Bonjour,
J'ai eu un cours sur les ARN circulant et le transport cellules à cellules. Pour démontrer qu'il existait une interaction entre des protéines du plasmodesmes et les dits ARN circulant, il nous a montré des photos de gel (enfin je pense que s'en est) cf fichier joint. Je ne connais pas la méthode utilisée et je ne comprends rien au sigles à part PCEP: Préparation de protéines de paroi enrichies en plasmodesmes.
Merci d'avance de votre aide
Bonjour,
Cette figure montre une manip de far-western blot qui permet normalement de montrer l'interaction entre deux protéines.
Les auteurs ont d'abord séparé les macromolécules (protéines et acides nucléiques) par FPLC, qui est une technique de chromatographie. Puis ils les ont transférées sur une membrane (de nitrocellulose par exemple) et cette dernière a ensuite été incubée avec des PCEP.
Cette étape permet aux PCEP de se fixer aux molécules (protéines ou acides nucléiques) avec lesquelles elles interagissent. Et on visualise enfin où se sont fixées les PCEP grâce à un anticorps anti-PCEP (α-Cpep sur la figure).
Donc pour essayer d'être un peu plus clair, tu as sur cette figure :Cette troisième colonne est un contrôle négatif et l'anticorps révèle uniquement les PCEP qui étaient déjà présentes dans le gel (et donc dans les fractions) avant l'incubation. Dans la deuxième colonne, on retrouve les mêmes bandes et en plus on observe d'autres bandes (entourées en rouge) correspondant aux molécules avec lesquelles ont interagi les PCEP.
- dans la première colonne : un gel de SDS-PAGE coloré avec du bleu de Coomassie sur lequel on voit toutes les protéines présentes dans chaque fraction (les 14 fractions ayant été obtenues par FPLC),
- dans la deuxième : la membrane après transfert, incubation avec les PCEP et révélation,
- et dans sur la troisième : la même chose que dans la deuxième mais la membrane a été incubée avec du tampon contenant de la BSA au lieu des PCEP.
Mais de là à dire que ce sont des ARN ... Tu n'as pas plus d'infos ?
J'espère avoir été assez clair en tous cas. ^^
D'abord merci de cette aide, je commence à comprendre certaines choses.
Sur le gel, ce ne sont pas des ARN mais des protéines de PECP à priori.
Un ARN particulier a été trouvé et il est "immobilisé" sur une colonne chromatographique avec GST. Une solution PECP est introduite dans la colonne. Il y a interaction entre une (ou plusieurs) protéine(s) de préparation de protéines de paroi enrichies en plasmodesmes et le dit ARN. A priori ce qui est sur le premier gel est la fraction retenue puis éluée.
Donc si je comprends la manip:
*on cherche des protéines de plamodesme se fixant à l'ARN par chromato
*ces protéines sont récupérées par élution et on les fait migrer sur gel
*on recouvre ces protéines par elles-même?? ça a un intérêt?
Le problème c'est que c'est un cours et sans référence d'article, je n'ai pas le cheminement complet donc ce ne sont que des notes de cours et quand on comprend pas bien, on peut mélanger un peu ou faire des impasses.
