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Reroot arbre phylogénétique



  1. #1
    freesby

    Reroot arbre phylogénétique


    ------

    Bonjour,

    Alors voilà mon objectif est de créer un programme qui permet de rerooter un arbre phylogénétique (entre autre ^^). Mais là ou je buche c'est que je n'arrive pas à cerner la logique du rerootage ...
    J'ai manipulé plusieurs logiciels de phylogénie (FigTree par exemple pour le plus simple) qui maitrise très bien le changement de racine de l'arbre mais je ne comprend pas réellement comment il redessine l'arbre avec la nouvelle racine !
    Si quelqu'un pouvait m'expliquer ou me trouver un lien qui m'explique ceci, cela serait vraiment parfait
    Je remercie d'avance celui ou celle qui m'aidera !

    -----

  2. #2
    Cyrille999

    Lightbulb Re : Reroot arbre phylogénétique

    Bonjour à toi,

    Je ne suis pas spécialiste de ces problèmes de "reroutage" d'arbres, même si je comprends un peu le principe; Il existe de nombreux algorithmes, ainsi que différences façons d'implémenter cette programmation (je suppose que tu utilises un langage objet qui implique une façon de programmer différente par rapport aux non objets), il y a eu des ouvrages écrits sur ce thème.

    Je t'ai même trouvé une thèse d'informaticien, rien que sur ce thème:
    http://www.lirmm.fr/~gambette/2010Gambette.pdf

    J'espère que ça t'aidera -- sinon, il va falloir que tu rentres un peu plus dans le détail, et que tu postes éventuellement tes questions dans la sous section informatique intitulé Programmation et langages, Algorithmique


    Cyrille
    La connaissance est la matière première de l'Intelligence.

  3. #3
    freesby

    Re : Reroot arbre phylogénétique

    Merci de ta réponse !!
    En effet je code en Java et je parcours mon arbre en profondeur préfixe.
    J'ai pourtant cherché des algos sur ce sujet mais rien ... ou alors je ne cherche pas les bons termes ...
    J'ai parcouru la thèse mais je craint que ce ne soit pas ce que je recherche, désolée.
    Je vais aller posté un message dans la section informatique alors !
    Merci encore pour ta réponse !

    Mélanie

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