Bonjour à tous,
J'ai une question qui concerne la structure des protéines.
D'après ce que j'ai compris, une motif est un enchainement de plusieurs structures secondaires appartenant à la même chaine polypeptidique: hélice-tour-hélice, béta-alpha-béta, etc.
J'ai plusieurs définitions pour un domaine:
- le rassemblement de plusieurs motifs
- la partie d’une chaîne polypeptidique qui se replie de façon indépendante pour former une structure tertiaire stable
Bref, le vocabulaire reste très flou, surtout quand on considère des exemples concrets:
- domaine en doigt de zinc: pour moi on devrait plutôt dire "motif" en doigt de zinc car c'est l'enchainement de plusieurs structures secondaires (béta-alpha)
- motif leucine zipper: pour moi on devrait plutôt dire "domaine" car j'ai cru comprendre que les deux hélices alpha qui forment le zipper n'appartiennent pas à la même chaine polypeptidique.
Voilà, doit on juste accepter que les définitions sont parfois flou et imprécises, ou existe t il finalement un vraie logique derrière tout ceci ?
Autre question qui est restée irrésolue sur le forum, une question de nomenclature:
- les gènes sont notés ompC, lacZ etc.
- les protéines sont notées OmpC, LacZ etc.
Mais:
1/ Pour les ARN ?
2/ Pourquoi certaines protéines sont écrites en majuscule entièrement (ex: APC, MPF - mitosis promoting factor -, etc.). J'ai une petite idée sur la question: est ce parce qu'il s'agit de complexe protéique ? Est ce parce que le nom de la protéine correspond aux initiales de quelque chose ?
3/ Quand on parle d'un mutant dont une protéine est defectueuse (parce qu'un gène est muté) on dira plutôt le mutant ompC ou le mutant OmpC ? Dans quel cas ajoute on un - (ou un +) en exposant ?
Merci beaucoup
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