Bonjour
en fait j'ai un exercice d'enzymo qui me donne des réactions et je dois trouver l’équation de vitesse et l’équationd'etat stationnaire..Mais je ne vois pas de quoi il parle exactement....j'ai lu mon cours et je sais trouvé les Vm et les Km et ce qui suit mais j'ai pas compris comment vais je proceder pour cet exercice
EA+B=======EBA ( réversible )
E+A=====EA ( réversible )
EBA------E+P+Q ( irréversible )
aidez moi svp j'ai une exam de repassage lundi :'(
Salut...
Tu as dû voir les différents mécanismes enzymatiques (ping-pong, aléatoire, ordonnée, ...) ?
Suffit d'accoler chacune des réactions que tu as citées avec le bon mécanisme. Ensuite je ne sais pas quelles formules tu as vu (?)
Qu'as-tu comme matériel mathématique avec tout ça ?
on a pas vu les mécanismes dont vous parlez....on a juste faire les différents methode de linéarisation ( double reciproque, hanes, Hoftsee ) et c'est tout...en plus c'est sur qu'on aura cette question et je ne vois absulement pas comment y proceder
Et merci pour votre reponse
Hmmm, pouvez-vous m'expliquer ce que vous avez compris du domaine enzymatique ? C'est un peu difficile d'expliquer quelque chose sans connaître les bases de la personne à aider...
Qu'avez-vous vu concernant les différentes méthodes ? Et quels genre de calculs avez-vous utilisé ?
bah on a apris comment faire pour trouver les Kcat, Km , Vm a partir de certaines donneés, comme la mesure de l’absorption..on a vu aussi equation michaelis menten...et c'est vraiment tout
Pouvez-vous me donner la donnée exacte de l'exercice dont vous parlez ?
il y a aucune donnée mathematique , dans l'exrcice , il y a la question qui est
trouver les equations d'etat stationnaire et l'equation de vitesse pour le systeme :
E+A======EA ( reversible avec K1 et K2 )
EA + B=========EBA ( reversible aussi )
EBA=====E+P+Q ( irreversible )
et il a mis comme remarque que les concentration de A et B sont bcp plus grande que E0
et c'est tout
Merci bcp pour tes rep
Ok très bien.
Quelles formules as-tu vues ? Tu as bien dû voir des formules pour les états stationnaires et d'autres pour la vitesse du système (Vm) ?
La remarque quant aux concentrations c'est pour dire que ton système ne sera pas freiné par un manque de substrat
v=V.(S)/(S)+km
Vm=k2.E0
ce qui m'intrigue trop c'est que les exemples qu'on a vu au cours avait a chaque fois le composant intermediare ES et on travaillez tjr sur sa base mais ici il y en a pas et c'est ca qui me coince trop
E+A======EA ( reversible avec K1 et K2 )
Le composant intermédiaire est EA
EA + B=========EBA ( reversible aussi )
Ici c'est EBA, cinématique à deux substrats.. Après si c'est en ordonné, ça va larguer d'abord B et ensuite A
EBA=====E+P+Q ( irreversible )
Et ici c'est EBA aussi, il largue P et Q qui sont les substrats A et B modifiés, donc irréversibilité de la réaction.
Mais tout ce blabla ne serait pas qu'UNE seule réaction ?
E+A = EA+B = EAB = E + P + Q ?
Ce qui nous ferait une catalyse irréversible en ordonné (largage des composés dans l'ordre).
Oh mon dieu c'est possible :'(...et si c'est le cas ca sera lequel le truc intermediaire ???????? je veux dire le composant qui change pas de concentration
Mais je crois que t'as raison car il met systeme et pas systemeS.....
la je suis vraiment perdue :'(
Je pense que le EAB serait le composant qui change pas de concentration. C'est la quantité de EAB qui va déterminer la vitesse de réaction. Car une fois les deux substrats attachés, ils sont catalysés. Et c'est justement la vitesse de catalyse qui nous intéresse...
Mes cours d'enzymatique sont bien loin derrière malheureusement... Si j'ai une illumination je t'aiderais
Ici il est possible de calculer la vitesse de formation de chaque composé (EA, EAB et EAB en E+P+Q), je pense que c'est ça qui est demandé
Soit EA :
v=V.(A)/(A)+km
EAB :
v=V.(B)/(B)+km
Et E+P+Q
v=V.(EAB)/(EAB)+km (suis pas très sur pour celui-là)
D'accord, j'etais entrain de penser a ca aussi....Merci bcp et si t'aura une idée demain je serai reconnaissante...Merci encore une fois et bonne soirée
et j'ai encore une question si tu saura m'aider..quand est ce qu'on parle d’équation en équilibre et équation en état stationnaire..moi je me dis que en equilibre quand tout les concetration des produits et reactifs ne change pas et stationnaire c'est quand la concentration de l'element reactif qui change pas...ai je raison ou c'est pas juste
En équilibre c'est lorsqu'il y a autant de réactifs que de produits. Et stationnaire, quand Vmax est atteint. Donc concentration constante sur un temps X d'un réactif et un produit en concentration croissante sur le même temps X.
Tu as raison
d'accord...merci bcp bcp bcp
Je dirai que c'est pour dire que l'on est en pseudo 1er ordre et pas en second ordre.Envoyé par I0S_6
La remarque quant aux concentrations c'est pour dire que ton système ne sera pas freiné par un manque de substrat
“if something happened it’s probably possible.” Peter Coney
et donc c'est juste pour nous dire qu'on peut appliquer l'equation de michaelis ? c'est ou ou je me trompe ??
Oula, non, il y a deux constantes d'équilibre: KA=[E][A]/[EA] et KB=[EA][B]/[EAB] (*)Je pense que le EAB serait le composant qui change pas de concentration. C'est la quantité de EAB qui va déterminer la vitesse de réaction. Car une fois les deux substrats attachés, ils sont catalysés. Et c'est justement la vitesse de catalyse qui nous intéresse...
Mes cours d'enzymatique sont bien loin derrière malheureusement... Si j'ai une illumination je t'aiderais
Ici il est possible de calculer la vitesse de formation de chaque composé (EA, EAB et EAB en E+P+Q), je pense que c'est ça qui est demandé
Soit EA :
v=V.(A)/(A)+km
EAB :
v=V.(B)/(B)+km
Et E+P+Q
v=V.(EAB)/(EAB)+km (suis pas très sur pour celui-là)
Ensuite la vitesse est effectivement dépendante de [EAB].
Donc on a quelque chose du genre v=kcat[EAB] et Vm=kcat*E0 (vitesse maximale quand toute l'enzyme est saturée en substrats)
Et enfin on a [E]0=[E]+[EA]+[EAB].
Ensuite il suffit de remplacer... [E] et [EA]:
E0=[EA]xKA/[A]+[EA]+[EAB]
E0=[EAB]xKB/[B]xKA/[A]+[EAB]xKB/[B]+[EAB]=[EAB](KAKB/([A][B])+KB/[B]+1)
on multiplie de chaque côté par kcat:
kcatE0=kcat[EAB](KAKB/([A][B])+KB/[B]+1)
ce qui se réarrange en:
kcat[EAB]=kcatE0/(KAKB/([A][B])+KB/[B]+1)
soit v=Vm/(KAKB/([A][B])+KB/[B]+1)
Et voilà!
Pour faire plus "joli", on peut multiplier le numérateur et le dénominateur par [A][B]:
v=Vm[A][B]/(KAKB+KB[A]+[A][B])
Exercice: que devient l'équation si A et B s'associent à E de manière indépendante? (E+A<=>EA, E+B<=>EB, EA+B<=>EAB, EB+A<=>EAB)
(*)Ceci est valable si les vitesses de d'association et dissociation des substrats sont très supérieures à kcat. Sinon il faut utiliser kA et k-A, les vitesses d'association de A à E et de dissociation de EA, kB et k-B, les vitesses d'association de B à EA et de dissociation de EAB...
“if something happened it’s probably possible.” Peter Coney
mERCI bcp bcp bcp
et j'ai encore une bete question, l'equation de vitesse c'est ce que vous avez trouvez a la fin et l'equation de l'etat stationnaire c'est laquelle de tout ca
Pour le petit exercice, je vais essayer de le faire et je vous ecris ma reponse ce soir
Merci Merci
Ouf, merci pour les corrections Pfhoryan !
Mes souvenirs étaient vraiment trop loin
Normalement on passe par les équations stationnaires pour trouver l'équation de vitesse quand on veut faire les choses dans les règles. C'est ce que je sous-entendais à la fin de mon post précédent.
A l'état stationnaire, les différentes espèces ont une concentration constante:
d[E]/dt=d[EA]/dt=d[EAB]/dt=0
Et on a:
d[E]/dt=-kA[E][A]+k-A[EA]+kcat[EAB]=0
d[EA]/dt=kA[E][A]-k-A[EA]-kB[EA][B]+k-B[EAB]=0
d[EAB]/dt=kB[EA][B]-k-B[EAB]-kcat[EAB]=0
Ce sont les équations stationnaires.
Ensuite, à partir de la première, on voit que KA=[E][A]/[EA]=(kcat+k-A)/kA.
On fait pareil pour les suivantes pour trouver toutes les constantes d'équilibre...
Dans mon précédent post, j'ai pris le parti que kcat<<kA,k-A, k-B, kB.
J'en profite pour faire de la pub à un site très simple qui permet de trouver les modèles cinétiques (et les équations stationnaires) pour des systèmes assez complexes: http://enzo.cmm.ki.si
Dernière modification par Pfhoryan ; 20/08/2012 à 08h30.
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