Bonjour,
j'ai un devoir de biochimie mais je bloque à une question .Il faut trouver la structure primaire de P.Pourriez vous m'aider svp?Je sais que c'est assez long mais je suis dessus depuis 2 semaines...
Merci
On isole un peptide P sur lequel on effectue les opérations suivantes:
*action du DNFB (dinitrofluorobenzène), puis hydrolyse acide, puis analyse
chromatographique, donne:
Ala (2), Arg, Asp, Cys, Glu, Gly (2), His, Met, Lys, Phe, DNP-Ser, Thr, Tyr, ions NH4+, impuretés.
*action de la trypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
chromatographie donnent:
PT1: Ala, Cys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés;
PT2: Asp, Glu, Gly, Lys, Met, ions NH4+;
PT3: Ala, Arg, Gly, His, Ser, Tyr.
Les 2 questions ( I et II) sont indépendantes
I- On réalise ensuite les analyses suivantes:
*action de la carboxypeptidase-A pendant un temps très court et observation d'une libération
majoritaire de Ala.
*action de la chymotrypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
chromatographie donnent:
PC1: Ala, Cys, Thr;
PC2: Gly, Ser, Tyr;
PC3: Ala, Arg, Asp, Glu, Gly, His, Lys, Met, Phe, ions NH4+, impuretés.
*action de BrCN, donne 2 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide, chromatographie
donnent:
PB1: Ala, Arg, Asp, Gly, His, Ser, Tyr, Homosérine, ions NH4+;
PB2: Ala, Cys, Glu, Gly, Lys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés.
2°) Établir la structure primaire du peptide P.
NB :
*dans les conditions expérimentales utilisées la chymotrypsine n'est active qu'au niveau des
résidus aromatiques;
*utiliser les résultats dans l'ordre de leur présentation;
*étayer chaque étape du raisonnement;
*il reste à la fin 3 alternatives sur la séquence primaire.
Mon travail:
Re: Biochimie
Messagepar jojok10 » 03 Nov 2011 19:40
J'ai bien avancé mais il me manque une info.Voila :
Le DNFB permet de déterminer le résidu N-terminal,ici c'est la Sérine car DNP-Ser donc la sérine est le 1er acide aminé
La trypsine permet l'hydrolyse de la liaison peptidique du coté C-ter de l'arginine et de la lysine (sauf si le résidu suivant est une proline) donc l'action de la trypsine forme 3 peptide.En sachant que le DNP-Ser est le 1er a.a alors l'arginine est le 6eme et la lysine le 11eme.
C'est ici que je suis un peu perdu,l’utilisation de la carboxypeptidase A permet l'hydrolyse de touts les liaisons sauf celles qui présentent un résidu arginine,lysine ou proline en position C-ter.Il y a une libération majoritaire d'alanine donc logiquement l'alanine ne doit pas être à coté d'une Arg,Lys ou Pro.
La chymotrypsine permet l'hydrolyse au niveau des résidus aromatiques,donc au niveau de Tyr,Phe et de Thr.On sait que Ser est le 1er a.a donc Tyr est le 3eme.Ensuite on sait que Arg est le 6eme a.a qui est présent dans le PC3 et non dans le PC1 donc Phe est le 12eme a.a.La Thr est le dernier a.a car sinon il y aura 4 peptides.
Le BrCN coupe le peptide en 2 en hydrolysant la méthionine et en la remplacant par une Homosérine.Donc vue que Ser est le 1er a.a qui est présent dans le PB1 on peut dire que la Met est le 8 eme a.a.
Récapitulons :
NH3+ Ser- -Tyr- - -Arg- - Met- - -Lys-Phe- - -Thr COO-
Ensuite on peut dire par logique que le 2eme a.a est Gly car dans PC2: Ser (1) et Tyr (3)
Au niveau de PT3 : Ser (1) Glys (2) Tyr (3) Arg(6), on ne peut pas mettre l'alanine à gauche de Arg donc Ala(4) et donc His (5)
Au niveau de PB1n a placé les 6 premiers acides aminés et il reste Asp à placer donc Asp est le 7eme a.a
C'est la le probléme j'ai 3 alternatives possible mais il me manque 4 acides aminés à placer.
Glu en 9 ou 10
Gly en 9 ou 10
Ala en 13 ou 14
Cys en 13 ou 14
Je ne trouve pas d'autre info pour pouvoir faire le bon choix pour les placer.
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