Construction d'un arbre phylogénétique

[roro91]

Bonjour,

Imaginons vouloir construire un arbre phylogénétique pour 5 espèces sur base d'une seule séquence nucléotidique (pas très fiable mais bon). On considère donc ce site nucléotidique comme un caractère et les bases A, C, G ou T comme l'état de ce caractère. Je comprends le principe. Mais je ne comprends pas comment on peut trouver où sont situés les sites nucléotidiques identiques et donc comparables entre deux espèces, d'autant plus si on compare deux espèces très éloignées. Il y aurait t'il une grande proportion de gènes communs entre tous les eucaryotes?

Merci d'avance
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[Gunkan_Jima]

Bonjour,

Pour répondre à votre question, il vous manque une étape cruciale lors d'un reconstruction phylogénétique : l'alignement de séquences.
L'alignement a pour principe de "retrouver" les positions homologues entre des séquences (c'est à une position de la séquence ancestrale transmis par ascendance commune aux séquences filles). Donc, il faut ensuite avoir un "bon" échantillons de séquences homologues pas trop proches (pas assez d'informations) et pas trop éloignées (alignement trop difficile) qui sera aligner puis traiter lors de la reconstruction.
Si l'autre question est "y a t'il des gènes commun à tous les eucaryotes?" la réponse est oui comme les gènes codant pour les ARNt les ARN ribosomiques ou le cytochrome c mitochondriales...

J'espère avoir pu aider,

Gunkan

[roro91]

Merci beaucoup!