[DNA array] Souci reccurent avec le rouge

[invite17a570c1]

Bonjour tout le monde,

J'ai une pitite question. Au labo, on fait des arrays d'expression. On utilise deux dyes de chez Invitrogen et le rouge est franchement penible : il s'agit du AlexaFluor 647.
Environ 1 fois sur 2, le signal est tres faible meme si le taux d'incorporation est correct (mesure avec le nanodrop avant l'hybridation). Les colorants sont stockes au congelo, toujours a l'obscurite, on le manipule toujours a l'obscurite dans la mesure du possible et le rouge est pratiquement tout le temps problematique.
Les hypotheses telles influence de la quantite d'ozone ont ete rejetees vu que des labos a cote ont teste et ca n'a aucune influence...
Par comparaison, le dye vert est nickel, on a du avoir des soucis avec de facon tres accidentelle.

Est-ce que quelqu'un aurait une idee d'ou pourrait venir le souci? J'avoue que la, c'est un peu penible de refaire et refaire les experiences sans savoir du tout si ca marchera ou non...

Merci d'avance.
-----

[invitee863e61a]

Bonjour tout le monde,

J'ai une pitite question. Au labo, on fait des arrays d'expression. On utilise deux dyes de chez Invitrogen et le rouge est franchement penible : il s'agit du AlexaFluor 647.
Environ 1 fois sur 2, le signal est tres faible meme si le taux d'incorporation est correct (mesure avec le nanodrop avant l'hybridation). Les colorants sont stockes au congelo, toujours a l'obscurite, on le manipule toujours a l'obscurite dans la mesure du possible et le rouge est pratiquement tout le temps problematique.
Les hypotheses telles influence de la quantite d'ozone ont ete rejetees vu que des labos a cote ont teste et ca n'a aucune influence...
Par comparaison, le dye vert est nickel, on a du avoir des soucis avec de facon tres accidentelle.

Est-ce que quelqu'un aurait une idee d'ou pourrait venir le souci? J'avoue que la, c'est un peu penible de refaire et refaire les experiences sans savoir du tout si ca marchera ou non...

Merci d'avance.

C'est arrivé avec plusieurs lots du dye ou toujours le dye du même tube ?

[invite17a570c1]

Non, non, plusieurs lots. On n'utilise qu'un tube/array. Les deux types de colorants sont stockés dans les mêmes conditions, manipulés par la même personne de manière identique. D'où le questionnement...

[invite71f23525]

Salut,

Pourquoi ne pas utiliser un rouge plus vif comme le 594 nm? A 647nm on est plus proche du rouge profond, donc la couleur rouge est plus sombre.

Greg

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite17a570c1]

Salut,

Pourquoi ne pas utiliser un rouge plus vif comme le 594 nm? A 647nm on est plus proche du rouge profond, donc la couleur rouge est plus sombre.

Greg

Salut,

Je crois que c'est en raison du scanner utilise. Le dye rouge en question est semblable au Cy5 (memes longueurs d'onde), un peu moins vif mais plus photostable. D'ou le choix.
Par ailleurs, si c'est pour changer de dye, ca ne sera pas aussi simple : en-dehors de l'achat subsequent de materiel, quid de tous les resultats utilisables qui ont ete produits? On va pas se retaper encore 6 ou 7 mois de manips sans parler du prix pour le dye quand meme...