Analyse sequençage massif (bioinformatique)

[invitec9f0f895]

Bonsoir à tous,

Une question s'il y a des habitués des analyses de séquençages massifs.
J'ai une liste de gènes dont l'expression varie entre deux conditions A et B. J'aimerai maintenant savoir ce qu'on en commun ces gènes. Pour cela j'effectue une analyse de "Gene Ontology" (GO) pour identifier des familles fonctionnelles qui seraient sur-représentées.
maintenant que j'ai cette seconde liste, j'aimerai savoir si il y existe un régulateur commun à tous ces gènes qui se retrouve dans la meme famille "GO".
et la je coince!... est-ce que vous connaitriez un moyen d'identifier ce régulateur commun? (sachant que je travaille sur la levure).
Je suis preneur pour toutes idées

Merci par avance
Yoyo
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[invite02cefc91]

Bonjour,

Ce qui me vient tout de suite à l'idée, c'est une analyse des régions promotrices. Tu ne peux pas lancer une recherche de boîtes conservées sur cette liste ?

[invitec9f0f895]

Bonsoir,

Merci pour l'idée, en effet c'est une possibilité.
Si d'autres ont des idées, n'hésitez pas!

YOyo

[invite87c7b6fa]

Bonsoir,

Moi aussi j'ai une idée assez simple, voir naïve... Sur KEGG (http://www.genome.jp/kegg/) tu dois pouvoir, si tu travailles sur une levure commune, trouver les régulateurs de l'expression de ces gènes.

Gunkan

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec9f0f895]

Bonsoir,

Merci pour la suggestion, je n'avais pas pensé à KEGG.

Yoyo