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Poids plus élévé après digestion enzymatique



  1. #1
    petitp

    Poids plus élévé après digestion enzymatique

    Bonjour,

    Je suis actuellement en train de digérer un fragment d'ADN qui après avoir été digéré possède un poids (1200pb) plus élévé qu'après la PCR (1000bp). Est-ce que par hasard quelqu'un aurait une petite idée d'où pourrait provenir mon erreur?

    Merci beaucoup.

    -----


  2. #2
    Flyingbike

    Re : Poids plus élévé après digestion enzymatique

    Tu n'as pas inversé tes tubes ?
    tu sais quel est le profil que tu dois obtenir après digestion ? si c'est un produit PCR c'est linéaire. Tu n'as qu'un fragment apres digestion ? C'est pas du a une structure de repliement ?

  3. #3
    petitp

    Re : Poids plus élévé après digestion enzymatique

    Bonjour,

    Non je n'ai pas inversé mes tubes, j'ai refait la digestion plusieurs fois et j'obtiens toujours la même chose.

    C'était une digestion des sites de restrictions d'un fragment que j'avais amplifié par PCR, sur mon gel je ne dois obtenir qu'un seul fragment d'environ 1000bp.

    J'ai envoyé mon fragment à séquencer et il s'avére qu'il est juste. Je ne sais toujours pas pourquoi sur le gel il m'aparait comme ayant 200 pb de plus mais bon il est correct.

    J'aurais encore une petite question si cela ne vous embête pas trop. Suite au séquençage de mon ADN, j'ai constaté qu'il y avait une mutation de Asn en Asp. Ces deux acides aminés presente une chaine de la meme longueur, ils peuvent les deux faires des liaisons H par contre il y en a un qui est neutre et l'autre acide... Est-ce que cette mutation peut avoir une grande conséquence sur les propriétés de ma protéine?

    Merci encore d'avance votre réponse.

  4. #4
    Flyingbike

    Re : Poids plus élévé après digestion enzymatique

    les conditions de salinité dans la migration peuvent modifier le comportement de l'ADN dans le gel... C'est peut être ça.

    Concernant ta mutation, impossible de répondre. Ca peut très bien n'avoir aucune incidence sur la fonctionnalité de la protéine comme ça peut la rendre totalement inopérante. Le point critique c'est la localisation de cette substitution dans la structure 3D de la protéine. Tu peux peut être vérifier ça sur la structure 3D, ça peut donner une idée.

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