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Programme agencement alignements multiples de séquences



  1. #1
    sophiepouick

    Programme agencement alignements multiples de séquences

    Bonjour,

    je recherche un programme compatible mac os X qui permettrait a partir d'un alignement de séquences clustal par exemple de colorer les aa identiques ou homologues (pas comme dans clustalX ou chaque aa est coloré, je cherche un truc qui me les colore uniquement quand 60% des aa entre les sequences sont identiques par exemple).

    Merci infiniment pour vos idées,

    -----


  2. #2
    AurélieC

    Re : Programme agencement alignements multiples de séquences

    Euh dans seaview y'a une option "alt colors" (Au lieur de protéique ou nucléique), mais je ne sai pas ce quelle fait (si elle colore un site sur 2 ou quoi) Je ne peux pas la cocher avec l'alignement que j'ouvre (mase/fasta) mais peut être qu'il lui faut un format particulier...
    En tout cas même sans ça on peut faire pas mal de choses avec seaview, regarde la doc...
    ex-Eilura'
    "Rien n'a de sens en biologie, si ce n'est à la lumière de l'évolution" (T. Dobzhanski)

  3. #3
    gab

    Re : Programme agencement alignements multiples de séquences

    Citation Envoyé par sophiepouick
    Bonjour,

    je recherche un programme compatible mac os X qui permettrait a partir d'un alignement de séquences clustal par exemple de colorer les aa identiques ou homologues (pas comme dans clustalX ou chaque aa est coloré, je cherche un truc qui me les colore uniquement quand 60% des aa entre les sequences sont identiques par exemple).

    Merci infiniment pour vos idées,
    "60% des aa entre sequences sont identiques" implique que l'homologie soit calculée dans une fenêtre (un certain nombre d'acide aminés). Ce genre d'approche est possible avec un systeme d'alignement de genre "dot-plot"... qui peut par exemple se faire sur vector NTI (un peu cher) ou ailleurs (tape dot-plot sur google)...
    Mais mettre des couleur sur AA impliquerai d'appliquer un critère à un aa sur la base de l'homologie de ses voisisns... je sais pas ce que tu veux voir ... mais essaye donc ça c'est , à mon sens très puissant...

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