Bonjour,


J'aurais besoin de précisions sur le design de sondes Taqman pour la PCR en temps réel.

Lors du design de sondes Taqman avec un quencher BHQ, on part du principe que le Tm de la sonde doit être de 7-10°C de plus que celui des amorces, afin de s’assurer la spécificité de l’hybridation de la sonde.

J’aimerais transposer une sonde MGB en sonde BHQ. Elle possède une taille suffisante pour une sonde BHQ (20nt), mais son Tm se situe entre ceux des deux amorces. Il y a la possibilité de rallonger la sonde pour augmenter son Tm, mais est-ce vraiment nécessaire ?

Quel est le risque d’utiliser une sonde Taqman BHQ dont le Tm est le même que celui des amorces ? Peut-il y avoir de l’amplification non spécifique de la cible pour laquelle le modèle a été designé ? La limite de détection du modèle peut-elle être modifiée ?

Merci de m’éclairer


Bonne journée