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siRNA, shRNA ??



  1. #1
    Zdravo

    siRNA, shRNA ??

    Bonjour,

    J'aurais aimé savoir la différence entre les siRNA et les shRNA.
    Je sais que les shRNA ont une durée d'expression plus longue, et qu'au final les shRNA rattrape la voie des siRNA (utilisation du complexe RISC).

    Si vous avez plus d'explications, je suis preneur.
    Merci d'avance.

    -----


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  3. #2
    Kemaro

    Re : siRNA, shRNA ??

    Salut,

    un siRNA est une courte séquence d'ARN, un shRNA est un plasmide codant pour un siRNA...
    Donc l'action d'un siRNA est forcément transitoire, tandis qu'avec le shRNA, si tu maintiens une pression de sélection, le plasmide sera exprimé de façon permanente et donc le silencing durera... De plus, si tu as un promoteur particulier, ça te permet d'avoir un silencing "inductible".

    Bonne soirée

  4. #3
    Zdravo

    Re : siRNA, shRNA ??

    Merci beaucoup pour ces précisions

  5. #4
    LXR

    Re : siRNA, shRNA ??

    Attention, l'extinction par le shRNA n'est stable que s'il est intégré dans le génome de la cellule hôte. Lors de la transfection de shRNAs, leur séquence est présente dans un plasmide. Leur expression est donc transitoire s'il n'y a pas intégration du plasmide dans le génome. Mais ils offrent une possibilité d'intégration au génome et donc d'extinction stable, à la différence des siRNA qui ne peuvent pas s'intégrer au génome.

  6. #5
    Delphinette

    Re : siRNA, shRNA ??

    Bonjour, Je ne dirai pas que le shRNA est le plasmide, c'est l'ARN en structure tige-boucle, qui peut être transcrit à partir d'une séquence intégrée dans un plasmide. Cette structure tige-boucle est reconnue par Dicer qui coupe la boucle, ce qui donne un petit ARN double brin comme un siRNA.
    Pour la notion d'intégration au génôme, ce n'est aps toujours le cas, cela dépend du plasmide utilisé. Moi j'utilise des plasmides EBV épisomaux pour exprimer des shRNAs, donc pas d'intégration nécéssaire!
    Bonne soirée!

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    LXR

    Re : siRNA, shRNA ??

    Bien entendu le shRNA n'est pas le plasmide, tout comme un cDNA n'est pas le plasmide, c'est toujours en tant que séquence intégrée à un plasmide.

    Dans mon message, j'avais oublié les épisomes en effet.

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  10. #7
    Kemaro

    Re : siRNA, shRNA ??

    Juste une dernière précision : lorsque le shRNA est codé dans un plasmide, il n'a pas besoin d'être "intégré" dans le gênôme de la cellule hôte pôur être stable... Une simple pression de sélection par un antibiotique (par exemple) permet une transfection stable...

    Bonne soirée

    Marc

  11. #8
    LXR

    Re : siRNA, shRNA ??

    Bien sûr mais la pression de sélection ne permet que de sélectionner les plasmides intégrés et les plasmides épisomaux répliqués. Dans ce dernier cas, il leur faut une origine de réplication exploitable par la cellule transfectée, comme par exemple un plasmide contenant l'origine de SV40 avec les cellules COS-7 qui possèdent l'antigène T nécessaire pour répliquer les plasmides contenant cette origine.

  12. #9
    Delphinette

    Re : siRNA, shRNA ??

    Oui je rejoins LXR sur ce point, en dehors du cas bien particulier des vecteurs épisomaux, la pression de sélection va permettre de selectionner les cellules qui ont intégré le plasmide, sinon celui-ci est perdu au fur et à mesure des divisions cellulaires!

  13. #10
    Kemaro

    Re : siRNA, shRNA ??

    Citation Envoyé par LXR Voir le message
    Bien sûr mais la pression de sélection ne permet que de sélectionner les plasmides intégrés et les plasmides épisomaux répliqués. Dans ce dernier cas, il leur faut une origine de réplication exploitable par la cellule transfectée, comme par exemple un plasmide contenant l'origine de SV40 avec les cellules COS-7 qui possèdent l'antigène T nécessaire pour répliquer les plasmides contenant cette origine.
    Cela était bien sûr sous-entendu...

  14. #11
    Determined

    Re : siRNA, shRNA ??

    Bonjour,

    Je remet à jour cette conversation très intéressante : je voudrais savoir si vous devez designer une expérience, sur quels critères qllez-vous vous baser pour choisir entre shRNA et siRNA ?
    Vu ce qui a été dit précédemment, je suppose que les critères suivants vont jouer :
    - si on veut une expression stable ou transitoire
    - de la lignée cellulaire (certaines lignées sont plus aptes à être infectées et/ou recevoir des siARN ?)
    What else ?

    Merci à vous !

  15. #12
    Tibosax

    Re : siRNA, shRNA ??

    De manière générale on préfèrera toujours le siRNA au shRNA. Si tu as un siRNA qui fonctionne bien, le transfecter avant chaque manip' n'est pas d'une grande difficulté. L'utilisation du shRNA suppose de maintenir une pression de sélection par l'utilisation d'un antibiotique, chose qu'on préfère éviter autant que faire se peut pour éviter une perturbation supplémentaire. En particulier quand on s'intéresse à l'épissage, la présence du plasmide, de l'antibiotique et du siRNA, si celui ci n'est pas inductible, est susceptible de modifier les patterns d'épissage.

    De nos jours, lorsque c'est possible, on préfèrera un KO complet par CRISPR plutôt qu'un shRNA.

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  17. #13
    Determined

    Re : siRNA, shRNA ??

    Merci beaucoup pour toutes ces infos !

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