Gènes communs à deux espèces

[Amanuensis]

Bonjour,

Je pense qu'on a 99% de gènes en commun avec les chimpanzés. Ce qui n'atténue nullement la variation allélique d'un individu Homo sapiens à l'autre

Je n'ai jamais été bien sûr de la définition de ces "99% de gènes en commun".

Si je prends un gène humain, et qu'il est dans ces 99%, on va trouver "le même" chez (disons) pan troglodytes. Que veut dire "le même" ?

Une première idée serait "homologue". Donc que pour 1% des quelques 30000 gènes humains, on ne puisse pas trouver un gène homologue chez (disons) pan troglodytes. Mais alors, d'où viendraient ces gènes ? Création de novo ?

À l'opposé, si on part de l'idée que chacun de nos gène est homologue (et même orthologue, i.e., pas de création de novo de séquence) à un gène trouvable chez pan troglodytes, quel est le critère qui permet de séparer "même" de "différent" pour des gènes homologues ? L'inexistence d'allèle commun ? L'incompatibilité si on faisait une "greffe" de gène ?

Quelqu'un a-t-il des indications ou des références permettant de répondre à ce genre de question, et plus généralement donner un sens précis à cette notion de "99% de gènes en commun" ?
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[Alhec]

Ce sont des chiffres de comparaisons de séquences. Ce n'est pas correct de parler de 99% de gènes identiques.

Il ne faut pas chercher plus loin, en moyenne, quand tu prends 2 séquences (j'ai bien dit séquence, pas gène. Pour les gènes, c'est autre chose, là on peut regarder si ils sont homologues ou pas), une chez l'homme une chez le chimpanzé, tu as autour de 98-99% de similarité. La quantification exact n'a pas d'importance. Ce qui est important, c'est que les différences sont faibles. En fait, tout les animaux partagent une haute identité de séquence. Ca a une importance pour comprendre que la diversité biologique n'est pas générée uniquement en faisant varier de manière importante les séquences.

[toothpick-charlie]

c'est difficile de donner un sens précis à ces chiffres, parce qu'on parle de séquences "alignées", c'est-à-dire qu'on cherche le meilleur accord entre une séquence de Homo sapiens et une de Pan troglodytes, à l'aide de certaines manipulations comme la suppression de quelques nucléotides dans l'une ou l'autre séquence, et qu'après ces manipulations, il reste encore 1% de discordances. Tout serait beaucoup plus simple si on pouvait se référer à des adresses absolues le long du chromosome : on comparerait par exemple des séquences commençant à la position 138455 du chromosome 12 et s'étendant sur 500 pb. Mais comme il y a des réarrangements chromosomiques, des insertions ou délétions d'ADN non codant, etc on ne peut pas supposer que des séquences homologues se trouvent à la même adresse (d'ailleurs le chimp a une paire de chromosomes de plus que nous)

[Amanuensis]

Juste une petite question : le terme "séquence" recouvre quoi ? Une suite de nucléotides, OK. Plus grande que 3 et moins grande qu'un chromosome, pour sûr. Mais plus précisément ? C'est une question de longueur, de marqueurs de début/fin ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[mh34]

D'après ce que j'en ai compris c'est une question de "marqueurs" ; c'est l'ensemble des nucléotides situés entre un codon d'initiation et un codon stop.

[toothpick-charlie]

les séquences sur lesquelles on travaille vont de quelques dizaines à quelques milliers de paires de bases. Il y a une complication supplémentaire : le séquençage n'est jamais parfait et il y a souvent quelques nucléotides "illisibles", et parfois des erreurs de lecture, ça peut être de l'ordre de 1% justement...

[noir_ecaille]

Reste que si on compare un génome de chimpanzé avec un génome de rainette, on aura certainement une partie de séquence commune, mais aussi une partie qui ne "s'aligne" pas.

C'est de là qu'on tire nos chiffres pour la proximité génétique entre deux espèces ou phylums.

Ensuite, je ne suis pas sur du delta d'imprécision concernant les comparaisons de génomes entre chimpanzé et humain. Tout dépend du degré de manipulation et de la précision des outils bien sûr, mais sachant qu'on arrive à mesurer la probabilité de (non) paternité avec encore moins de différence génétique, dire que les erreurs sont de l'ordre du 1%... 1% mais de quoi ? 1% sûr de sûr ou juste au pif ?

Sachant qu'on arrive à déceler des discordances génétiques infimes entre jumeaux monozygotes, ça me paraît tout à fait exagéré comme taux d'erreurs.