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Structure primaire d'un peptide



  1. #1
    jojok10

    Structure primaire d'un peptide


    ------

    Bonjour,


    j'ai un devoir de biochimie mais je bloque à une question .Il faut trouver la structure primaire de P.Pourriez vous m'aider svp?Je sais que c'est assez long mais je suis dessus depuis 2 semaines...

    Merci

    On isole un peptide P sur lequel on effectue les opérations suivantes:

    *action du DNFB (dinitrofluorobenzène), puis hydrolyse acide, puis analyse
    chromatographique, donne:

    Ala (2), Arg, Asp, Cys, Glu, Gly (2), His, Met, Lys, Phe, DNP-Ser, Thr, Tyr, ions NH4+, impuretés.

    *action de la trypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
    chromatographie donnent:

    PT1: Ala, Cys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés;
    PT2: Asp, Glu, Gly, Lys, Met, ions NH4+;
    PT3: Ala, Arg, Gly, His, Ser, Tyr.

    Les 2 questions ( I et II) sont indépendantes

    I- On réalise ensuite les analyses suivantes:

    *action de la carboxypeptidase-A pendant un temps très court et observation d'une libération
    majoritaire de Ala.

    *action de la chymotrypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
    chromatographie donnent:

    PC1: Ala, Cys, Thr;
    PC2: Gly, Ser, Tyr;
    PC3: Ala, Arg, Asp, Glu, Gly, His, Lys, Met, Phe, ions NH4+, impuretés.

    *action de BrCN, donne 2 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide, chromatographie
    donnent:

    PB1: Ala, Arg, Asp, Gly, His, Ser, Tyr, Homosérine, ions NH4+;
    PB2: Ala, Cys, Glu, Gly, Lys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés.

    2°) Établir la structure primaire du peptide P.

    NB :
    *dans les conditions expérimentales utilisées la chymotrypsine n'est active qu'au niveau des
    résidus aromatiques;
    *utiliser les résultats dans l'ordre de leur présentation;
    *étayer chaque étape du raisonnement;
    *il reste à la fin 3 alternatives sur la séquence primaire.

    Mon travail:



    Re: Biochimie

    Messagepar jojok10 » 03 Nov 2011 19:40
    J'ai bien avancé mais il me manque une info.Voila :

    Le DNFB permet de déterminer le résidu N-terminal,ici c'est la Sérine car DNP-Ser donc la sérine est le 1er acide aminé

    La trypsine permet l'hydrolyse de la liaison peptidique du coté C-ter de l'arginine et de la lysine (sauf si le résidu suivant est une proline) donc l'action de la trypsine forme 3 peptide.En sachant que le DNP-Ser est le 1er a.a alors l'arginine est le 6eme et la lysine le 11eme.

    C'est ici que je suis un peu perdu,l’utilisation de la carboxypeptidase A permet l'hydrolyse de touts les liaisons sauf celles qui présentent un résidu arginine,lysine ou proline en position C-ter.Il y a une libération majoritaire d'alanine donc logiquement l'alanine ne doit pas être à coté d'une Arg,Lys ou Pro.

    La chymotrypsine permet l'hydrolyse au niveau des résidus aromatiques,donc au niveau de Tyr,Phe et de Thr.On sait que Ser est le 1er a.a donc Tyr est le 3eme.Ensuite on sait que Arg est le 6eme a.a qui est présent dans le PC3 et non dans le PC1 donc Phe est le 12eme a.a.La Thr est le dernier a.a car sinon il y aura 4 peptides.

    Le BrCN coupe le peptide en 2 en hydrolysant la méthionine et en la remplacant par une Homosérine.Donc vue que Ser est le 1er a.a qui est présent dans le PB1 on peut dire que la Met est le 8 eme a.a.

    Récapitulons :

    NH3+ Ser- -Tyr- - -Arg- - Met- - -Lys-Phe- - -Thr COO-

    Ensuite on peut dire par logique que le 2eme a.a est Gly car dans PC2: Ser (1) et Tyr (3)
    Au niveau de PT3 : Ser (1) Glys (2) Tyr (3) Arg(6), on ne peut pas mettre l'alanine à gauche de Arg donc Ala(4) et donc His (5)
    Au niveau de PB1n a placé les 6 premiers acides aminés et il reste Asp à placer donc Asp est le 7eme a.a

    C'est la le probléme j'ai 3 alternatives possible mais il me manque 4 acides aminés à placer.

    Glu en 9 ou 10
    Gly en 9 ou 10
    Ala en 13 ou 14
    Cys en 13 ou 14

    Je ne trouve pas d'autre info pour pouvoir faire le bon choix pour les placer.

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Moumoutte

    Re : Structure primaire d'un peptide

    Bonjour,

    il y a bien longtemps que je n'ai plus fait ce genre d'exo mais je m'y essaye quand même.
    Dans un premier temps, il y a certaines choses que je ne saisis pas dans votre raisonnement (ce qui m'amène indubitablement à une séquence légèrement différente de la votre):


    la carboxypeptidase A permet l'hydrolyse de touts les liaisons sauf celles qui présentent un résidu arginine,lysine ou proline en position C-ter.Il y a une libération majoritaire d'alanine donc logiquement l'alanine ne doit pas être à coté d'une Arg,Lys ou Pro.
    Ici pour moi, la carboxypeptidase A coupait simplement l'acide aminé en C-terminal lorsqu'il est aliphatique ou aromatique il me semble. Donc du coup je me retrouve avec l'alanine comme dernier acide aminé de ma chaîne.

    on ne peut pas mettre l'alanine à gauche de Arg donc Ala(4) et donc His (5)
    Ben du coup puisque je ne suit pas le même raisonnement que vous concernant la carboxypeptidase A, je ne peux pas être certain de ça

    La Thr est le dernier a.a car sinon il y aura 4 peptides
    Ici je ne comprends pas comment vous en arrivez à cette déduction


    Bref je vous passe les détails que vous avez déjà bien énuméres et voici la séquence primaire que j'ai trouvé avec ces 3 alternatives:

    Ser - Gly - Tyr - Ala - His - Arg - Asp - Met - Gly - Glu - Lys - Phe - Cys - Thr - Ala

    1ere alternative: permutation Ala - His ou His - Ala (en 4 et 5)
    2ème alternative: permutation Gly - Glu ou Glu - Gly (en 9 et 10). Ici on est d'accord.
    3ème alternative: permutation Cys - Thr ou Thr - Cys (en 13 et 14)

  4. #3
    jojok10

    Re : Structure primaire d'un peptide

    Super!!!!!Depuis le temps que je passe dessus.Oui enfaite je me suis trompé.Je pensé que la carboxy A coupé du coté C ter du RESIDU et pour toutes les liaisons sauf quelques une.Mais non elle coupe au niveau C -ter du PEPTIDE et juste les résidu aromatique.C'est ca?

    Ensuite le Thr,je pensais qu'il été en derniére position car la chymotripsine coupe au niveau C-ter des résidus aromatiques.Donc si on ne met pas en dernier le Thr on obtient plus 3 peptides mais 4.Par exemple si je le met en 14eme position.J'obtient les 3 premiers peptides et un 4eme : seulement de l'alanine.Non?

  5. #4
    jojok10

    Re : Structure primaire d'un peptide

    Voila j'ai trouvé mon erreur,j'ai confondu entre Thr et Trp.J'ai pas réfléchi et je pensais que Thr était la tryptophane.

    merci pour votre aide

  6. #5
    Moumoutte

    Re : Structure primaire d'un peptide

    Bonjour,

    oui c'est une erreur fréquente avec les abréviations en 3 lettres.
    Je précise tout de même qu'il est logique qu'il n'y ait pas de tryptophane car il y a à chaque fois une étape d'hydrolyse acide, or cette réaction détruit cet acide aminé. Tout comme elle transforme les asparagine et glutamine en acide aspartique et acide glutamique. Il est donc possible que Asp et Glu ait été à la base des Asn et Gln.


    Cordialement

  7. A voir en vidéo sur Futura

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