qPCR sur espèces proches mais différentes

[invitee5a35d13]

Bonjour,
Je cherche à valider des gènes "qui bougent" en microarrays par qPCR. Je travaille sur 2 espèces de drosos proches. J'ai réussi à trouver des primers sur des séquences communes pour tous les gènes, mais les amplicons sont forcément différents. Les gènes de références ont des expressions qui diffèrent un peu entre les deux espèces...
Bref, est-ce que c'est possible de traiter les jeux de données séparément entre les 2 espèces avec des gènes de référence propres à chacune et de comparer ensuite les résultats?
Et si ce cas s'est présenté pour certains d'entre vous, je suis preneuse de toute information!!
Merci
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[invitedef6ee4e]

tu pourrais relativiser tes qPCR en utilisant l'ADN des mouches dont tu as extraits les RNA. Tu amplifies l'ADN du gène que tu cherches (2 copies par cellules) et tu exprimes la quantité d'ARN en % d'ADN.
Idealement tu utilises les memes amplicons : en traitant les ARN extraits a la DNase avant la RT et en faisant un controles RT- tu t'assures de ne pas amplifier de contaminants ADN a la place de tes ARN.

[Flyingbike]

pourquoi ne pas utiliser un ARN ribosomal ?

[invitedef6ee4e]

meme l'ARN ribosomal peut bouger...

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite899b80e1]

Exellente question j'ai le même problème en microbiologie.
A mon avis tu devrai faire comme moi:
trouve un gène rapporteur (pas le 16s) dont l'expression est stable chez toutes tes espèces dans tes conditions d'études (moi j'en ai 6). De cette facon tu pourra comparer les deux espèces en simultanée. Evidement si le Ct est différent entre chaque espèce, effectivement tu ferai mieu de traité tes données séparement