bonjour tout le monde,
je dispose d'un peptide sous forme d'une série d'acides aminés, on me demande de prédire l'éventuelle formation de feuillet B, comment procéder ? est-ce que le fait qu'il y est une succession d'aa chargés et hydrophobes au début suffit a prouver que c'est les 2 faces du feuillet ?
nh2-ala-arg-val-ser-met-lys-ile-glu-ala-lys-gly-asp-trp-thr-gly-gly-gln-met-thr-gly-asp-ala-asn-phe-arg-ala-ser-val-glu-leu-cooh
merci d'avance
up les gens
C'est pas vraiment de la biologie moléculaire.
Tu as des algorithmes de détermination de la structure secondaire, basés sur une banque de certains motifs/résidus qui apparaissent plus souvent dans les brins beta. Sinon tu peux deviner toi même mais c'est du feeling. Moi j'aime bien. Après soit c'est toi qui imagine un modèle de structure tertiaire en feuillet, soit tu peux avoir une structure directe en pdb avec quelques programmes qui s'inspire de domaines déjà existant. En général t'envoie ta requête sur leur serveur et il te renvoie les résultats quand leur machine hpc a fait le boulot.
Renaud
en fait, il me faut la méthode pour déterminer à la main la présence possible de feuillet ( pour les hélices alpha c'est un aa basique en N et un aa acide en N+4 (ou vice versa), de manière a former une liaison ionique c'est ça ? )
ben en fait il me faudrait une astuce comme ça pour déterminer les feuillets beta....ça existe ?
merci d'avance
Voilà comment je procèderais si je n'avais pas accès aux outils de bioinfo.
Je commencerais par essayer d'identifier les différents brins beta et les turns à partir de la séquence primaire. En effet tu as certains acides aminés qu'on retrouve d'avantage dans telle ou telle structure. Par exemple les régions glycine/sérine sont souvent non structurées (du fait de l'absence de chaine latérale pour l'une et du groupement hydoxyle de l'autre qui interagit très favorablement avec le solvant).
Ensuite tu regardes les différentes possibilités de repliement limitées en générale par tes turns et les régions non structurée entre tes brins beta à partir d'un dessin tout bête. Tu dessines tes flèches (les brins beta) que tu colories à peu près à l'échelle en fonction du type de groupement que t'as dans telle ou telle zone, et tu regardes dans tous les repliements possibles lesquels sont les plus favorables énergétiquement.
Pour ton exemple de l'hélice, oui, un pont salin peut stabiliser un alpha-turn, mais bon j'ai tendance à croire qu'un pont salin en surface n'a pas un grand effet puisque les deux charges ne gagnent pas grand choses entre interagir entre elles ou avec l'eau. Par contre un pont salin dans une poche hydrophobe, ça c'est du béton !
Renaud
Il ne semble pas y avoir de méthode infaillible mais des pistes...
http://books.google.fr/books?id=_g1t...C3%A9s&f=false
