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Analyse sequençage massif (bioinformatique)



  1. #1
    Yoyo

    Question Analyse sequençage massif (bioinformatique)


    ------

    Bonsoir à tous,

    Une question s'il y a des habitués des analyses de séquençages massifs.
    J'ai une liste de gènes dont l'expression varie entre deux conditions A et B. J'aimerai maintenant savoir ce qu'on en commun ces gènes. Pour cela j'effectue une analyse de "Gene Ontology" (GO) pour identifier des familles fonctionnelles qui seraient sur-représentées.
    maintenant que j'ai cette seconde liste, j'aimerai savoir si il y existe un régulateur commun à tous ces gènes qui se retrouve dans la meme famille "GO".
    et la je coince!... est-ce que vous connaitriez un moyen d'identifier ce régulateur commun? (sachant que je travaille sur la levure).
    Je suis preneur pour toutes idées

    Merci par avance
    Yoyo

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    malesore

    Re : Analyse sequençage massif (bioinformatique)

    Bonjour,

    Ce qui me vient tout de suite à l'idée, c'est une analyse des régions promotrices. Tu ne peux pas lancer une recherche de boîtes conservées sur cette liste ?
    Seul l'étang calme reflète les étoiles

  4. #3
    Yoyo

    Re : Analyse sequençage massif (bioinformatique)

    Bonsoir,

    Merci pour l'idée, en effet c'est une possibilité.
    Si d'autres ont des idées, n'hésitez pas!

    YOyo

  5. #4
    Gunkan_Jima

    Re : Analyse sequençage massif (bioinformatique)

    Bonsoir,

    Moi aussi j'ai une idée assez simple, voir naïve... Sur KEGG (http://www.genome.jp/kegg/) tu dois pouvoir, si tu travailles sur une levure commune, trouver les régulateurs de l'expression de ces gènes.

    Gunkan

  6. #5
    Yoyo

    Re : Analyse sequençage massif (bioinformatique)

    Bonsoir,

    Merci pour la suggestion, je n'avais pas pensé à KEGG.

    Yoyo

  7. A voir en vidéo sur Futura

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