Bioinformatique et nettoyage de séquences

[inviteafc350b4]

Bonjour,
j'ai besoin de vos lumières en bioinformatique concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn "parasites" (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables?
En vous remerciant,
B.
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[invite2db69bfb]

Salut !

Je connais SortMeRNA pour les ARNr... et comme tu l'as dit Cutadapt pour les adaptateurs.
Si d'autres sont plus généralistes ou font les deux à la fois voire plus, je suis aussi demandeur.
Mais avec ces deux là on s'en sort déjà pas mal !