Pcr il4vntr

[invite734f74df]

Bonjour à tous, je suis étudiante et j'aurais besoin de quelques conseils.
Je voudrais amplifier le polymorphisme il4VNTR, j'ai donc fait ma PCR et fait migrer mes ADN sur gels d'agarose seulement ça ne marche pas, les resultats après révélation au BET sont illisibles, les ADN n'apparaissent pas.
Voici mon mix PCR
-Tampon 10X : 3µL
-MgCl2: 0.9µL
-dNTP à 10µM: 3µL
-Primer R à 20µM :0.75µL
-Primer F à 20µM : 0.75µL
-Taq polymerase 5U/µL: 0.4µL
-H2O : 16.2µL

Mon programme de PCR a 50 cycles avec une TM à 57°C et le gel d'agarose est à1.5% et migre à 50V

Est-ce le bon protocole? d'où pourrait venir le problème?

Merci d'avance pour vos réponses
-----

[Flyingbike]

il va falloir etre plus précis pour certaines choses. Par exemple on s'en fout un peu de la tension de migration, par contre il serait utile de connaitre la longueur de l'amplicon attendu, le temps d'élongation, le %GC des amorces, leur longeur, etc. Quelle est la différence attendue entre vos échantillons (longueur, présence/absence, etc) ?

Il peut y avoir des dizaines de causes différentes à une PCR qui ne fonctionne pas.