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Notions d'allèle et codon START



  1. #1
    jmbowie

    Notions d'allèle et codon START


    ------

    Bonjour,

    Petite question existentielle.

    Deux séquences d'un même gène ne différant que par des codons START non synonymes définissent-ils deux allèles de ce gène ?

    Je pencherai plutôt pour le oui si l'on adopte un raisonnement très formel : 2 séquences protéiques différentes = 2 allèles. Mais quel est votre avis ?

    Merci beaucoup!

    -----
    Blast up your life!

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  3. #2
    LXR

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Bonjour,

    Non en principe deux séquences protéiques d'un même gène = deux isoformes.
    Pour tout ce qui est des différentes séquences codantes que l'on peut obtenir à partir d'un gène (par épissages alternatif, promoteur alternatif, site polyA alternatif, glissement d'ORF, IRES,........), on ne parle que d'isoformes me semble-t-il. Le terme d'allèle n'intervient que lorsque deux versions du gène proviennent de deux séquences d'ADN génomique différente.

    Greg

  4. #3
    jmbowie

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Ici c'est le cas puisque les premiers codons sont différents. D'autre part, il s'agit plutôt du contexte procaryote.
    Blast up your life!

  5. #4
    LXR

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Oups, chez le procaryote je connais pas trop...

    Greg

  6. #5
    MaliciaR

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Salut,

    Je ne comprends pas vraiment : il y a 2 sequences proteiques ou pas? Parce que bon, chez les Procaryotes, 4 codons START sont utilises, mais ca n'implique pas pour autant que 2 allelles puissent etre definis.
    Jmbowie, pourrais-tu donner plus de details?
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    izkira

    Re : Notions d'allèle et codon START

    2 allèles n'impliquent pas 2 phénotypes différents ?? (sans parler de dominance bien sûr)

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  10. #7
    jmbowie

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Salut,

    Je ne comprends pas vraiment : il y a 2 sequences proteiques ou pas? Parce que bon, chez les Procaryotes, 4 codons START sont utilises, mais ca n'implique pas pour autant que 2 allelles puissent etre definis.
    Jmbowie, pourrais-tu donner plus de details?
    Salut MaliciaR

    Il s'agit de deux séquences de CDS identiques sauf pour le codon START (ATG/Ala Vs GTG/Leu). Je voulais savoir si on pouvait considérer cela comme deux allèles (puisque deux variants protéiques sont codés) ou non.
    D'ailleurs, il y a au moins 6 codons START possibles (ATG, GTG, TTG, CTG, ATC et ATA par ordre d'usage)
    Blast up your life!

  11. #8
    MaliciaR

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    Salut MaliciaR

    Il s'agit de deux séquences de CDS identiques sauf pour le codon START (ATG/Ala Vs GTG/Leu). Je voulais savoir si on pouvait considérer cela comme deux allèles (puisque deux variants protéiques sont codés) ou non.
    D'ailleurs, il y a au moins 6 codons START possibles (ATG, GTG, TTG, CTG, ATC et ATA par ordre d'usage)
    Coucou

    Beh écoute, de ce que je sache, seulement les 4 premiers sont vraiment utilisés. Du coup, je ne suis pas sûre que pour une seule différence au niveau du 1er aa incorporé on puisse parler d'allèles.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  12. #9
    wishangel

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Bonjour,

    le codon d'initiation n'est-il pas toujours codé en f-Met? Si c'est bien le cas, il n'y a pas de variante protéique si le reste du CDS est identique.

  13. #10
    jmbowie

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Citation Envoyé par wishangel Voir le message
    Bonjour,

    le codon d'initiation n'est-il pas toujours codé en f-Met? Si c'est bien le cas, il n'y a pas de variante protéique si le reste du CDS est identique.
    Oui c'est ce que je me demandais aussi, mais s'il y a plusieurs codons d'initiation, peut-être qu'il y a plusieurs tRNA fMet, chacun avec un anticodon et un AA distinct. Quelqu'un aurait de la lecture concise à ce sujet ? Merci!
    Blast up your life!

  14. #11
    wishangel

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Du coup j'ai jeté un coup d'oeil rapide à la biblio. Je suis tombé sur une revue assez sympa de Kozak M. [ Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes. Gene. 1999 Jul 8;234(2):187-208].

    Apparemment il n'y aurait qu'un seul tRNA-fMet. En fait le codon start AUG est retrouvé le plus fréquemment car c'est celui qui présente l'interaction la plus stable avec l'anticodon du tRNA-fMet. Une interaction avec seulement 2 des 3 bases serait suffisante dans le cas des autres codons start.
    Je suis pas sur que la revue soit accessible gratuitement en ligne mais si tu es intéressé je te la fais parvenir.

  15. #12
    jmbowie

    Re : Notions d'allèle et codon START

    Citation Envoyé par wishangel Voir le message
    Du coup j'ai jeté un coup d'oeil rapide à la biblio. Je suis tombé sur une revue assez sympa de Kozak M. [ Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes. Gene. 1999 Jul 8;234(2):187-208].

    Apparemment il n'y aurait qu'un seul tRNA-fMet. En fait le codon start AUG est retrouvé le plus fréquemment car c'est celui qui présente l'interaction la plus stable avec l'anticodon du tRNA-fMet. Une interaction avec seulement 2 des 3 bases serait suffisante dans le cas des autres codons start.
    Je suis pas sur que la revue soit accessible gratuitement en ligne mais si tu es intéressé je te la fais parvenir.

    Merci de l'info, en fait j'ai déjà cette revue. Marylin en écrit peut-être 2 ou 3 par an en plus.
    Désolé, merci à tous pour vos avis
    Blast up your life!

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