Scepticisme et théorie de l'Evolution

[Cendres]

Pourquoi dans certaines lignées, à ce qu'il paraît, les mutations ont é té une source de véritables transformations des espèces et une sources de cladogenèse et dans d'autre lignée ça a stagné?

Bonjour,

Cela peut avoir pour origine, par exemple, une relative stabilité des conditions environnementales (la mer, par exemple, est un milieu très tamponné, relativement stable) et/ou l'absence de nouvelles niches écologiques à occuper. Il faut bien entendu relativiser l'apparente stabilité, même morphologique, de tel ou tel clade; il est aisé de trouver des différences morphologiques entre les coelacanthes d'aujourd'hui et les deux espèces actuelles, par exemple dans la structure des nageoires, sans compter toutes les modifications internes, anatomiques et physiologiques. Idem avec les requins, qui ont en fait beaucoup changé depuis leur apparition, contrairement à l'idée répandue.
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[shmikkki]

Bonjour Codepine, bonjour à tous,

Ce dont vous parlez c'est la stabilité apparente d'une espèce par rapport à d'autres qui nous paraissent en perpétuel changement. Bien entendu, c'est très bien expliqué par la théorie de l'évolution. On peut par exemple penser à la théorie des équilibres ponctués de Gould qui apporte déjà une explication. Le changements morphologique / physiologique / comportemental / etc ... d'une espèce dépend simplement (en très grande partie, ne parlons pas de la dérive) de sa place sur la paysage adaptatif. (et surtout de la variation temporelle du paysage adaptatif)

Le paysage adaptatif c'est l'espace phénotypique d'une espèce (morphologie, physiologie, etc ...). Le paysage adaptatif (abrégé PA) a une topologie. Plus c'est haut, plus cette combinaison phénotypique tend à augmenter la fitness. Normalement, si toutes les espèces étaient à leur fitness maximale (ce qui est un contre sens, mais j'en parle pas pour le moment), alors la combinaison phénotypique d'une espèce se situerait sur le point le plus haut du paysage adaptatif.
Pour que l’espèce "évolue", c'est à dire change morphologiquement, il faut qu'elle bouge sur ce PA.
La force qui fait bouger les espèces sur ce PA (et donc qui les amène au maximum adaptatif) c'est la sélection ( qui équivaut à la pente du PA, c'est à dire la dérivée).
Donc pour qu'une espèce évolue, il faut que la maximum adaptatif change de place sur le PA (c'est à dire que la combinaison phénotypique maximisant la fitness aura changé). Pour ça, la voie la plus rapide c'est un changement environnementale (voir par exemple le cas célèbre des Pinsons de Darwin: Avant 1983, le maximum adaptatif du PA était situé sur des gros becs, et après 1983, il était situé sur des petits becs. La population a donc évolué (augmentation en fréquence des petits bec *)).

Qu'est-ce-qu'on peut en retenir?
Que le taux d'évolution d'une espèce ne dépend que de la variation de la sélection naturelle (en grande partie). Concernant le coelacanthe, depuis des centaine d'année, il n'a pas eu besoin d'évoluer, car la sélection a toujours maximisé les même combinaisons phénotypiques (toujours la même place sur la PA).

En clair, l'évolution n'est pas linéaire.

*: 1983 a été marqué par une très forte intensité d'El Niño, qui a balayé en grande majorité les grosses graines, laissant les petites graines en plus forte fréquence (sur les îles des Galapagos).

[Cendres]

Concernant le coelacanthe, depuis des centaine d'année, il n'a pas eu besoin d'évoluer, car la sélection a toujours maximisé les même combinaisons phénotypiques (toujours la même place sur la PA).

En tout cas, au moins de façon immédiatement visible, ce qui n'empêche évidemment pas les mutations neutres. Je reste plus réservé sur la formulation "avoir besoin".

[shmikkki]

En tout cas, au moins de façon immédiatement visible, ce qui n'empêche évidemment pas les mutations neutres. Je reste plus réservé sur la formulation "avoir besoin".

Absolument, j'ai essayé d'expliquer tout ça de la façon la plus simple possible. La formulation "avoir besoin" était un raccourci pour rendre l'explication plus simple (mais c'est toujours compliqué de lier simplicité et rigueur du vocabulaire.

Pour appuyer sur le "visible", il est à noter que la paysage adaptatif d'une espèce représente la fitness en fonction d'une combinaison de traits phénotypiques, choisi par le biologiste. L'apparente stabilité d'une espèce n'est donc dépendente que de la subjectivité du biologiste qui l'étudie.
Ces idées rejoignent aussi l'idée selon laquelle la définition d'un "trait" et elle aussi très discutable.

[Codepine]

Bonjour,

Cela peut avoir pour origine, par exemple, une relative stabilité des conditions environnementales (la mer, par exemple, est un milieu très tamponné, relativement stable) et/ou l'absence de nouvelles niches écologiques à occuper. Il faut bien entendu relativiser l'apparente stabilité, même morphologique, de tel ou tel clade; il est aisé de trouver des différences morphologiques entre les coelacanthes d'aujourd'hui et les deux espèces actuelles, par exemple dans la structure des nageoires, sans compter toutes les modifications internes, anatomiques et physiologiques. Idem avec les requins, qui ont en fait beaucoup changé depuis leur apparition, contrairement à l'idée répandue.

OK, mais, si on se renseigne sur l'histoire de la Terre, depuis le Dévonien jusqu'à nos jours, ce ne sont pas les bouleversements climatiques qui ont manqué. Même pas les mers n'ont été stables. Rien qu'avec la dérive des continents, les hausses et les baisses du niveau de la mer et de ses températures, salinités, les changements ont été majeurs, même dans la mer. Il suffit de se rappeler, entre autre, la crise du Permien.
Les nageoires du Coelacanthe ont subi des changements, mais ce ne sont que des changements insignifiants (se sont toujours des nageoires), comparés aux changements qui ont eu lieu dans la lignées qui va des sarcoptérygiens jusqu'aux primates.
Ce que je veux dire c'est qu'à partir des actinistiens rien n'a plus changé, au sein des actinistiens aucun nouveau clade n'a émergé. Malgré toutes les mutations et les temps géologiques.

J'essaie peut-être de mieux m'expliquer : une fois qu'un clade évolue, il se diversifie un maximum avec le temps, il y a spéciation, mais il reste globalement stable, on ne sort pas du clade. Il n'y a qu'un individu, ou une petite population, de ce clade, qui origine un nouveau clade, en se détachant.

Les cynodontes étaient un clade très diversifié, si les cynodontes n'existent plus ce n'est pas parce qu'ils se sont transformés en mammifères, si ils n'existent plus c'est parce qu'ils se sont éteints, s'ils ne s'étaient pas éteints on les aurait retrouvés comme on a retrouvé les actinistiens (coelacanthe), certes diversifiés, parce que la diversifications et les variations font partie du vivant.

C'est juste une petite population de cynodontes qui s'est détachée des autres et qui a été à l'origine des mammifères.

L'Histoire de la vie répète, à travers les temps géologiques, toujours le même schéma : un clade émerge, il se diversifie, il y a spéciation mais on ne sort pas du clade, il y a juste une petite population de ce clade qui semble posséder le potentiel évolutif pour fonder un nouveau clade, et le clade d'origine si il ne s'éteint pas persite dans le temps avec plus ou moins de variations.
Je comprends très bien que les chordés très basals comme l'amphioxus ou les ascidies ne sont plus le Pro-chordé originel, qu'ils ont évolué, néanmoins ils ont étaient incapables d'engendrer en leur sein une nouvelle population pour former un nouveau clade. Et pourtant ce n'est ni le temps ni les mutations qui ont manqué.

Autre exemple : les pluricellulaires s'enracinent dans les eucaryotes unicellulaires. Mais l'animal pluricellulaire a émergé une seul fois, plus aucun unicellulaires n'a pu engendrer une deuxième fois la pluricellularité. Et pourtant ce ne sont pas les mutations qui manquent au sein des unicellulaires, sans parler du temps.

Si on observe un arbre phylogénétique on remarquera qu'un clade engendre toujours deux nouveaux clades, maximun trois, et après il ne fait que se diversifier dans le cadre du clade et surtout il n'arrive plus à engendrer de nouveau clade, soit il survit à travers les temps géologiques soit il s'éteint.

Les insectes eumétaboles émergent au début du Permien, ils existent toujours, ils ont varié, ils ont changé, mais ils demeurent néanmoins des eumétaboles, en revanche, au cours du Permien, une population d'eumétaboles d'un côté, et, d'un autre côté une autre population toujours d'eumétaboles, se sont détachées. Elle sont à l'origine des paranéoptères d'un côté et des holométaboles de l'autre. Ils engendrent deux nouveuax clade et stop. À son tour les paranéoptéres engendrent les psocodiens et les condylognathes, pas un clade de plus, pas un clades de moins, et ainsi de suite pendant toute l'histoire du vivant, et tous ces clades existent toujours avec des variations certes, mais ils n'ont plus rien engendré de nouveau. Comme je l'ai déjà dit, bien que la plupart des espèces et beaucoup de clades aient disparu, le Vivant actuel est un Musée de l'Évolution.
Or la cladogenèse est du domaine de la macro-évolution, la spéciation est du domaine de la micro-évolution. La Théorie actuelle rend compte parfaitement de la spéciation, malheureusement elle part du principe, invérifiable et presque certainement erroné, que la macro-évolution n'est rien d'autre que la micro-évolution sur des temps géologiques, à force de cumuler des micro-mutations on obtient des macro-mutations. Les heures sont faites de minutes, les journées d'heures et les années de journées et ainsi de suite. Si cela était vrai la cladogenèse ne devrait pas se déployer au cours de l'histoire du vivant selon ce schéma que j'ai expliqué et que tout le monde peut aller vérifier.
Par conséquent je suis persuadé que l'Évolution est un fait qui est devant nos yeux, même sans les fossiles, mais que la théorie actuelle est loin d'être la Théorie que l'on vente tant. Elle ne rend pas compte de la cladogenèse et de sa modalité.

[toothpick-charlie]

L'Histoire de la vie répète, à travers les temps géologiques, toujours le même schéma : un clade émerge, il se diversifie, il y a spéciation mais on ne sort pas du clade, il y a juste une petite population de ce clade qui semble posséder le potentiel évolutif pour fonder un nouveau clade, et le clade d'origine si il ne s'éteint pas persite dans le temps avec plus ou moins de variations.

à mon humble avis c'est une illusion d'optique. Quand un clade se diversifie, il y a forcément un rameau qui est plus proche du tronc que les autres, c'est celui-là qui garde le nom et les autres sont dits émerger. C'est un peu comme quand on remonte un fleuve et qu'à chaque confluent on décide qu'un côté est le fleuve et l'autre l'affluent.

[Cendres]

OK, mais, si on se renseigne sur l'histoire de la Terre, depuis le Dévonien jusqu'à nos jours, ce ne sont pas les bouleversements climatiques qui ont manqué. Même pas les mers n'ont été stables. Rien qu'avec la dérive des continents, les hausses et les baisses du niveau de la mer et de ses températures, salinités, les changements ont été majeurs, même dans la mer.

C'est inexact. Les changements qui se sont produits dans les océans sont beaucoup plus lents et faibles que ceux survenus hors de l'eau. Le milieu terrestre est nettement plus versatile et non tamponné. D'où les explosions rapides de diversification, et les changements morphologiques plus rapides et plus évidents pour nous.

Les nageoires du Coelacanthe ont subi des changements, mais ce ne sont que des changements insignifiants (se sont toujours des nageoires), comparés aux changements qui ont eu lieu dans la lignées qui va des sarcoptérygiens jusqu'aux primates.

C'est sûr que si tu compares immédiatement à un extrême, ça paraîtra toujours "insignifiant" (terme à mettre en perspective par rapport à un référentiel).

J'essaie peut-être de mieux m'expliquer : une fois qu'un clade évolue, il se diversifie un maximum avec le temps, il y a spéciation, mais il reste globalement stable, on ne sort pas du clade.

Il peut se diversifier, ou non. Il n'y a aucune obligation. Par ailleurs, s'il y a des spéciations, comment peux-tu affirmer que c'est "globalement stable"? En prenant pour échelle de base le clade, tu mets la barre très haut par rapport à ce qui se fait en Biologie de l'Evolution.

La Théorie actuelle rend compte parfaitement de la spéciation, malheureusement elle part du principe, invérifiable et presque certainement erroné, que la macro-évolution n'est rien d'autre que la micro-évolution sur des temps géologiques, à force de cumuler des micro-mutations on obtient des macro-mutations.

Ce fut le cas, mais depuis pas mal d'années, ça ne l'est plus.

Les heures sont faites de minutes, les journées d'heures et les années de journées et ainsi de suite. Si cela était vrai la cladogenèse ne devrait pas se déployer au cours de l'histoire du vivant selon ce schéma que j'ai expliqué et que tout le monde peut aller vérifier.

Désolé, je n'ai rien compris.

Par conséquent je suis persuadé que l'Évolution est un fait qui est devant nos yeux, même sans les fossiles, mais que la théorie actuelle est loin d'être la Théorie que l'on vente tant. Elle ne rend pas compte de la cladogenèse et de sa modalité.

Je ne vois pas où tu veux en venir là non plus.

[Codepine]

à mon humble avis c'est une illusion d'optique. Quand un clade se diversifie, il y a forcément un rameau qui est plus proche du tronc que les autres, c'est celui-là qui garde le nom et les autres sont dits émerger. C'est un peu comme quand on remonte un fleuve et qu'à chaque confluent on décide qu'un côté est le fleuve et l'autre l'affluent.

Et c'est bien ça, pour moi, le problème : pourquoi il y a des rameux qui, malgré toutes les mutations, les recombinaisons et le temps parfois géologique, n'arrivent plus à engendrer quelque chose de véritablement nouveau. Les nouveaux clades se distinguent justement en raison de leurs caractères dérivés propres, c'est à dire de véritables innovations et non pas des "simples" variation sur le thème.

[shmikkki]

Codepine, as-tu lu mon post précédent sur la paysage adaptatif?
Je n'en ai pas parlé par hasard. Le paysage adaptatif de Simpson (1944) représente la première visualisation de l'évolution, en liant à la fois la micro et la macro évolution.

Et la réponse est claire: C'est la sélection qui drive l'apparition / changement de nouveaux traits. Or la sélection est une force soumise aux aléas environnementaux (mais aussi aux caractères déjà présents). Donc l'évolution des espèces ne dépend que des aléas environnementaux (qui sont, comme le mentionne Cendres, plus "tamponné" dans le milieu aquatique (tiens une publi intéressante sur la question: Là)).

Donc la véritable question serait: Pourquoi veux-tu que la plupart des clades se diversifient de la même façon?

Deuxièmement, quelque chose que tu oublis: Nos arbres phylogénétiques ne sont construits qu'à partir de peut être 0.001% des espèces ayant vécues sur la Terre. Quand tu pense qu'un clade n'a pas "évolué" depuis plusieurs millénaires, au final tu ne peux en être sûre car beaucoup d'espèces sont apparues et disparues par la suite.

[shmikkki]

Les nouveaux clades se distinguent justement en raison de leurs caractères dérivés propres, c'est à dire de véritables innovations et non pas des "simples" variation sur le thème.

???
D’où est-ce-que tu sors cette affirmation.

[Codepine]

Donc la véritable question serait: Pourquoi veux-tu que la plupart des clades se diversifient de la même façon?.

Je ne veux absolument rien.

Je constate tout simplement.

À l'intérieur d'un clade toutes les lignées évoluent en se diversifiant un peu, beaucoup, à la folie....selon les lignées, d'autres lignées restent plus stables, plus proches de l'ancêtre commun. Qu'elles varient peu ou beaucoup elles n'arrivent pas à sortir du clade.

De toutes ces lignées uniquement deux, au grand maximum trois dans des cas très rares, arrivent à évoluer assez pour fonder un nouveau clade.
Un autre exemple au hasard (mais on pourrait donner comme exemple tout l'arbre phylogénétique du vivant, parce que c'est toujours la même histoire qui se répéte) : le clade des cténosquamates se diversifient, et toutes les lignées sont des variations plus ou moins poussées sur le même thème (microécolution), elle varie sans sortir du clade, seulement deux lignées arrivent à évoluer au point de développer des véritables innovations (caractères dérivés propres) pour fonder (macroévolution) d'un côté les myctophiformes dans une lignées et les acanthomorphes dans une l'autres lignée.
Je ne veux en arriver nulle part. Je constate des régularités et des faits évolutifs qui ne trouvent pas d'explication pour moi satisfaisante, dans le cadre de la Théorie, telle qu'elle est aujourd'hui.

[Cendres]

Je constate des régularités et des faits évolutifs qui ne trouvent pas d'explication pour moi satisfaisante, dans le cadre de la Théorie, telle qu'elle est aujourd'hui.

J'ai du mal à voir...des explications non satisfaisantes par rapport à quoi? Au simple fait que différentes lignées se diversifient plus ou moins ?

[Codepine]

J'ai du mal à voir...des explications non satisfaisantes par rapport à quoi? Au simple fait que différentes lignées se diversifient plus ou moins ?

Non, pas au simple fait que certaines lignées se diversifient plus ou moins. Mais par rapport au fait que certaines lignées restent très proches de la forme ancestrale et que malgré les mutations et le temps, elle n'arrivent pas à aller plus loin.
Surtout par rapport au fait que uniquement deux populations se séparent du clade ancestral pour fonder un nouveau clade. Par rapport au fait que dans un lointain passé au sein des chordés ont émergé les vertébrés mais depuis au sein des chordés rien de nouveau n'a plus émergé, de même que plus rien de nouveau n'a émergé au sein des eumétaboles, et ainsi de suite. De même que l'émergence des métazoaires ne s'est plus répétée et depuis, au sein des eucaryotes unicellulaires n'ont plus émergé de métazoires, plus rien n'a émergé des actinistiens et plus rien n'a émergé à partir des paléognathes.
Même un arbre phylogénétique qui comprend les espèces disparues est rythmé par la même cadence.
Cela se passe comme si la variations n'avait plus qu'une faible incidence sur le phénotype.

[Cendres]

En quoi tout ceci pose problème ? Ce qui a pu se passer ne préjuge en rien de ce qui va se passer.

Par ailleurs, dans toutes les lignées que tu cites, tout dépend déjà que ce que tu considères comme "nouveau" (et tout le monde n'aura pas la même approche), et des dates auquel ça c'est passé ou non. Par exemple, les modifications récentes très rapides chez Podarcis sicula sont-elles pour toi quelque chose de "nouveau", ou une "faible incidence sur le phénotype"? Si oui, ta vision est peut-être assez restrictive.

Un nouveau clade n'émerge pas comme ça en quelques siècles simplement parce qu'avant d'autres clades émergeaient. L'apparition de nouveaux clades, ou leur non-émergence, n'est en rien une obligation dans la théorie de l'évolution actuelle, qui n'a d'ailleurs pas la prétention de tout expliquer illico presto.

[shmikkki]

Non, pas au simple fait que certaines lignées se diversifient plus ou moins. Mais par rapport au fait que certaines lignées restent très proches de la forme ancestrale et que malgré les mutations et le temps, elle n'arrivent pas à aller plus loin.

Parce que ce concept de "aller plus loin" ne veut rien dire. Encore une fois, seule la sélection drive la diversification phénotypique (entre clades, espèces, genres, populations, etc ...). Pourquoi cela vous dérange t-il que les vitesses de diversification phénotypique ne soient pas les même entre les clades? J'ai l'impression (je me trompe surement), que vous avez peut être une vision "progressiste" de l'évolution ...? Comme si les espèces et les clades "devaient" changer.

Surtout par rapport au fait que uniquement deux populations se séparent du clade ancestral pour fonder un nouveau clade. Par rapport au fait que dans un lointain passé au sein des chordés ont émergé les vertébrés mais depuis au sein des chordés rien de nouveau n'a plus émergé, de même que plus rien de nouveau n'a émergé au sein des eumétaboles, et ainsi de suite. De même que l'émergence des métazoaires ne s'est plus répétée et depuis, au sein des eucaryotes unicellulaires n'ont plus émergé de métazoires, plus rien n'a émergé des actinistiens et plus rien n'a émergé à partir des paléognathes.
Même un arbre phylogénétique qui comprend les espèces disparues est rythmé par la même cadence.
Cela se passe comme si la variations n'avait plus qu'une faible incidence sur le phénotype.

Je vous l'ai dit dans un précédent post, vous n'avez que le constat des espèces qui sont arrivées jusqu'à nous (et les quelque fossiles). Rien de nous dit pas que d'autres clades sont apparus, puis disparus par la suite. Aujourd'hui, seules les espèces pouvant passer le filtre sélectif de notre environnement actuel peuvent être observées. L'environnement a beaucoup changé en 3.5Ma, donc de nombreuses espèces sont apparues (nombreuse est un euphémisme) et disparues, sans que nous en ayons aucune traces.

Vous devez surement connaitre LUCA (Dernier ancêtre commun universel). Et bien, il faut bien s’imaginer qu'à l'époque de LUCA, surement beaucoup d'autres "LUCA" devaient être présents. Mais aucun n'a pu voir sa lignée subsister jusqu'à aujourd'hui (et même dans l'hypothèse ou ils se seraient diversifié en plusieurs clades, etc ... ils ont peut être disparus). La même logique peut être appliquée pour les ancêtres commun des clades, genre et autres familles.

On ne peut rien dire sur la dynamique de la phylogénie d'un clade. On peut seulement dire quelque chose sur la dynamique de la phylogénie composée par les espèces actuelles (et les quelques fossiles).

Donc votre question pourrait peut être se rapporter à "Pourquoi certains clades sont plus représentés que d'autres à l'heure actuelle"?

[Codepine]

En quoi tout ceci pose problème ? Ce qui a pu se passer ne préjuge en rien de ce qui va se passer.

Par ailleurs, dans toutes les lignées que tu cites, tout dépend déjà que ce que tu considères comme "nouveau" (et tout le monde n'aura pas la même approche), et des dates auquel ça c'est passé ou non. Par exemple, les modifications récentes très rapides chez Podarcis sicula sont-elles pour toi quelque chose de "nouveau", ou une "faible incidence sur le phénotype"? Si oui, ta vision est peut-être assez restrictive..

Effectivement tout le monde n'a pas la même approche. Il y a des cladistes qui n'acceptent pas le clade des homininés. Ils classent l'homme dans celui des hominidés avec les bonobos, les scimpanzés et gorilles, pour eux l'homme n'a pas des caractères dérivés propres suffisants pour justifier un nouveau clade, le clade des homininés. D'autres cladistes,en revanche, affirment que le néocortex hyper développé, la bipédie et la conscience réflexive sont des caractères dérivés propres suffisants pour un nouveau clade.
Pour ce qui est du lézard de la méditerranée, il s'agit de l'émergence, entre autre, d'un nouvel organe avec une nouvelle fonction pour la digestion. Suffit-il pour fonder un nouveau clade? À mon avis ce n'est pas suffisant, il faudra attendre, sont-ils sur la voie d'un nouveau clade? On ne peut pas savoir. Quand on analyse un arbre phylogénétique, les clades se distinguent par un ensemble de caractères dérivés propres dont une innovation majeure, entre les crâniates et les gnathostomes il y a quand même eu une énorme innovation : la mâchoire.

Un nouveau clade n'émerge pas comme ça en quelques siècles simplement parce qu'avant d'autres clades émergeaient. L'apparition de nouveaux clades, ou leur non-émergence, n'est en rien une obligation dans la théorie de l'évolution actuelle, qui n'a d'ailleurs pas la prétention de tout expliquer illico presto.

Je sais très bien que les clades n'apparraissent pas comme par magie et rien n'oblige une lignée à changer jusqu'à fonder un nouveau clade. Mais, puisque il y a toujours des mutations dans le génome, la variabilité génétique étant souvent énorme, ça me paraît trop étrange que malgré les temps géologiques le clade des chordés n'ait plus rien permis de nouveau depuis les vertébrés. Cela remonte au Cambrien, tout de même!!!!
Les eucaryotes unicellulaires, d'où les métazoires ont émergé, n'ont plus permis l'émergence d'une nouvelle lignées de métazoires. Il y a 800-900 millions d'années!!!!
Certains eucaryotes unicellulaires manifestent une tendance à la multicellularité coloniale, plus ou moins poussée, transitoire et/ou épisodique, caractéristique qu'ils ont certainement hérité de l'ancêtre qu'ils ont eu en commun avec les métazoaires. Pourquoi plus rien ne leur permet d'aller plus loin dans leur plan d'organisation? Au moins dans une autre lignée! Ce n'est ni le temps ni les mutations qui ont manqué, pourtant....

On ne peut pas invoquer l'incomplétude du registre fossile et le fait que seulement certaines lignées ont survécu, parce que dans ce cas l'arbre phylogénétique serait irrégulier, d'un clade il émergerait des fois 3 clades, dans d'autres cas 8 clades, d'autres fois encore 5 clades etc...alors que ça marche toujours deux par deux.
Je trouve simplement que la Théorie de l'évolution actuelle est excessivement surévalué et incomplète.
Ceci dit ça ne m'empêchera pas et ça ne m'a jamais empêché de dormir.

[Codepine]

Bonjour,
Pour rebondir sur le thème des théories scientifiques et de leurs attaques , je ne vois pas de danger véritables incarné par les créationnistes car au contraire ils stimulent le débat et la recherche en revanche il existe un courant beaucoup plus insidieux et visant à destituer l'ADN de son rôle de molécule informative.
C'est un courant qui se pare de bonne volonté et de bases scientifiques mais qui sème de la confusion . L'ADN doit rester le support de l'information et la clef de l'explication de l'évolution, qu'il existe des méthylations de cette molécule ou des acétylations des histones ne changent rien au fait que ce qui se passe dans le noyau est à l'origine de l'ensemble des caractéristiques de l'être vivant. Il faut revenir à une notion beaucoup plus abstraite du gène comme elle l'était au début de la biologie. Des gens comme comme Axel Khan que l'on va chercher pour tout expliquer au français ne font que tout relativiser et jeter de la confusion.

Oui, c'est ça! Il ne manquait plus que le biologiste lefebvriste.

[toothpick-charlie]

(...)ça me paraît trop étrange que malgré les temps géologiques le clade des chordés n'ait plus rien permis de nouveau depuis les vertébrés. Cela remonte au Cambrien, tout de même!!!!

Le problème vient de ce que tu considères un "tronc" chordé se maintenant jusqu'à nous jours d'où se serait échappée une "branche" vertébrée. En fait cette dissymétrie n'a pas lieu d'être : les vertébrés sont des chordés, et tu ne peux pas dire qu'ils ne se sont pas diversifiés depuis le Cambrien.

[Amanuensis]

Je trouve simplement que la Théorie de l'évolution actuelle est excessivement surévalué et incomplète.

On a l'impression que tout le discours qui précède n'est là que pour "justifier" ce jugement de valeur. Mais vous ne définissez pas ce que vous appelez "complète", ni les "valeurs" sous-jacentes à "surévaluée". Du coup, la conclusion apparaît non sequitur.

Si votre critère de complétude est une théorie qui prédirait rétrospectivement parfaitement toute l'histoire du vivant sur Terre à partir (disons) des unicellulaires d'il y a 3 milliards d'années, vous n'êtes pas près de voir une théorie que vous jugerez autre qu'incomplète. Autrement dit, quoi qu'on vous présente, vous aurez toujours moyen de dire "c'est incomplet".

Quand à la sur-évaluation, l'expression est curieuse: voulez-vous dire que vos critères de valeurs sont supérieurs à ceux d'autres personnes, et donc que si celles-ci sont satisfaites, elles sur-évaluent la théorie? Ou plus simplement, qui sur-évaluerait, et en quoi ils/elles se tromperaient?

[Cendres]

ça me paraît trop étrange

Ah...que ça te paraisse étrange, pourquoi pas...simplement, ça ne paraît pas étrange aux biologistes et paléontologistes qui travaillent sur le sujet, étant donné que dans l'apparition/disparition de clades, rien n'est imposé par la théorie de l'évolution. Après, c'est plus une sensibilité personnelle qu'une réalité de terrain.

que malgré les temps géologiques le clade des chordés n'ait plus rien permis de nouveau depuis les vertébrés.

Là aussi, tout dépend de ce que l'on considère comme "nouveau" : en fonction des critères retenus, impressions et conclusions seront très différentes.

Pourquoi plus rien ne leur permet d'aller plus loin dans leur plan d'organisation? Au moins dans une autre lignée! Ce n'est ni le temps ni les mutations qui ont manqué, pourtant....

Je ne pense pas qu'il y ait une réponse unique et irréfutable à cette question, simplement des supputations; de la même façon que tu aurais pu demander "pourquoi tel clade est apparu plutôt qu'un autre? ", "pourquoi les amphibiens sont-ils apparus plutôt qu'autre chose?", etc...

Je trouve simplement que la Théorie de l'évolution actuelle est excessivement surévalué et incomplète.

Incomplète oui, comme n'importe quelle théorie scientifique; ça n'est d'ailleurs pas sa prétention, d'être complète.

Mais "surévaluée", je ne vois pas par qui ni par rapport à quel référentiel précis.

[Codepine]

Le problème vient de ce que tu considères un "tronc" chordé se maintenant jusqu'à nous jours d'où se serait échappée une "branche" vertébrée. En fait cette dissymétrie n'a pas lieu d'être : les vertébrés sont des chordés, et tu ne peux pas dire qu'ils ne se sont pas diversifiés depuis le Cambrien.

Vu comme-ça, de prime abord, cela paraît être une explication satisfaisante.
Effectivement, les vertébrés, sont des chordés qui se sont extrêmement diversifiés. Des chordés plus basals, plus proches de l'ancêtre commun au niveau du plan d'organisation, existent toujours. Ce qui a permis l'émergence des crâniates-vertébrés-gnathostomes ce sont des duplications du génome qui sont à l'origine de la formation de la crête neurale (innovation majeure), laquelle est à l'origine de plusieurs structures typiques des vertébrés. On dirait que le génome et le plan d'organisation des vertébrés ont eu un "potentiel évolutif" ou si on préfère "un potentiel de diversification" majeurs. L'évolution, peut faire, beaucoup plus de choses avec le plan d'organisation et le génome des vertébrés qu'elle ne peut en faire avec le plan d'organisation et le génome des urochordés.
Que je sache, peut-être que je me trompe, la Théorie n'inclut ni ne prévoit non plus des "potentiels de diversifiction".

Les chordés plus basals, comme les céphalochordés ou les urochordés, ont un plan d'organisation et un génome plus "simples" qui ne permet pas la même diversification phénotypique. Le génome des ascidies et d'amphioxus pourraient muter jusquà l'infini et subir des pressions de sélection énormes, mais jamais ils ne pourront engendrer de grandes innovations. Une explication beaucoup plus satisfaisante, pourraient, par conséquent, être le fait qu'il n'y a pas eu de duplications dans leur génome. Potentiellement ils ne peuvent se diversifier que dans le cadre de leur plan d'organisation.
Même cette "explication" ne me satisfait complètement, parce que, si un chordé basal, au Cambrien, a subit des duplications du génome, je ne vois pas pourquoi cela a dû se produire uniquement chez l'ancêtre qui est l'origine de la lignée qui a engendré les vertébrés, comment est-il possible que, depuis le Cambrien, chez les céphalochordés et les urochordés, malgré les mutations et les temps géologique, il n'y a plus eu aucune duplication fortuite??? Que de telles duplications soient des événements rares je le comprends (une duplication est aussi à l'origine des angyospermes) mais que depuis presque 500 millions d'années plus aucune duplication ne se soit produite au sein des chordés......je suis désolé mais personnellement ça m'interpelle!!!

[Codepine]

"pourquoi les amphibiens sont-ils apparus plutôt qu'autre chose?", etc...

Pourquoi? Effectivement. Parce que la vie est Histoire et l'évolution d'un organisme vivant n'est pas uniquement le fruit du Hasard et de la Nécessité, mais aussi de son Histoire.
Les passé évolutif, joue un rôle, il conditionne, canalise en quelque sorte, la façon dont évoluera. Il se pourrait que, une certaine lignée de tétrapodes, à un moment donné, avec son passé évolutif et son potentiel évolutif, à ce moment-là, ne pouvaient déboucher, pour déboucher sur quelque chose de différent et surtout de viable, que sur des amphibiens.

[Codepine]

....................... avec son passé évolutif et son potentiel évolutif, à ce moment-là, ne pouvaient déboucher, pour déboucher sur quelque chose de différent et surtout de viable, que sur des amphibiens.

C'est à dire, dans le milieu où ils se trouvaient, dans le contexte de pression sélective de ce moment-là.

En effet une autre tentative d'explication pourrait être l'unicité de certaine possibilité évolutive : dans une lignée de l'ancêtre commun à tous les choanoflagellés modernes et aux métazoaires, il y a eu, à un certain moment précis, un génotype avec des caractéristiques bien précises qui ont été triées par une pression sélective bien précise. Cela a permis l'émergence des métazoaires. Le génotype des choanoflagellés modernes est désormais, suite à son passé évolutif, très différent de celui de l'ancêtre des métazoaires. Pour qu'il y ait à nouveau émergence de métazoaires à partir d'eucaryotes unicellulaires, il faudrait le même génotype identique et le même milieu identique. Comme les événements historiques ne peuvent pas se reproduire deux fois à l'identique (siNapoléon venait à naître dans le contexte historique actuel il ne pourrait certainement pas faire ce qu'il a fait). On pourrait dire que l'évolution ne repasse pas les plats. Mais si elle ne repasse pas les plats, comment rendre compte de l'évolution convergente?
L'émergence des métazoaires ne peut être qu'un événement unique puisque il dépend d'un génotype particulier (un génotype ne peut pas réapparaître à l'identique?) dans un contexte très particulier, unique dans son genre.
Est-ce une explication? Je ne sais pas. Est-ce que les faits évolutifs dépendent vraiment de l'unicité historique de certains événements qui ne peuvent pas se répéter à l'identique? Que je sache la Théorie actuelle n'aborde pas ce genre de problèmes. Et l'énigme des deux lignées par deux lignées uniquement reste entier....d'un côté les choanoflagellés unicellulaires et de l'autre côté les métazoaires.

[Cendres]

L'évolution, peut faire, beaucoup plus de choses avec le plan d'organisation et le génome des vertébrés qu'elle ne peut en faire avec le plan d'organisation et le génome des urochordés.

Nous ne disposons que de notre exemple terrestre de ce qui s'est passé...rien ne prouve, si on pouvait, sur cette Terre et dans les mêmes conditions de départ, que l'évolution se passerait de la même façon...peut-être que ce coup-ci, ce seraient les Urochordés qui verraient le plus de modifications.

Que je sache, peut-être que je me trompe, la Théorie n'inclut ni ne prévoit non plus des "potentiels de diversifiction".

C'est-à-dire?

Les chordés plus basals, comme les céphalochordés ou les urochordés, ont un plan d'organisation et un génome plus "simples"

Plan d'organisation peut-être, mais génome "plus simple", je ne vois pas...comment quantifies-tu la "simplicité" ou la "complexité" d'un génome par rapport à un autre? Nombre de gènes? Nombre d'allèles? Taille du génome? Nombre de chromosomes?

Le génome des ascidies et d'amphioxus pourraient muter jusquà l'infini et subir des pressions de sélection énormes, mais jamais ils ne pourront engendrer de grandes innovations.

Qu'en sait-on? Y a-t-il eu des expériences en ce sens, en labo et en milieu naturel ?

[Cendres]

Les passé évolutif, joue un rôle, il conditionne, canalise en quelque sorte, la façon dont évoluera.

Il ne préjuge en rien d'évènements ultérieurs externes : changements de conditions du milieu, catastrophes naturelles, mutations affectant les gènes architectes, etc...

[JPL]

Par petites touches insérées dans un discours montrant une bonne culture en biologie Codepine ne semble avoir qu'un seul but : susciter un doute de plus en plus grand sur la théorie de l'évolution, ou peut-être vouloir l'orienter vers un finalisme. Le discours est beaucoup plus subtil que ce qu'on est habitué à voir dans ce registre, mais je dirais : même combat !

[Geb]

Bonsoir,

Les passé évolutif, joue un rôle, il conditionne, canalise en quelque sorte, la façon dont évoluera.

Cette phrase, sortie de son contexte (ce que je ne devrais pas faire évidemment) me fait furieusement penser à l'hypothèse du "protein space" de Maynard Smith :

Natural Selection and the Concept of a Protein Space

Cordialement.

[toothpick-charlie]

L'anayse de John Maynard Smith est intéressante mais insuffisante à mon avis. Il raisonne comme si les protéines étaient fonctionnelles ou non de façon intrinsèque, alors qu'elles le sont parce qu'elles intéragissent avec d'autres molécules et en particulier d'autres protéines. C'est donc la coévolution d'un ensemble de protéines qu'il faut regarder.

[shmikkki]

Que je sache, peut-être que je me trompe, la Théorie n'inclut ni ne prévoit non plus des "potentiels de diversifiction".

Désolé, mais oui tu te trompe. Beaucoup de gens étudient des questions là. Regarde pas exemple du côté du concept des lignes de moindre résistance à la sélection. Disons pour faire simple que l'on peut représenter l'espace phénotypique d'une espèce (et génétique, c'est la matrice G), et regarder s'il existe des lignes de moindres résistance à la sélection sur cet espace. (Ça consiste la plupart du temps à jouer avec des vecteurs propres).

Que de telles duplications soient des événements rares je le comprends (une duplication est aussi à l'origine des angyospermes) mais que depuis presque 500 millions d'années plus aucune duplication ne se soit produite au sein des chordés......je suis désolé mais personnellement ça m'interpelle!!!

Encore une fois (ça fait trois fois que je le répète): Tu n'en sais rien!


Adoptons ton approche en physique: La météorologie se base sur la thermodynamique et tout plein de physique. Et pourtant, impossible de prévoir le temps qu'il va faire dans 2 semaines! Aurais-tu la même approche en disant qu'on surévalue la thermodynamique?
De la même façon, le mouvement des planètes dans le système solaire est imprédictible à des échelles de temps énorme (système chaotique), aurais-tu envie de dire que la mécanique est surévaluée?

[Geb]

L'anayse de John Maynard Smith est intéressante mais insuffisante à mon avis. Il raisonne comme si les protéines étaient fonctionnelles ou non de façon intrinsèque, alors qu'elles le sont parce qu'elles intéragissent avec d'autres molécules et en particulier d'autres protéines. C'est donc la coévolution d'un ensemble de protéines qu'il faut regarder.

Bien sûr, il faut tenir compte de l'époque à laquelle John Maynard Smith a publié son hypothèse. En 1970, on en était à peine au début du débat entre (quasi-)neutralisme et sélectionnisme. Toutefois, le concept introduit pour la première fois par Maynard Smith a eu du succès, étant donné que les deux hypothèses qu'il défend, à savoir :

1) Le nombre de séquences d'acides aminés possibles est astronomique,
2) Seule une partie infinitésimale de ces séquences a été "explorée" tout au long de l'existence de la vie sur la Terre.

ont été très populaires auprès de certains biologistes et le sont peut-être encore à l'heure actuelle. C'est là que je faisais un parallèle (un peu osé, je l'avoue) entre ce qu'évoquaient les propos de Codepine, et l'hypothèse du "protein space". En effet, Maynard Smith nous dit en substance : ce qui a déjà été "exploré" par le passé influencent les solutions dans l'avenir.

Évidemment, la biologie moléculaire a fait d'énormes progrès depuis 1970, et certains chercheurs s'élèvent aujourd'hui contre cette vision des choses :

How much of protein sequence space has been explored by life on Earth? (Dryden et al., 2008)

Je dirais même qu'on assiste ces dernières années à une tentative de changement de paradigme de la part de certains spécialistes de ce qu'on appelle la "chimie bioinorganique".

Un des grands "champions" qui tentent de nuancer le caractère fortuit de l'évolution (sur des sujets allant des premières formes de vie au développement du cerveau humain) se nomment Robert Joseph Paton Williams (né en 1926), qui est surtout connu pour sa controverse avec Peter Mitchell au sujet de la primauté de la découverte du mécanisme chimiosmotique.

Moi qui suit assidument les cours de biochimie inorganique de Marc Fontecave sur le site du Collège de France, je dois dire que je suis impressionné par les publications de R. J. P. Williams, qui est sans doute l'un des plus grands spécialistes de biochimie inorganique que je connaisse. Il a écrit de nombreuses publications sur l'influence de l'environnement inorganique (notamment les métaux de transition et l'oxygène) sur l'évolution de la vie. En voici quelques unes parmi les plus récentes :

- Evolution was chemically constrained (Williams & Fraústo da Silva, 2003)
- The biological chemistry of the brain and its possible evolution (Williams, 2003)
- The chemistry of evolution: the development of our ecosystem (Williams & Fraústo da Silva, 2004)
- A system's view of the evolution of life (Williams, 2007)
- A chemical systems approach to evolution (Williams, 2007)
- Evolution revisited by inorganic chemists (Williams & Fraústo da Silva, 2008)
- Chemical advances in evolution by and changes in use of space during time (Williams, 2011)

À tout hasard, je précise tout de même qu'il est chimiste et pas biologiste de l'évolution et qu'il n'est pas non plus créationniste, loin de là.

Cordialement.