Expression de gène

[invite3202e391]

Je ne comprends pas la notion d'"expression de gènes"
La technique de Puces à ADN permet par exemple d'identifier l'expression d'1 ensemble de gènes, mais à quoi cela correspond t il ?

Les gènes étant une portion d'ADN, on se trouve bien "en dessous" en quelque sorte de l'ARN ?

En résumé, on a bien
ADN -----------------> ARN(m)------------->Protéines
......TRANSCRIPTION........... .....TRADUCTION

Mais ou placer les gènes dans ce schèma ? au niveau de l'ADN ?
Je suis perdu avec tous mes cours, merci à vous !
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[invite2db69bfb]

Salut Benz.

Pas de panique, pas de panique.

Si on prend la définition d'un gène : Séquence d'ADN contenant l'information nécessaire à la transcription puis la traduction.
Ensuite, un gène qui " s'exprime " est un gène qui sera transcrit (ARN) puis traduit (Protéine).

De ce fait, pour étudier si un gène est exprimé il suffit de trouver les ARN venant de la transcription de ce gène (On va hybrider ses ARN avec des puces qui ne sont autre que des séquences complémentaire à l'ARN du gène qu'on étudie.) ou bien d'arriver à trouver la protéine pour lequel code ce gène.

Vois-tu?

[invite3202e391]

Merci de ta réponse Htu, j'y vois plus clair !

Donc si j'ai bien compris, la technique de PUCES à ADN consiste à créer artificiellement la séquence complémentaire de l'ARN correspondant au gène qu'on étudie et on va donc insérer via un puces cette séquence afin d'en trouver une complémentaire pour trouver dans quelle cellule s'exprime le gène en question, c'est bien ça ?

Si oui, comment a ton fait pour identifier la séquence d'ARN du gène recherché ( car on l'a reproduite artificiellement..) ?

[invite18a7dd73]

Bonjour Benz.,

Oui les gènes sont bien des segments d'ADN qui vont permettre après plusieurs étapes la production de protéines. Chez les eucaryotes, un gène est une unité de transcription (séquence transcrite en ARN). On part d'un gène de l'ADN matrice pour faire un ARN pré-messager grâce à une enzyme (ARN polymérase).

Cet ARN contient des séquences codantes appelées exons et des séquences non codantes appelées introns. Les exons seront conservés pour former l'ARN messager mature (ARNm) et les introns sont éliminés de l'ARN pré-messager. On nomme cette étape l'épissage des ARN pré-messagers qui deviennent donc des ARN messagers matures portant que des séquences codantes (c'est-à-dire séquences qui sont traduites en protéines) entre le codon initiateur et le codon stop.

L'ARNm est capable de se déplacer du noyau vers le cytoplasme où les ribosomes se chargeront de décodés leurs messages ARN en séquences peptidiques (protéines) qui sont douées de fonctions importantes pour la cellule.
L'ADN total d'une cellule (le génome) ne code pas entièrement pour des protéines en réalité il y a 1% de régions codantes dans le génome humain ! Quand un gène est fortement exprimé ça veut dire que la transcription pour ce gène est très active, on retrouvera alors beaucoup d'ARNm correspondant à ce gène dans la cellule.

En ce qui concerne les puces à ADN, on sélectionne plusieurs gènes ADN (transformé en simple brin) qu'on souhaite analyser sur des petites surfaces planes et on fixe l'ADN (polylysine). Un spot = un gène ADN amplifié (pour avoir un résultat visuel et interprétable) et sélectionné par PCR (Polymerase Chain Reaction). On sait que les ARN totaux d'une cellule correspondent à l'expression génétique puisqu'ils sont issus des gènes ADN (en fait on sélectionne les gènes par le produit de ceux-ci qui est l'ARNm). Le but est de transformer ces ARNm en ADN complémentaire (ADNc) par rétrotranscription et de les amplifier par PCR (chacun des ARNm est amplifié proportionnellement à sa quantité de départ dans la cellule). Ils pourront par complémentarité des bases azotées, se lier à l'ADN qu'on a fixé au début, mais seulement si les gènes sont présents ! Pour détecter ces hybridations il faudra au préalable marquer par un colorant les ADNc. On pourra donc savoir si la cellule dont on a prélevé les ARN totaux expriment ou pas les gènes qu'on a fixé et amplifié au début. Et étant donné qu'on a un amplification proportionnelle des ARNm l'intensité de la couleur des spots suite à l'hybridation nous renseignera sur la forte ou faible expression de ceux-ci dans la cellule en comparant avec des témoins.

C'est (enfin) fini en espérant que ça t'aide un peu !

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite3202e391]

Ah oui c'est beaucoup plus complexe que je ne l'imaginais en fait
Mais finalement, quelle est la différence entre la technique de PUCES à ADN et la fameuse hybridation IN SITU ?

Merci de ton aide goobzix !

[invite18a7dd73]

Oui ça fait beaucoup d'un coup !

L'hybridation in situ apporte en plus la localisation de l'expression des gènes sur une coupe histologique (tissu cellulaire). Non seulement on sait si le gène est exprimé et à quelle intensité il l'est mais on sait aussi quelles sont les cellules du tissu qui les expriment (toute les cellules d'un organisme ont le même génome mais pas le même transcriptome).

[invite3202e391]

Merci beaucoup !

[Flyingbike]

Attention, l'hybridation in situ n'est pas (trop) quantitative. C'est plutot qualitatif.
Autre différence de taille : la puce à ADN est une technique a grande échelle, c'est à dire qu'lle permet de mesurer l'expression absolue ou différentielle d'une grande quantité de gènes en même temps (plusieurs milliers) alors que l'hybridation in situ est ciblée : on n'utilise que quelques sondes en fonction de nos gènes d'intérêt.

[invite18a7dd73]

Tout à fait d'accord ! C'est plutôt qualitatif, le quantitatif étant ici visuel et donc grossier (ça donne néanmoins une idée).