Scepticisme et théorie de l'Evolution

[Amanuensis]

'erratiquement' ?
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[Cendres]

Oui. Et j'aimerais bien voir une expression scientifique rigoureuse pour cette notion de hasard en biologie de l'évolution.

Je ne suis pas sûr qu'il y en ait une, en fait. Je crains qu'il n'y en ait plusieurs...de mémoire, Lecointre par exemple distingue 3 types de hasards en évolution (ça n'est pas le sujet principal de cette discussion, je sais bien).

[Amanuensis]

Je ne suis pas sûr qu'il y en ait une, en fait. Je crains qu'il n'y en ait plusieurs...de mémoire, Lecointre par exemple distingue 3 types de hasards en évolution (ça n'est pas le sujet principal de cette discussion, je sais bien).

Le point n'était pas qu'il y en ait une ou trois, mais seulement d'avoir des expressions "rigoureuses", aptes à entrer dans la démarche scientifique, de chaque type le cas échéant.

Au passage, la question n'est pas propre à l'évolution, la question de la signification des mots 'hasard' ou 'aléatoire' est récurrente. (Je ne parle pas de la signification "qui est modélisé par un modèle probabiliste"...)

[JPL]

Limitons-nous pour commencer à l'aspect aléatoire des mutations. En fait on sait que ce n'est pas de l'aléatoire au sens rigoureux du terme dans la mesure où certaines régions de l'ADN mutent nettement plus fréquemment que d'autres. Plus simplement cela veut dire qu'on ne peut pas prédire où et quand une mutation apparaîtra ni, lors de la reproduction sexuée, si elle sera conservée ou non. Aléatoire dans ce cas signifie simplement que l'évolution n'est pas téléguidée par une logique interne (finaliste ou non d'ailleurs) ou externe. En fait c'est ce dernier point qui est important plus que le mot qu'on emploie.

[inviteb14aa229]

Ce dernier point est important car les sceptiques occultent le fait qu'en modifiant les conditions de milieu on peut observer une évolution de certaines populations (l'apparition de bactéries résistantes étant hélas un des exemples les plus flagrant) ; ils occultent aussi le fait que le domaine des programmes génétiques démontre que les mutations purement aléatoires soumises à une pression de sélection peuvent aboutir à des programmes parfaitement fonctionnels.

Est-ce que certains "sceptiques" ne peuvent pas prendre cet exemple pour prétendre précisément que les mutations ne sont pas "purement aléatoires" pour "aboutir à des programmes parfaitement fonctionnels" ?
Peut-on démontrer formellement que les mutations ne sont pas "orientées" d'une façon ou d'une autre, et répondent bien au mécanisme "aléatoire/sélectionné" ?

[JPL]

La remarque est judicieuse mais si c'était orienté on ne constaterait pas que le plupart des mutations sont défavorables (voire catastrophiques). Et il faut que la sélection naturelle fasse un sérieux tri pour qu'il en sorte une évolution dans le fond pas si mal que ça à partir d'un "matériel" aussi m..dique.

[Amanuensis]

Limitons-nous pour commencer à l'aspect aléatoire des mutations. En fait on sait que ce n'est pas de l'aléatoire au sens rigoureux du terme dans la mesure où certaines régions de l'ADN mutent nettement plus fréquemment que d'autres.

Rien que cela indique une signification un peu particulière de "aléatoire".

Si je prends un dé à 6 faces et un dé à 10 faces, je peux en modéliser le résultat d'un jet simultané comme "parfaitement aléatoire" même si les lois de probabilités pour leurs faces respectives sont différentes.

Réciproquement, même si les statistiques d'apparitions de mutation sont identiques pour deux sites, le processus peut très bien être "non aléatoire".

Ergo, que les stats pour deux sites distincts indiquent des fréquences différentes ou non n'a rien à voir avec la question de aléatoire vs. guidé par "quelque chose".

Aléatoire dans ce cas signifie simplement que l'évolution n'est pas téléguidée par une logique interne (finaliste ou non d'ailleurs) ou externe.

Ca c'est juste une négation du créationnisme. C'est non réfutable: aucun moyen de tester l'existence d'un "téléguidage" répondant à une volonté. (Simplement parce que toute série de résultats peut répondre à un certain but, la palette des "buts" est trop grande.)

Ergo, pas scientifique.

Plus simplement cela veut dire qu'on ne peut pas prédire où et quand une mutation apparaîtra ni, lors de la reproduction sexuée, si elle sera conservée ou non.

Là on a quelque chose d'intéressant. Sous cette forme là, c'est réfutable. Dire "on ne peut pas prédire" se réfute en montrant une méthode de prédiction qui marche.

Maintenant, l'absence de preuve n'étant pas une preuve d'absence, la question se pose pourquoi on prend comme hypothèse de travail qu'il n'y a pas de méthode de prédiction, plutôt qu'en chercher une.

La science a plutôt évoluer en cherchant, et trouvant, des méthodes de prédiction dans des domaines où on n'en avait pas avant, non?

(Remarquons néanmoins que le créationnisme ne réfute pas l'absence de moyen de prédiction des mutations par nous pauvres humains...)

[Geb]

Est-ce que certains "sceptiques" ne peuvent pas prendre cet exemple pour prétendre précisément que les mutations ne sont pas "purement aléatoires" pour "aboutir à des programmes parfaitement fonctionnels" ?

C'est un peu ce qui se passe avec le créationniste Michael J. Denton et toute la littérature dont il est l'auteur (on le crédite d'ailleurs souvent du lancement de la vague "moderne" de dessein intelligent dans les années 1980), dont la publication suivante a été publiée en 2002 dans le pourtant très sérieux Journal of Theoretical Biology :

The Protein Folds as Platonic Forms: New Support for the Pre-Darwinian Conception of Evolution by Natural Law (Denton et al., 2002)

Le but non-dissimulé de Denton est de s'opposer de toutes les manières possibles à la vue darwinienne de l'évolution biologique par le mécanisme de sélection naturelle en lui opposant une vue dite "platonicienne", des prétendues "lois de la forme biologique".

Cordialement.

[Cendres]

Le point n'était pas qu'il y en ait une ou trois,

Cela tombe bien, ça n'était pas mon point non plus.

[Amanuensis]

Cela tombe bien, ça n'était pas mon point non plus.

Désolé de n'avoir rien compris, je suis très bête. Si vous aviez l'amabilité de ré-expliquer, en termes très simples adaptés à des gens comme moi, ce qu'était le point?

[Cendres]

Désolé de n'avoir rien compris, je suis très bête. Si vous aviez l'amabilité de ré-expliquer, en termes très simples adaptés à des gens comme moi, ce qu'était le point?

Que des chercheurs en biologie de l'évolution essaient, ou ont essayé de cerner, définir, plus rigoureusement ce que peut être le "hasard", "l'aléatoire", dans ce domaine, mais que je n'ai pas connaissance de quelque chose réputé "rigoureux" (en fonction des degrés de rigueur à définir). Lecointre n'en était qu'une illustration, pas un point d'argumentation.

[Cendres]

C'est un peu ce qui se passe avec le créationniste Michael J. Denton et toute la littérature dont il est l'auteur (on le crédite d'ailleurs souvent du lancement de la vague "moderne" de dessein intelligent dans les années 1980), dont la publication suivante a été publiée en 2002 dans le pourtant très sérieux Journal of Theoretical Biology :


Cordialement.

Pour la petite histoire, c'est précisément Philip E. Johnson qui a créé l'expression "Intelligent Design".

[Amanuensis]

Que des chercheurs en biologie de l'évolution essaient, ou ont essayé de cerner, définir, plus rigoureusement ce que peut être le "hasard", "l'aléatoire", dans ce domaine, mais que je n'ai pas connaissance de quelque chose réputé "rigoureux" (en fonction des degrés de rigueur à définir).

Serait intéressant d'avoir une compilation d'au moins une partie au moins de ces tentatives.

[Geb]

Pour la petite histoire, c'est précisément Philip E. Johnson qui a créé l'expression "Intelligent Design".

Je ne l'ignore pas, cependant, dans l'article Wikipédia en anglais sur Michael J. Denton on peut lire :

Michael Denton

Denton is best known for his 1985 book Evolution: A Theory in Crisis, in the book he presented a systematic critique of neo-darwinism ranging from paleontology, fossils, homology, molecular biology, genetics and biochemistry and argued that evidence of design exists in nature. He describes himself as an evolutionist, and he has rejected biblical creationism. Because of his book he is often regarded as the person who laid the intellectual foundations for the Intelligent Design movement.[5] The book influenced both Phillip E. Johnson, the father of intelligent design, and George Gilder, co-founder of the Discovery Institute, the hub of the intelligent design movement.[6] Since writing the book Denton has changed many of his views on evolution, however he still believes that the existence of life is a matter of design.[7]

Je dois dire que j'ai lu son livre Evolution: A Theory in Crisis (il est disponible gratuitement sur certains sites créationnistes). Je peux donc témoigner du fait que beaucoup d'auteurs créationnistes citent encore principalement les publications citées dans le livre de Denton.

Ce qui est assez cocasse je dois dire, de voir des papiers des années 1980, parfois complètement dépassés, dans des conférences créationnistes des années 2004-2011. C'est là qu'on voit l'influence de Denton : il est tellement "fondateur", que depuis son ouvrage, les créationnistes, n'ont fait que du copier-coller.

C'est aussi une bonne manière de voir la différence entre les scientifiques, dont les idées évolues et qui se remettent constamment en question avec la progression rapide de la connaissance, et les créationnistes, qui n'ont pratiquement pas évolués depuis disons, entre 30 ans (pour les partisans du dessein intelligent, comme John C. Walton) et 2000 ans (pour les radicaux comme Hovind).

Cordialement.

[Cendres]

Serait intéressant d'avoir une compilation d'au moins une partie au moins de ces tentatives.

Entièrement d'accord. Étant donné que ces tentatives doivent être dispersées dans des publications et des livres, cela risque d'être sportif.

cette conférence aborde le hasard, apparemment, mais je ne l'ai pas encore visionnée.

La philosophie a été évoquée dans cette discussion, une philosophe se penche sur le sujet : http://quod.lib.umich.edu/p/ptb/6959...;view=fulltext

[Amanuensis]

La philosophie a été évoquée dans cette discussion, une philosophe se penche sur le sujet : http://quod.lib.umich.edu/p/ptb/6959...;view=fulltext

Intéressant. J'ai lu 1 à 5. La section 2 est déjà une petite compilation d'approches de la notion de hasard.

La section 2 pose le problème d'une manière qui a l'air bien; point de vue biaisé, évidemment, puisque j'y retrouve les difficultés que je comprenais déjà sur les termes "hasard" et "aléatoire". Mais je ne suis pas convaincu que la "solution" en 5 soit mieux que les tentatives mentionnées dans le 2.

En tous cas, les idées de ce texte méritent d'être connues avant de se lancer dans une discussion avec un défenseur de l'idée des mutations dirigées.

[invite6754323456711]

Mais je ne suis pas convaincu que la "solution" en 5 soit mieux que les tentatives mentionnées dans le 2.

A genetic mutation is a matter of chance from the evolutionary perspective – or is a matter of “evolutionary chance” – if and only if it is not specifically caused in an (exclusively) adaptive way by a physico-chemical process in response to environmental conditions.

Je l’interprète comme si nous n'avons pas réussi à construire un modèle causal déterministe elle ne peut être par "nature" que "hasard" / "pure chance de survenu".

Patrick

[invite179e6258]

(à propos de la signification du mot hasard)
Je ne parle pas de la signification "qui est modélisé par un modèle probabiliste"...

pourquoi? il y en a une autre?

[Geb]

Bonsoir,

J'ai trouvé une conférence récente qui a pour sujet les pseudo-sciences :

Créationnismes en astronomie et cosmologies catastrophistes

L'orateur, Alexandre Moatti, a beaucoup de choses intéressantes à dire sur le sujet, bien qu'il soit un peu difficile à suivre étant donné qu'il a la fâcheuse tendance à ne pas terminer ses phrases.

La conférence ne concerne pas spécifiquement le scepticisme envers la théorie de l'évolution biologique, mais analyse plutôt les tendances générales de la plupart des mouvements négationnistes des sciences.

Cordialement.

[invite6ecbbd61]

Bonjour à tous,

Merci Geb pour cette conférence qui m'a l'air très intéressante (je n'ai regardé que les 5 première minutes, je regarderais la suite ce soir ... mais 5min m'ont suffit pour voir que effectivement il ne fini vraiment pas ses phrases! ).

Juste pour continuer un peu sur le thème de l'aléatoire en Evolution. Voilà bien ce qui pour moi est un des trucs les moins appréhendés par beaucoup de gens ...
La plupart des gens voient l’évolution comme le schéma basique suivant: "une mutation apparaît, et elle est soumise à la sélection" (si elle n'est pas neutre ou synonyme évidemment).
J'ai mis un mal fou à expliquer à des gens qu'une population peut évoluer à partir d'un instant t sous l'action de la sélection naturelle sans apparition de mutation. Il suffit par exemple que l'environnement change, ou encore que de nouveaux individus arrivent (Exemple: Une population ou tout le monde fait 3 enfants -> pas de sélection. Un jour, un individu étranger arrive dans la population et lui fait 4 enfants -> apparition de sélection dans la population... et donc évolution à long terme).

Comme le résume si bien Monod, l'évolution c'est le hasard et la nécessité.

[Amanuensis]

La plupart des gens voient l’évolution comme le schéma basique suivant: "une mutation apparaît, et elle est soumise à la sélection" (si elle n'est pas neutre ou synonyme évidemment).
J'ai mis un mal fou à expliquer à des gens qu'une population peut évoluer à partir d'un instant t sous l'action de la sélection naturelle sans apparition de mutation. Il suffit par exemple que l'environnement change, ou encore que de nouveaux individus arrivent (Exemple: Une population ou tout le monde fait 3 enfants -> pas de sélection. Un jour, un individu étranger arrive dans la population et lui fait 4 enfants -> apparition de sélection dans la population... et donc évolution à long terme).

Cela me semble encore pire que cela. Je n'arrive pas à imaginer ce que pourrait être un cas de population naturelle à reproduction sexuée qui n'évolue pas génétiquement. Il ne suffit pas que le nombre d'enfants nés par personne née soit constant, il faudrait aussi qu'il n'y ait pas d'effet de sélection sexuelle (de choix du partenaire de reproduction). Et même là, il reste des effets évolutifs par pertes d'allèle, inévitables avec reproduction sexuée "naturelle".

En non naturel, une possibilité serait des naissances systématique de "jumeaux complémentaires", i.e., dont le total des génomes est exactement le total des génomes des parents. (Un roman de Heinlein évoque ce cas, qui est assez "bizarre" puisqu'on obtient des jumeaux apparentés entre eux exactement autant que le sont entre eux leurs parents...).

C'est pour le moment la seule "solution" que j'ai imaginée pour une population n'évoluant pas génétiquement.

[invite14397db8]

Pour qu'une population dont tu parles n'évolue pas, en fait, si j'ai bonne mémoire il faut
- pas d'immigrations
- pas d'émigration
- reproduction totalement au hasard (avec séparation au hasard des allèles lors de la méiose)
- pas de sélection naturelle (ou sexuelle)
- taille de population tendant vers l'infini
- pas de mutations

[Amanuensis]

Il me semble que cela ne suffit pas pour garantir qu'un allèle donné reste présent dans la population.

Une croissance démographique exponentielle rend la probabilité diminuant avec l'exposant, mais ne l'annule pas. Non?

(L'effet est dû au choix "au hasard" des n gamètes d'une personne qui vont survivre parmi les gamètes "possibles" (on suppose n fini...). Avec les "jumeaux complémentaires", la répartition des allèles lors de la méïose donnant les deux gamètes est "au hasard", mais le choix des gamètes qui survivent ne l'est pas du tout.)

[invite14397db8]

Je ne suis pas certain de comprendre ton objection.

[Amanuensis]

Cas extrême: un allèle n'existant qu'à un seul exemplaire. Si le porteur a n enfants, n fini, la probabilité de perte de l'allèle n'est pas nulle, elle est de 1/2^n. (Du moins si le choix des n gamètes est "au hasard"...)

[invite14397db8]

Tu as raison, mais si je me souviens bien, par population infinie, on sous-entend production d'un nombre infini de gamètes.

[Amanuensis]

Tu as raison, mais si je me souviens bien, par population infinie, on sous-entend production d'un nombre infini de gamètes.

Je pouvais imaginer (mais c'était écrit "taille de population tendant vers l'infini ", ce qui sous-entendait population finie). Mais faut avouer que ce n'est pas très réaliste, en particulier sur plusieurs générations.

Et on tombe aisément dans les "paradoxes" genre la bibliothèque de Babel de Borges, ou l'hôtel de Hilbert, à jouer avec ce type d'infini...

[invite14397db8]

Je n'ai jamais prétendu que ça devait être réaliste

Cela dit, on constate dans les faits que ce genre de modèle de population rend assez bien compte de ce qu'il se passe dans de larges populations pour les allèles qui ne sont pas sous sélection.

[invite179e6258]

les populations sont toujours finies mais le modèle "à population infinie" est acceptable quand il s'agit de décrire l'évolution sur un nombre limité de générations dans une grande population. L'effet de la dérive génétique est alors très faible et elle peut être négligée. Sur le long terme la dérive génétique ne peut pas être négligée.

[invite06f1de1d]

Bonjour à tous,

Je n'ai aucun scepticisme en ce qui concerne l'évolution en tant que fait, néanmoins j'ai quelques questions auxquelles la Théorie actuelle ne me donne aucune réponse qui me paraisse satisfaisante, me rendant ainsi sceptique à son égard, à l'égard de la Théorie actuelle et officielle. Pour ne pas ouvrir un nouveau fil de discussion j'ai préféré poster ma question ici, toujours dans l'espoir qu'un biologiste pourra peut-être, soit me donner une réponse, soit me faire comprendre où est l'erreur dans mon raisonnement.

Cela concerne les espèces dites panchroniques. Je sais très bien que le concept d'espèce panchronique n'est plus d'actualité dans la pensée évolutioniste actuelle : toutes les espèces vivant actuellement ont eu le même temps pour évoluer, ce n'est pas parce que les Coelacanthes sont restés morphologiquement globalement stable depuis le Dévonien qu'il n'ont pas évolué puisqu'au niveau du génotype il y a eu évolution, seulement un tout petit pourcentage du génotype s'exprime dans le phénotype, donc les espèces dites panchroniques ce sont des espèces qui ont évolué sans qu'il y ait eu une incidence notable sur le phénotype.
Or si l'Homme et le Coelacanthe ont un ancêtre sarcoptérygien commun cela signifie que dans la lignée qui va de l'ancêtre sarcoptérygien à l'homme il y a eu, d'ancêtre commun en ancêtre commun, une série de transformations drastiques en passant par les tétrapodes, amniotes, synapsides, cynodontes, mammifère, thériens etc... Alors que dans la lignée qui va de l'ancêntre sarcoptérygien aux Coelacanthes modernes il n'y a eu aucune véritable transformation : sarcoptérygien-actinistien..et stop! Et cela depuis des temps géologiques!!!! Certes les Coelacanthes modernes ne sont pas morphologiquement identiques aux Coelacanthes du Dévonien, mais bon, quand il a été pêché pour la premiére fois, l'expert qui l'a examiné, et qui ne le connaissait qu'en tant que fossile, l'a tout de suite reconnu. Et pourtant la séléction naturelle et le milieu ont dû forcément joué leurs rôles puisque depuis le Dévonien la Terre a subi des transformations et des bouleversement extraordinaires, et come il a déjà été remarqué, ce ne sont pas les mutations qui ont fait défaut, puisqu'il a eu le même temps pour évoluer. Comment est-ce possible que pendant tout le temps géologique, même pas une mutation ait pu contribuer à en transformer la morphologie, au moins dans une lignée, pour engendré un autre taxa? Au sein des ostéichthyens s'enracinent les sarcoptérygiens, d'où les rhipidistiens, les tétrapodes, les amniotes etc.. Par contre du clade des actinistiens, plus rien n'est capable d'émerger. Et c'est une tendance générale dans tout le vivant et dans l'évolution de la vie en générale : une fois qu'un clade émerge, un ou deux autres clades peuvent en dériver, mais le clade en lui même, s'il ne s'éteint pas, reste stable (c'est pourquoi le vivant est un musée de l'évolution). Dans le cadre de la Théorie actuelle cela n'est pas expliqué, du moins il me semble.
Pourquoi dans certaines lignées, à ce qu'il paraît, les mutations ont é té une source de véritables transformations des espèces et une sources de cladogenèse et dans d'autre lignée ça a stagné?

Pourquoi dans la lignée de l'Amphioxus on est encore au stade de chordé très basal? Dans la lignée qui conduit des chordés aux vertébrés il y a eu des duplications du génome, les nouveaux gènes ont évolué vers de nouvelles fonctions qui ont permis l'émergence de la crête neurale. La crête neurale est à l'origine du développement de la structure des Crâniates-Vetrébrés-Gnatosthomes. Mais comment on peut expliquer que avec tout le temps que les autres Chordés plus basals, et qui existe toujours, avec toute l'évolution au niveau du génotype qu'ils ont dû avoir come tous les autres être vivant il n'a pas pu apparaître une autre véritable innovation. Rien!!!
La Théorie de l'évolution actuelle ne l'explique pas.