous faire trouver la taille du plasmide. D'où proviennent les fragments générés par la digestion enzymatique? Pensez vous que le plasmide puisse faire 5807 pb alors que la digestion par BspI génère un fragment de cette parmis d'autres?
    Une fois que vous aurez déterminé la taille du plasmide vide et que vous aurez reproduit cette démarche avec le plasmide + insert vous ne voyez réellement pas un moyen de trouver la taille de l'insert?
    Vous aurez: plasmide + insert ; plasmide
    vous cherchez: insert.
    C'est digne d'un jeu de l'été dans télé 7 jours.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  6. #5
    piwi

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Discussion réouverte après que la demandeuse ait proposé un nouveau titre.

    Pour la modération,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    MaliciaR

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Bien, ca

    Donc, on attend que blondynette ait reflechi aux remarques que tu lui as faites et soit revenue avec des idees sur ses exos.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  9. #7
    blondynette

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Bonjour,

    Je pense en ayant pris en compte certaines remarques, que le plasmide pLLAGRE a une taille de 12337 paires de bases. Pourrai-je avoir une confirmation svp.

    Aussi je pense que pour la 2ème partie de l'énoncé càd pour la taille de l'insert pour chacune des 2 banques. J'ai fait 13942(plasmide plus insert) - 12337 (ce qui correspond à la taille du plasmide) et j'obtiens 1605 paires de bases pour la banque d'ADN génomique et 1024 pour labanque d'ADN complémentaire.

    Est ce que vous pourriez m'indiquer si ce sont de bonnes réponses svp.
    PAr contre pour expliquer la différence entre les 2 banques je ne parviens pas à trouver une solution.

    Merci et à bientot

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  11. #8
    MaliciaR

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Salut,

    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    il réalise des digestions à l'aide des enzymes de restriction Hind3 et BsP1 et obtient les fragments suivants:

    Simple digestion Hind3: 4002, 1985, 2057, 1220, 1073
    Simple digestion BspP1: 5807 3500 3030
    Double digestion Hind3/BspP1: 4002, 2442, 1543, 1073, 1058, 999, 806, 414
    Es-tu sûre de n'avoir aucune erreur dans tes chiffres? Parce que j'obtiens 10337 pb dans le cas de la 1re digestion (celle par HindIII) et 12337 pb pour les deux autres.


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    Il réalise alors une double digestion HIND3/BspP1 et obtient les résultats suivants:
    Banque d'ADN génomique: 4002 2442 1543 1487 1073 1058 999 952 806 480
    Banque d'ADN complémentaire: 4002 2442 1543 1144 1073 1058 999 806 294

    1) Quelle ets la taille de l'insert pour chacune des 2 banques?
    (je sais qu'on doit se servir de al formule (insert+plasmide)-plasmide mais je ne vois pas ce qu'est l'insert et le plasmide.
    Donc, ici, j'obtiens 14842 pb pour plasmide + insert de la banque ADN génomique et 13361 pb pour plasmide + insert de la banque d'ADNc. Ce qui change mon résultat de la taille de l'insert génomique comparé à ton calcul


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    PAr contre pour expliquer la différence entre les 2 banques je ne parviens pas à trouver une solution.
    Tu as les réponses par toi-même ici :
    Citation Envoyé par blondynette
    2) Comment expliquer la différence entre les 2 banques? Chiffrez cette différence
    (ici je sais que je dois parler des exons et des introns mais je ne sais pas vraiment ce qu'est l'un et l'autre)
    Les mots-clé sont en gras Là, ce sont des définitions de cours (tout comme la différence entre ADN génomique et ADNc), je te ré-invite donc de lire ton cours et d'y revenir.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  12. #9
    blondynette

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Merci MaliciaR pour me répondre vite.

    Oui, je me suis trompée en inscrivant les valeurs pour la simple digestion de HInd3, ce sont:
    4002, 3985, 2057, 1220, 1073.

    De même pour la banque d'ADN génomique, je m'étais trompée dans mon calcul et j'ai donc les mêmes valeurs que vous pour plasmide + insert pour les 2 banques et j'obtiens donc 2505 paires de bases pour la banque d4ADN génomique et 1024 paires de bases pour la banque d'ADN complémentaire.

    Pour la question avec la différence entre le 2 banques, je sais en effet qu'il faut parler des introns et exons. Dans mon cours, il est juste indiquer ADN: exons + introns et ARN:exons. JE ne sais rien d'autres te même en faisant des recherches sur internet, je n'arrive pas à trouver de réponse à ma question.

    Aussi, j'allais vous demander est ce que si je scannais ma carte de restriction, vous pourriez me dire si celle ci est correcte? De même pour le reste de mon énoncé, j'ai répondu à tout mais c'est pour avoir une confirmation belle et bien sure?
    MErci

  13. #10
    blondynette

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    J4vais penser à dire que l'ADN génomique étant l'ADN à proprement parler, il s'agit des exons + introns tandis que ll'ADN complémentaire étant de l'ARN, c'est normal que la banque d'ADN génomique soit plus grande que celle d'ADN complémentaire.
    ADN génomique= exons + introns= 14842pb
    ADN complémentaire= exons= 13361pb
    LA différence est de 14842-13361=1481pb. Ce qui confirme que la banque d'ADN génomique soit plus grande que la banque d'ADN complémentaire puisque celle ci n'est composée que d'exons.

  14. #11
    MaliciaR

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    Pour la question avec la différence entre le 2 banques, je sais en effet qu'il faut parler des introns et exons. Dans mon cours, il est juste indiquer ADN: exons + introns et ARN:exons. JE ne sais rien d'autres te même en faisant des recherches sur internet, je n'arrive pas à trouver de réponse à ma question.

    Aussi, j'allais vous demander est ce que si je scannais ma carte de restriction, vous pourriez me dire si celle ci est correcte? De même pour le reste de mon énoncé, j'ai répondu à tout mais c'est pour avoir une confirmation belle et bien sure?
    MErci
    Ah oui? http://fr.wikipedia.org/wiki/ADN_compl%C3%A9mentaire

    Oki pour la carte de restriction Tu es libre de faire ce que tu veux dans le respect des règles et des participants, hein
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  15. #12
    MaliciaR

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    J4vais penser à dire que l'ADN génomique étant l'ADN à proprement parler, il s'agit des exons + introns tandis que ll'ADN complémentaire étant de l'ARN, c'est normal que la banque d'ADN génomique soit plus grande que celle d'ADN complémentaire.
    ADN génomique= exons + introns= 14842pb
    ADN complémentaire= exons= 13361pb
    LA différence est de 14842-13361=1481pb.
    Ce que j'ai souligné est pas bien exprimé du tout
    Mais le reste est ok.


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    Ce qui confirme que la banque d'ADN génomique soit plus grande que la banque d'ADN complémentaire puisque celle ci n'est composée que d'exons.
    Maladroit L'insert correspondant à de l'ADN génomique est de taille plus importante car il contient les exons + introns alors que l'ADNc est juste un ensemble d'exons.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  16. #13
    blondynette

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Donc en disant que l'ADN génomique étant l'ADN à proprement parler, il s'agit des exons + introns tandis que L'ADN complémentaire étant un simple brin synthétisé à partir d'un ARNm, c'est normal que la banque d'ADN génomique soit plus grande que celle d'ADN complémentaire.

    En effet, l'insert correspondant à de l'ADN génomique est de taille plus importante car il contient les exons + introns alors que l'ADNc est juste un ensemble d'exons:

    ADN génomique= exons + introns= 14842pb
    ADN complémentaire= exons= 13361pb
    LA différence est de 14842-13361=1481pb.

    Est ce que j'aurais la totalité des points avec cette explication?
    En tt cas, je vous remercie pour l'aide que vous m'apportez :d

  17. #14
    MaliciaR

    Re : Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    Donc en disant que l'ADN génomique étant l'ADN à proprement parler,
    En disant ca, tu ne dis rien du tout Cad, l'expression "ADN a proprement parler" n'a aucun sens.


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    il s'agit des exons + introns tandis que L'ADN complémentaire étant un simple brin synthétisé à partir d'un ARNm, c'est normal que la banque d'ADN génomique soit plus grande que celle d'ADN complémentaire.
    As-tu quelque part une information en chiffres de la taille de la banque d'ADN genomique ou d'ADNc? Ou tu as juste une information concernant ces inserts precis?


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    En effet, l'insert correspondant à de l'ADN génomique est de taille plus importante car il contient les exons + introns alors que l'ADNc est juste un ensemble d'exons:

    ADN génomique= exons + introns= 14842pb
    ADN complémentaire= exons= 13361pb
    LA différence est de 14842-13361=1481pb.
    Tres bien


    Citation Envoyé par blondynette Voir le message
    Est ce que j'aurais la totalité des points avec cette explication?
    En tt cas, je vous remercie pour l'aide que vous m'apportez :d
    Chepa si tu auras la totalite des points : ce qui est important, c'est que tu comprennes. Parce que ce genre de pitits calculs sont la base d'une manip de clonage et si tu souhaites continuer a faire de la bio, il y a de fortes chances que tu doives faire ca toute seule, comme une grande, au labo Donc, les points sont totalement secondaires ici.
    Si tu as d'autres questions, n'hesite pas, mais souviens-toi : les titres doivent etre explicites et on lit son cours et cherche par soi-meme avant de venir demander un coup de main

    Bonne journee.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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