Hello tout le monde !!

Je me tracasse le cerveau toute seule depuis un moment alors je viens chercher de l aide pour m éclairer... Voila mon problème :
Au boulot nous utilisons la méthode WB pour quantifier une protéine (nommé Protéine B).
Pour cela, nous effectuons une courbe standard en 5 points a partir d une préparation purifié de cette protéine pour laquelle ont connait la concentration. Sur le même gel se trouvent les échantillons a doser et un contrôle.

Pour l immunomarquage, nous utilisons :
1- un anticorps primaire spécifique a la protéine recherché
2- un anticorps secondaire Anti-sheet IgG phosphatase alcaline

Lorsque nous avons 1 nouveau lot d anticorps secondaire nous devons le comparer au lot actuel.
pour cela, nous migrons 2 gels en parallèle (5 points courbe standard et 5 contrôle/gel). Nous utilisons ensuite le même anticorps primaire pour les 2 gels. Et ensuite pour un gel nous utilisons le nouveau lot et pour l autre le lot aactuel.

Les résultats ne sont pas du tout comparable, nous avons une grande difference entre les 2 lots. D' ou peux provenir cette différence ?

Merci