Bonjour,
Petite question existentielle.
Deux séquences d'un même gène ne différant que par des codons START non synonymes définissent-ils deux allèles de ce gène ?
Je pencherai plutôt pour le oui si l'on adopte un raisonnement très formel : 2 séquences protéiques différentes = 2 allèles. Mais quel est votre avis ?
Merci beaucoup!
Bonjour,
Non en principe deux séquences protéiques d'un même gène = deux isoformes.
Pour tout ce qui est des différentes séquences codantes que l'on peut obtenir à partir d'un gène (par épissages alternatif, promoteur alternatif, site polyA alternatif, glissement d'ORF, IRES,........), on ne parle que d'isoformes me semble-t-il. Le terme d'allèle n'intervient que lorsque deux versions du gène proviennent de deux séquences d'ADN génomique différente.
Greg
Ici c'est le cas puisque les premiers codons sont différents. D'autre part, il s'agit plutôt du contexte procaryote.
Oups, chez le procaryote je connais pas trop...
Greg
Salut,
Je ne comprends pas vraiment : il y a 2 sequences proteiques ou pas? Parce que bon, chez les Procaryotes, 4 codons START sont utilises, mais ca n'implique pas pour autant que 2 allelles puissent etre definis.
Jmbowie, pourrais-tu donner plus de details?
2 allèles n'impliquent pas 2 phénotypes différents ?? (sans parler de dominance bien sûr)
Salut MaliciaREnvoyé par MaliciaR
Il s'agit de deux séquences de CDS identiques sauf pour le codon START (ATG/Ala Vs GTG/Leu). Je voulais savoir si on pouvait considérer cela comme deux allèles (puisque deux variants protéiques sont codés) ou non.
D'ailleurs, il y a au moins 6 codons START possibles (ATG, GTG, TTG, CTG, ATC et ATA par ordre d'usage)
CoucouSalut MaliciaR
Il s'agit de deux séquences de CDS identiques sauf pour le codon START (ATG/Ala Vs GTG/Leu). Je voulais savoir si on pouvait considérer cela comme deux allèles (puisque deux variants protéiques sont codés) ou non.
D'ailleurs, il y a au moins 6 codons START possibles (ATG, GTG, TTG, CTG, ATC et ATA par ordre d'usage)
Beh écoute, de ce que je sache, seulement les 4 premiers sont vraiment utilisés. Du coup, je ne suis pas sûre que pour une seule différence au niveau du 1er aa incorporé on puisse parler d'allèles.
Bonjour,
le codon d'initiation n'est-il pas toujours codé en f-Met? Si c'est bien le cas, il n'y a pas de variante protéique si le reste du CDS est identique.
Oui c'est ce que je me demandais aussi, mais s'il y a plusieurs codons d'initiation, peut-être qu'il y a plusieurs tRNA fMet, chacun avec un anticodon et un AA distinct. Quelqu'un aurait de la lecture concise à ce sujet ? Merci!
Du coup j'ai jeté un coup d'oeil rapide à la biblio. Je suis tombé sur une revue assez sympa de Kozak M. [ Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes. Gene. 1999 Jul 8;234(2):187-208].
Apparemment il n'y aurait qu'un seul tRNA-fMet. En fait le codon start AUG est retrouvé le plus fréquemment car c'est celui qui présente l'interaction la plus stable avec l'anticodon du tRNA-fMet. Une interaction avec seulement 2 des 3 bases serait suffisante dans le cas des autres codons start.
Je suis pas sur que la revue soit accessible gratuitement en ligne mais si tu es intéressé je te la fais parvenir.
Merci de l'info, en fait j'ai déjà cette revue. Marylin en écrit peut-être 2 ou 3 par an en plus.
Désolé, merci à tous pour vos avis
