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Origine de la vie : analyse critique de documentaires



  1. #61
    noir_ecaille

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Je suis en pleine rédaction, tu viens de me griller ^^;

    Bon pas grave En tout cas j'adore les sonfuzoaires et les bidonacées Tu est toujours aussi riche en références

    Je ne parviens décidément pas à me mettre à niveau question faculté à documenter... [joke] C'est de la triche d'être aussi doué [/joke]

    Par contre t'es chié de me filer ce PDF/diapo en japonais... Si Bisebutsu traîne dans le coin, il a certainement plus de compétences que moi quant à traduire les éventuels passages intéressants Ça m'a l'air de retracer une partie de l'histoire de la Terre.

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    Dernière modification par noir_ecaille ; 12/07/2014 à 07h16.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  3. #62
    noir_ecaille

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    La Planète Miracle (1986), Épisode 3 : "La Mer Primitive"


    On début par un petit parallèle entre les conditions de survie humaines relative et l'atmosphère actuelle, telle qu'elle nous est nécessaire.

    Plusieurs critique à 3'05'' : a voix off présente le dioxygène comme nécessaire à toute vie -- ça me hérisse toujours autant le poil car on connaissait déjà des anaérobies stricts (dont ceux de nos intestins, mais aussi les colonies microbiennes d'autres milieux anoxiques comme les geysers et (vu plus loin dans ce documentaires) leur flore. Un peu d'anthropocentrisme aussi bien que peu marqué (on prends les bactéries primitives pour aller jusqu'à l'Homme, sous-entendu comme très complexe). Mais bon, peut-être s'agit-il de d'abord partir d'un préjugé façon lieu commun pour ensuite démontrer/illustrer la réalité tout autre. On remarque aussi une très nette évolution du vocabulaire -- qui se vérifiera tout au long de cet épisode. En particulier les bactéries modernes car contemporaines étaient à l'époque vue comme plus primitives que les eucaryotes -- façon "fossile vivant", un terme aujourd'hui banni de la biologie pour des raisons aussi variées que le temps d'évolution (qui est in fine le même pour toutes les espèces actuelles) ou encore les données phylogéniques qui ont littéralement secoué, balayé et remodelé considérablement le paysage scientifique durant ces quarante dernières années (et ce n'est pas fini !).

    Retour sur la Terre primitive, datant probablement de l'Hadéen ou l'Archéen, avec un bref état des gaz de la probable atmosphère primitive : CO2, N2, et H2O. On arrive ensuite à l'origine du dioxygène, soit des créatures vivantes.

    Le voyage débute en Australie, Shark Bay, Hamelin Pool. C'est là que furent trouvés les premiers stromatolithes contemporains/vivants. Et là premier gros choc/décâlage avec la cladistique actuelle : à l'époque les cyanobactéries étaient encore classées comme algues. Les biofilms bactériens sont présentés comme rien moins que des "algues souples" recouvrant les stromatolithes. J'ai par contre été surprise que les dégagements gazeux soient si importants qu'ils soient visibles à l'oeil nu sous forme de bulles ! Même les vraies algues et les plantes aquatiques n'en font à ma connaissance pas autant en conditions naturelles. Peut-être est-ce particulier à Hamelin Pool ? Le parallèle est assez vite posé entre les cyanobactéries et les organismes à l'origine du dioxygène atmosphérique il y a 3,5 Ga. Bon, encore un mini-couac sur les "fossiles vivants" à 9'35'' et après.

    J'avas oublié combien certains microscopes manquent de profondeur de champ, de même les caméras qu'on pouvait à l'époque adapter dessus -- mais là en plus, ils ont vraiment très mal coupler donc les images sont franchement floues ^^; Surtout leur agrandissement avec la "cosses", perso je vois des bulles, quelques déchets, d'autres bactéries coccoïdes, le mucus matriciel du biofilm et des pseudo-filaments. À très exactement 12'32'', faites un arrêt sur image et vous pourrez distinguez l'une des cyanobactéries dans le pseudo-filament

    Petite erreur d'appréciation à 12'10'' : ce n'est pas tant "la" chlorophyle qui est "indispensable" que tout simplement un pigment chlorophylien (y'en a des verts, des rouges, des bruns et des noirs).

    Bref. Ce que la voix off appelle "cosse" m'apparaît plutôt comme étant la matrice polyosydique du biofilm, qui partage cet aspect gluant avec bien des matrices polyosidiques au passage. À 13'43'', on a une animation qui tente d'illustrer le processus de minéralisation en couche des stromatolithes, mais c'est un peu simpliste. En réalité les cyanobactéries continuent leur photosynthèse derrière leur film protecteur qu'elles synthétisent au cours de la phase sombre. Puis lorsque la lumière reçue et les nutriments sont trop "filtrés" par les agrégats à la surface du film, les cyanobactéries vont "migrer" par paquets vers la surface du polyoside et en "recoloniser" la surface, jusqu'à la prochaine "migration". Le processus cependant est très lent et demande une grande patience et des semaines de filmage, ce qui explique peut-être l'hypothèse simpliste présentée dans l'épisode de 1986.

    Petites précisions mathématiques Une croissance d'un demi millimètre (par an) de l'épaisseur du stromatolithe c'est 500 µm/an, sachant que les cyanobactéries ont des dimensions de l'ordre du µm. En réalité les couches observées ne correspondent pas tant à des alternance diurnes/nocturnes que saisonnières

    On repart ensuite sur les stromatolithes -- fossiles cette fois À l'époque, les plus vieilles traces découvertes d'organismes vivant en biofilm remontaient à 3,5 Ga. À 17'40, la voix off parle de bactéries tubulaires, soit ces "algues" qui ont depuis subi la révolution cladistique amorcée par les premiers séquençages génétiques (partiels et complets) de plus en plus d'espèces. Malgré une profondeur de champ très faible, on distingue par 3D au fil de la variation de mise au point, de 17'44'' à t17'54'', une structure fossile type bacilloïde (ou "tubulaire") similaire à celle relevée à 12'32'' (Attention, il s'agir éventuellement de bacilles d'une autre espèce/lignée que les cyanobactérie) À 18'08'', on distingue des coques (ainsi sont appelée les bactéries de strutures sphéroïdales, par opposition aux bacilles en forme de bâtonnets). À 18'40'', le Pr Malcom Walter rappelle que trouver de la vie aussi complexe et déjà diversifiée à -3,5Ga sous-tend une apparition effective du phénomène vivant antérieur à cette date/prériode. Enfin, les stromatolithe fossiles apporte une preuve significative en faveur d'une photosynthèse excrétrice de dioxygène dès -3,5Ga.

    À 21'25, interrogation sur les conditions environnementales d'il y a -3,5Ga et avant. À 22'15, à nouveau le leitmotiv énervant sur "toute vie a besoin d'oxygène", sous-entendu dioxygène libre atmosphérique comme dissout Direction les USA, les geysers et volcans de boue du parc de Yellowstone. On y découvre les extrêmophiles qui batifollent dans cet environnement d'apparence spartiate pour des humains. Le couplage de mises au point caméra/microscope est ho-rrible ^^; Le mouvement brownien des bactéries amplifié par les mouvements convectifs de l'eau chaude n'arrange rien. Pas très explicitement on met en parallèle par sous-entendu la propriété compartimenté des eucaryotes (= présence d'un noyau renfermant la majeur partie du génome) à la consommation de dioxygène -- l'eau chaude est appauvrie en gaz atmosphériques et notamment/particulièrement en dioxygène. Depuis on a découvert des eucaryotes dans les fosses anoxiques de la mer Méditerranée, qui possède en lieu et place de mitochondries des organites métanogènes Pendant longtemps on a en effet pensé que seul des métabolismes procaryotes éventuellement extrêmophiles étaient capables de survivre en l'absence de dioxygène libre -- je dis éventuellement extrêmophiles parce qu'il existe beaucoup de bactéries mésophiles capables de respirer des minéraux tels que nitrates, sulfates, carbonates, etc.

    Petit préjugé d'époque à 25'37'', qui voyait dans les extrêmophiles des "fossiles vivants". Depuis on a largement remanié tant la cladistique que fait évoluer notre vision des différents règnes du vivant.

    On fait un plongeon dans les fumeurs du plancher océanique au large du Mexique. JJ'adore la musique vers 26'40'' De nouveau le parallèle façon "fossile vivant", un peu maladroit de nos jour bien qu'il faille en retenir que le vivant est un phénomène dont certaines formes sont relativement robustes sinon rustiques. On pet supposer à bon droit que certaines stratégies (à défaut d'espèces) perdurent efficacement sur des milliards d'années comme en témoignent les archives fossiles et géologiques, et les reconstitutions qu'elles permettent. Petit clin d'oeil à la prébiotique des fumeurs


    Retour au Japon, dans les labos de Mitsubishi Kasei avec le Dr Yanagawa, et là je renvoie au post #60 de Geb et l'excellente documentation qu'il a rassemblé à ce titre

    Ma critique ? Trop souvent dans d'autres documentaires la synthèse peptidique façon soupe primitive est passée sous silence au profit de la plus sensationnelle synthèse par choc mécanique -- genre les comètes/astéroïdes auraient donné naissance aux protéines... Un peu ridicule selon moi en tenant compte de la vitesse et de la force de frappe de ces corps célestes, qui vaporiseraient l'eau en plus de laisser ces protéines, si elles restent en surface, à la merci du rayonnement solaire -- soit un phénomène dévastateur en l'absence d'une protection pigmentaire. C'est pour moi une expérience inédite car trop peu relatées dans les documentaires récents, sinon étouffée au profit d'autres visions dont les morceaux épars ont du mal à coller ensemble quant à reconstituer ce puzzle qu'est l'apparition du vivant.

    À 30'00'', on a l'hypothèse des coacervats qui avait à l'époque la cote. C'est à ma connaissance la seule hypothèse qui fasse le pont entre la synthèse prébiotique de molécules organiques complexes, et les premières cellules. Trop souvent passée sous silence, peut-être pas assez étudiée ces dernières décennies, éventuellement à mettre en complément d'autres théories telles que les fumeurs blancs et noirs... En tout cas centrale selon moi quant à faire le pas entre par exemple un hypothétique métabolisme en inclusion minérale et la première cellule. Possiblement une des formes proto-vivantes ayant éventuellement coexisté avec d'autres formes, pour ce qu'on en sait en l'état de l'art aujourd'hui.

    Puis suit l'explication du pourquoi/comment les organismes tolérants voire dépendants au dioxygène ont pris le dessus sur les organismes non tolérant au dioxygène au fil du temps. En particulier, il est fait un état des divers gisements de stromatolithes fossiles, soulignant une distribution assez large tant dans la géographie, le temps, mais aussi des conditions de formations.

    On fait ensuite un retour sur la composition des océans à la suite de la formation de la Terre. Puis à 38'30 est évoquée sans la nommer la Grande Oxydation (dite aussi "Grande Catastrophe de l'Oxygène"), une des premières sinon LA première crise écologique d'ampleur planétaire. On en retrouve en effet trace sous forme d'immenses dépôts-gisements d'oxydes métalliques partout dans le monde. Une petite critique ou question sur les dates : dans l'épisode décortiqué, les voix off évoque une période aux alentour de -2Ga, alors que sur la Toile je retrouve pas mal de datations aux alentours de -2,4Ga Serait-ce l'étalement de la Grande Oxydation ou une réévalutation des datations par radio-isotopes ?

    Critique sur la "saturation des océans" puis dégazement atmosphérique... Pysiquement le gaz devait être à l'équilibre, sinon il ne reste pas dissout. Donc les océans ont saturé en même temps que l'atmosphère si je puis dire.

    Néanmoins on revient sur une note de conclusion assez sympathique et plus généraliste : la Terre est telle qu'on la connaît aujourd'hui grâce / à cause des modifications apportées par tous les être vivants qui l'ont peuplé et qui la peuple encore aujourd'hui. Ce qui rappelle / sous-entend que l'humain n'est qu'un de ces êtres et qu'il serait illusoire de croire à une "Terre Éden" "préservée" juste parce qu'on retirerait l'humain du paysage : avec ou sans nous, la Terre a bien changé depuis ses origines et continuera de changer.


    ===============

    Remarque : L'épisode suivant traite de l'atmosphère, néanmoins on s'éloigne de l'apparition du vivant alors je me demande s'il est pertinent d'en faire la critique dans ce fil. A priori ça sort un peu du cadre de départ qu'on s'était fixé donc je ne le trouve pas nécessaire/incontournable au présent fil, cependant très intéressant en lui-même mais pour d'autres aspects Qu'en penses-tu, Geb ?

    Ou si un autre intervenant se sent quand même d'attaque, je ne pense pas qu'il serait mal reçu du moment que la critique soit construite et pertinente

    Je pense m'attaque à la Planète Miracle II (1995) dans une prochaine critique
    Dernière modification par noir_ecaille ; 12/07/2014 à 09h17.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  4. #63
    Cendres

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Excellente série documentaire (et pour une fois pas docul-cul-mentaire) qui a nourri ma jeunesse.
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

  5. #64
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonjour,

    Tout d'abord, je voudrais féliciter noir_ecaille pour ses excellentes critiques.

    En ce qui concerne l'épisode 4 sur l'atmosphère, si d'après toi il est "très intéressant", je te fais confiance.

    Je n'ai pas trop de temps en ce moment pour revenir sur tes quelques messages précédents, mais je voulais juste dire que j'ai trouvé une publication plus récentes de Stanley Miller (1986), disponible en aperçu sur Google Books, dans laquelle il donne les trois acides aminés qui selon lui n'ont pas encore été synthétisés en quantité suffisante de manière abiotique (voir page 10) :

    Current status of the prebiotic synthesis of small molecules (Miller, 1986).

    Some of the compounds which do not yet have adequate prebiotic syntheses are: arginine, lysine, histidine, [...]
    Ce qui me fait rire, c'est qu'en 1976 les créationnistes Rene Evard et David Schrodetzki ont été plus optimistes que Miller (voir au bas de la page 6 du pdf) :

    - Chemical evolution (Evard & Schrodetzki, 1976)

    At present, 18 out of the 20 amino acids found in proteins have been synthesized by methods similar to Miller's classic experiment. Tryptophan and glutamine have not been identified among the reaction products. Interestingly enough, two amino acids, tyrosine and phenylalanine, have been produced only on heating mixtures of the presumed prebiotic gases to over 1000ºC (8).
    Selon eux, seulement 2 acides aminés n'ont jamais été identifiés dans les expériences de synthèse prébiotique. En outre, ce sont 2 acides aminés différents des trois acides aminés mentionnés par Miller (le tryptophane et la glutamine).

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 13/07/2014 à 10h39.

  6. #65
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    La Planète Miracle (1986), Épisode 2 : "La Grande Fissure"

    Dans l'ensemble, cela traite et se concentre sur la croûte terrestre, ses mouvements et ceux du manteau, ainsi que l'activité volcanique. Je vais survolé rapidement pour me concentrer sur l'épisode suivant.
    Je n'ai pas grand-chose à ajouter à tes remarques sur l'épisode 2, mais je me permet de revenir sur cette partie de ton discours :

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On y voit de magnifiques témoignages de la puissance des volcans, véritables spectacles pyrotechniques grandeur nature, ainsi que les dédales de la mine la plus profonde du monde, et des failles gigantesques déchirant les paysages.
    Je voudrais préciser que la puissance des volcans sous-marins mérite aussi le coup d’œil, et est toute aussi magnifique (pour autant qu'on ne soit pas dans les parages).

    En témoigne cette vidéo : WHOI: Erupting Underwater Volcano

    Elle relate l'éruption filmée le 27 avril 2006 du Brimstone Pit, un volcan sous-marin situé au large du Japon, dans l'Océan Pacifique.

    Je trouve cette vidéo absolument magnifique. Le son, les sortes de vagues à cause d’un "lac de soufre" fondu, sous une fine croûte, la violence de l'expulsion des bombes et des gaz. J'aime aussi beaucoup lorsqu'il dit qu'il faut s'imaginer l'éruption que ça aurait été si ça n'avait pas été contenu par la pression par 560 mètres de fond. Je n'ai aucune peine à me l'imaginer en regardant ces images.

    Les vidéos originales, enregistrements audio et photos sont disponibles ici : Close to the Fire

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    -- il faut creuser de son côté pour comprendre que c'est l'hydratation de la croûte et du manteau qui permettent la tectonique des plaques --
    Tu es tombée sur une publication de Francis Albarède ?

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 15/07/2014 à 14h36.

  7. #66
    noir_ecaille

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Tout d'abord, je voudrais féliciter noir_ecaille pour ses excellentes critiques.
    Je suis loin d'égaler tes prestations cependant

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    En ce qui concerne l'épisode 4 sur l'atmosphère, si d'après toi il est "très intéressant", je te fais confiance.
    J'en conclus que tu en redemandes ^^; Bon bah va pour l'épisode 4.


    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Je n'ai pas grand-chose à ajouter à tes remarques sur l'épisode 2, mais je me permet de revenir sur cette partie de ton discours :

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On y voit de magnifiques témoignages de la puissance des volcans, véritables spectacles pyrotechniques grandeur nature, ainsi que les dédales de la mine la plus profonde du monde, et des failles gigantesques déchirant les paysages.
    Je voudrais préciser que la puissance des volcans sous-marins mérite aussi le coup d’œil, et est toute aussi magnifique (pour autant qu'on ne soit pas dans les parages).
    Pardon. Je pensais inclure les volcans tant au-dessus que sous la mer, j'aurais le formuler plus explicitement

    Savoir qu'une île peut émerger ou même être engloutie par la puissance du volcanisme m'a toujours profondément impressionnée ! J'ai même du mal à voir un volcan en activité comme quelque chose de presque "paisible" passés les premiers émois et les premières explosions de (re)mise en branle ^^;

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Tu es tombée sur une publication de Francis Albarède ?
    Pas "directement". J'ai d'une part potasser la question relativement à Vénus, d'autre part je remercie T-K et sa patience infinie lorsqu'il m'arrive de poser des questions d'ordre géologique. Il se peut que j'ai lu une publi ou deux sans faire attention à l'auteur
    Dernière modification par noir_ecaille ; 15/07/2014 à 15h48.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  9. #67
    noir_ecaille

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    PS : Concernant les crétionnistes, le peu qu'ils lisent de la bio c'est uniquement pour la dénigrer. Je ne m'attends donc pas à quelque chose de bien sérieux de leur part

    S. Miller reste une figure sinon un père fondateur de la prébiotique. Il a brisé le tabou vitaliste qui veuille qu'on ne puisse rien synthétiser qui soit imputable au phénomène vivant.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  10. #68
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonjour,

    J'ai trouvé un autre documentaire (50 minutes) intitulé "Life Is Impossible", dont la première diffusion remonte au 28 juin 1993. Il est issu de la célèbre série documentaire britannique "Horizon" de la BBC.

    Il y a une fabuleuse suite de scientifiques interviewés dans cet épisode (saison 29, épisode 22) de la série documentaire, dont voici la liste exhaustive :

    - Stanley Miller (à 2'49")
    - Christopher Chyba (à 3'22")
    - Jeffrey Bada (à 5'25")
    - Donald Lowe (à 5'55")
    - Michael Russell (à 14'18")
    - Everett Shock (à 14'31")
    - Karl Stetter (à 16'41")
    - Jack Szostak (à 19'37")
    - Rémy Hennet (à 21'01")
    - Günter Wächtershäuser (à 25'47")
    - Graham Cairns-Smith (à 28'49")

    Je dois dire que c'était la première fois que j'entendais la voix de Stanley Miller. D'un point de vue quasi "sentimental" (jusqu'à ce que je trouve un terme plus approprié), pour quelqu'un comme moi qui s'intéresse tellement à ce domaine, c'était assez intéressant. De la même manière, ça me fait plaisir d'avoir une idée de comment étaient Russell et Scozstak physiquement quand ils ont commencé leurs carrières respectives dans le domaine de l'origine de la vie (pour ne pas dire "quand ils étaient jeunes").

    Malheureusement, je n'aurai pas le temps de rédiger une analyse exhaustive aujourd'hui. Mais je dois dire qu'à en juger par les personnes interviewés, ça pourrait être un des meilleurs documentaires sur la question de l'origine de la vie que j'ai vu jusqu'ici.

    En comparant les documentaires des années 1980-1990 avec ceux d'aujourd'hui, je commence à avoir l'impression que quelque chose cloche avec ce que propose la plupart des documentaires plus récents.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 16/07/2014 à 09h01.

  11. #69
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonjour,

    Ces derniers jours, j'ai pris le temps de revenir sur une de tes critiques précédentes. Je te prie de m'excuser pour le temps certain que ça m'a pris. J'imagine que c'est toujours plus agréable d'avoir une réponse "du tac au tac" à une critique bien construite qu'on vient de poster. Mais dans ce cas, ça m'était complètement impossible faute de temps.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Plusieurs critique à 3'05'' : a voix off présente le dioxygène comme nécessaire à toute vie -- ça me hérisse toujours autant le poil car on connaissait déjà des anaérobies stricts (dont ceux de nos intestins, mais aussi les colonies microbiennes d'autres milieux anoxiques comme les geysers et (vu plus loin dans ce documentaires) leur flore.
    C’est à mon avis symptomatique de l’absence d’informations sur l’organisation métabolique du vivant sur la Terre. Il me paraît important d’apporter des précisions sur les types métaboliques (oxydatif ou réducteur) et sur la distinction entre organisme autotrophe et hétérotrophe. Ce serait même l’occasion de mentionner les extrêmophiles à bon escient, en s’intéressant à leur métabolisme.

    Dans le même ordre d’idée, il me semble qu’on ne veille pas assez à ce que les téléspectateurs se rendent compte que lorsqu’on évoque l’origine des premières formes de vie sur la Terre, on évoque là des organismes unicellulaires.

    En fait, je ne vois pas du tout de problème à l’idée de préciser que l’oxygène joue un rôle important dans la croissance et le métabolisme des micro-organismes. Mais il est en revanche important de préciser que pour certains micro-organismes, ce rôle est positif, et pour d’autres, il est franchement négatif sur la croissance, voire carrément la survie.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Un peu d'anthropocentrisme aussi bien que peu marqué (on prends les bactéries primitives pour aller jusqu'à l'Homme, sous-entendu comme très complexe).
    Ces organismes sont d’ailleurs le fruit, extrêmement élaboré, d’environ 4 milliards d’années d’évolution (et je parle aussi bien des bactéries que de l’Homme). Dans les faits, l’objet d’étude, le concept, qui est dans la tête des chercheurs qui s’intéressent à l’origine des premières formes de vie, c’est pourtant quelque chose de beaucoup plus simple que le plus simple des organismes unicellulaires actuels.

    Les bactéries généralement présentées comme primitives sont en faites simplement anciennes (c’est-à-dire qu’elles existent depuis longtemps), mais elles sont très loin d’être primitives (autrement dit, elles sont tout aussi évoluées, adaptées, que les autres bactéries). Ce n’est pas assez, mal, ou pas du tout préciser dans les documentaires qu’on a analysé jusqu’ici.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Mais bon, peut-être s'agit-il de d'abord partir d'un préjugé façon lieu commun pour ensuite démontrer/illustrer la réalité tout autre.
    Et bien, si c’était effectivement l’idée des rédacteurs de la narration, je trouve que c’est une mauvaise stratégie. Autant partir du bon pied dès le départ, non ?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On remarque aussi une très nette évolution du vocabulaire -- qui se vérifiera tout au long de cet épisode. En particulier les bactéries modernes car contemporaines étaient à l'époque vue comme plus primitives que les eucaryotes -- façon "fossile vivant", un terme aujourd'hui banni de la biologie pour des raisons aussi variées que le temps d'évolution (qui est in fine le même pour toutes les espèces actuelles) ou encore les données phylogéniques qui ont littéralement secoué, balayé et remodelé considérablement le paysage scientifique durant ces quarante dernières années (et ce n'est pas fini !).
    Il nous reste tout de même l’expression fossile moléculaire qui a gardée toute sa superbe. Mais bon, ce n’est pas du tout le même contexte.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Le voyage débute en Australie, Shark Bay, Hamelin Pool. C'est là que furent trouvés les premiers stromatolithes contemporains/vivants. Et là premier gros choc/décâlage avec la cladistique actuelle : à l'époque les cyanobactéries étaient encore classées comme algues.
    À en juger par cette publication de 1978 la reclassification des cyanobactéries a pris un certains temps et a dû s’étaler de 1974 à 1985. Maintenant, je ne sais pas ce qu’il en a été en définitive.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Les biofilms bactériens sont présentés comme rien moins que des "algues souples" recouvrant les stromatolithes.
    Oui, j’imagine que si les cyanobactéries ont été reclassées dans leur position moderne au 1er janvier 1985 comme indiqué dans la publication ci-dessus, on ne peut pas en vouloir à la NHK de ne pas s’être mise à la page. Dans ce contexte, il me paraît même fort probable que d’éventuels consultants scientifiques aient fait eux-mêmes cette erreur de dénomination (par habitude).

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    J'ai par contre été surprise que les dégagements gazeux soient si importants qu'ils soient visibles à l'oeil nu sous forme de bulles ! Même les vraies algues et les plantes aquatiques n'en font à ma connaissance pas autant en conditions naturelles. Peut-être est-ce particulier à Hamelin Pool ?
    Non, ce n’est pas un cas particulier à Hamelin Pool. J’ai vu les mêmes images pour les stromatolithes de Cuatro Ciénegas au Mexique, dans un documentaire que j’avais mentionné au message #3 dans cette discussion (série documentaire How the Earth was made, saison 2, épisode 3 : "Birth of the Earth"). On voit bien les bulles à 40’28".

    De manière tout à fait anecdotique, au moins un documentaire (américain) affirme qu’on ne trouve de stromatolithes vivants qu’à deux endroits dans le monde (probablement l’Australie Occidentale et le Nord du Mexique), ce qui est complètement faux. On a déjà parlé des stromatolithes sous-marins des Bahamas (Dravis, 1983), mais il y a aussi des stromatolithes vivants aux États-Unis (Berelson et al., 2011) et en Antarctique (Andersen et al., 2011). Ce n’est évidemment pas une liste exhaustive.

    Aussi, quand dans le documentaire de la NHK (celui de 1987), on dit que les stromatolithes ont 3,5 milliards d’années, il ne s’agit évidemment pas de ceux d’Hamelin Pool, dont les plus anciens encore actifs sédimentent depuis trois à quatre milles ans.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Petite erreur d'appréciation à 12'10'' : ce n'est pas tant "la" chlorophyle qui est "indispensable" que tout simplement un pigment chlorophylien (y'en a des verts, des rouges, des bruns et des noirs).
    À propos de pigment, as-tu entendu parler de l’hypothèse (au demeurant tombée en désuétude) dite de la "Terre primitive violette" (Xiong et al., 2000) ?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    À 13'43'', on a une animation qui tente d'illustrer le processus de minéralisation en couche des stromatolithes, mais c'est un peu simpliste. En réalité les cyanobactéries continuent leur photosynthèse derrière leur film protecteur qu'elles synthétisent au cours de la phase sombre. Puis lorsque la lumière reçue et les nutriments sont trop "filtrés" par les agrégats à la surface du film, les cyanobactéries vont "migrer" par paquets vers la surface du polyoside et en "recoloniser" la surface, jusqu'à la prochaine "migration". Le processus cependant est très lent et demande une grande patience et des semaines de filmage, ce qui explique peut-être l'hypothèse simpliste présentée dans l'épisode de 1986.
    Même si elle est un peu simpliste (je n’ai pas les connaissances pour en juger), je la trouve bien meilleure que les animations "en couche", autrement dit sans l’idée de "files de bactéries", que l’on trouve dans les schématisations des documentaires modernes.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Petites précisions mathématiques Une croissance d'un demi millimètre (par an) de l'épaisseur du stromatolithe c'est 500 µm/an, sachant que les cyanobactéries ont des dimensions de l'ordre du µm. En réalité les couches observées ne correspondent pas tant à des alternance diurnes/nocturnes que saisonnières
    Honnêtement, je ne vois pas trop où tu veux en venir. Pourrais-tu être plus explicite ?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On repart ensuite sur les stromatolithes -- fossiles cette fois À l'époque, les plus vieilles traces découvertes d'organismes vivant en biofilm remontaient à 3,5 Ga.
    À ma connaissance, les plus vieux stromatolithes fossiles identifiés à l’époque avaient été datés à ~3,43 milliards d’années (Walter et al., 1980). Cela dit, en 1987 leur caractère biogénique était encore contesté par une partie de la communauté scientifique. Manifestement, les réalisateurs et/ou les consultants scientifiques de NHK étaient eux parfaitement convaincus.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    À 18'40'', le Pr Malcom Walter rappelle que trouver de la vie aussi complexe et déjà diversifiée à -3,5Ga sous-tend une apparition effective du phénomène vivant antérieur à cette date/prériode. Enfin, les stromatolithe fossiles apporte une preuve significative en faveur d'une photosynthèse excrétrice de dioxygène dès -3,5Ga.
    Malcolm Walter est justement le chercheur qui est à l’origine de la découverte citée plus haut. Pas étonnant que lui soit convaincu. Je remarque que les réalisateurs du documentaire n’ont pas hésité une seconde à jouer avec des résultats controversés. Heureusement, ceux-là ont été validés par la suite, mais ce n’est pas toujours le cas. Je trouve que c’est risquer de jouer avec des publications qui sont encore débattues. J’ai déjà vu des documentaires évoquer des résultats invalidés quelques années après le tournage. C’est toujours délicat et lorsque les résultats ont, je dirais, trois ans ou moins, il ne faut JAMAIS oublier le conditionnel et inviter le téléspectateur à la prudence. Je vois qu’ici ce n’est pas le cas.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    À 22'15, à nouveau le leitmotiv énervant sur "toute vie a besoin d'oxygène", sous-entendu dioxygène libre atmosphérique comme dissout
    De prime abord, cette phrase prise hors contexte ne me gêne pas, puisque l’oxygène un des éléments principaux qui composent les êtres vivants. Mais effectivement, le narrateur ne fait pas beaucoup d’effort pour veiller à ce que le quidam ne pense pas à l’oxygène moléculaire…

    La suite est au message suivant

  12. #70
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Direction les USA, les geysers et volcans de boue du parc de Yellowstone.
    Oui, d’une certaine façon, je trouve les réalisateurs fascinés par les bassins de boue bouillonnante. Ces bassins apparaissent dans trois des documentaires sur l’origine de la vie que j’ai vu jusqu’ici.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Depuis on a découvert des eucaryotes dans les fosses anoxiques de la mer Méditerranée, qui possède en lieu et place de mitochondries des organites métanogènes
    Ne s’agit-il pas de hydrogénosomes plutôt que "d’organites méthanogènes" ?

    Pour ceux qui voudraient se renseigner à la source : The first metazoa living in permanently anoxic conditions (Danovaro et al., 2010)

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Pendant longtemps on a en effet pensé que seul des métabolismes procaryotes éventuellement extrêmophiles étaient capables de survivre en l'absence de dioxygène libre -- je dis éventuellement extrêmophiles parce qu'il existe beaucoup de bactéries mésophiles capables de respirer des minéraux tels que nitrates, sulfates, carbonates, etc.
    Le plus grand avocat de l’importance de l’existence de métazoaires anaérobies, et ce avant même leur découverte (Martin & Müller, 1998) pour l’origine même des métazoaires est à ma connaissance le botaniste américain William Martin (Martin, 2011)

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Ma critique ? Trop souvent dans d'autres documentaires la synthèse peptidique façon soupe primitive est passée sous silence au profit de la plus sensationnelle synthèse par choc mécanique -- genre les comètes/astéroïdes auraient donné naissance aux protéines...
    Je suis d’accord à propos du côté trop "sensationnaliste" de beaucoup de documentaires, même si la polymérisation des acides aminés suite à un impact n’est peut-être pas le meilleur exemple, puisqu’il ne concerne qu’un documentaire à ma connaissance (voir message #37).

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    C'est pour moi une expérience inédite car trop peu relatées dans les documentaires récents, sinon étouffée au profit d'autres visions dont les morceaux épars ont du mal à coller ensemble quant à reconstituer ce puzzle qu'est l'apparition du vivant.
    C’est surtout une constante dans les documentaires. J’imagine que si cette expérience est relatée dans La Planète Miracle, c’est surtout parce qu’elle est l’œuvre de chercheurs japonais. De la même manière, un documentaire produit en France se concentrera en grande partie sur les recherches menées par des Français. Peut-être que pour avoir une vision moins biaisée, il faudrait multiplier les co-productions internationales, à l’image de la collaboration entre NHK et Antenne 2 pour La Planète Miracle (1987) et La Planète Miracle II (1995).

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    À 30'00'', on a l'hypothèse des coacervats qui avait à l'époque la cote. C'est à ma connaissance la seule hypothèse qui fasse le pont entre la synthèse prébiotique de molécules organiques complexes, et les premières cellules. Trop souvent passée sous silence, peut-être pas assez étudiée ces dernières décennies, éventuellement à mettre en complément d'autres théories telles que les fumeurs blancs et noirs... En tout cas centrale selon moi quant à faire le pas entre par exemple un hypothétique métabolisme en inclusion minérale et la première cellule. Possiblement une des formes proto-vivantes ayant éventuellement coexisté avec d'autres formes, pour ce qu'on en sait en l'état de l'art aujourd'hui.
    En ce qui me concerne, c’est vrai que le problème principal d’une grande partie des documentaires, c’est qu’on se concentre sur une infime partie des résultats expérimentaux : ceux qui concernent les sources abiotiques de molécules organiques d’une part, les acides aminés en particulier, et la polymérisation des acides aminés d’autre part.

    Or, il y a bien plus de deux types de résultats expérimentaux qu’il pourrait s’avérer intéressants d’aborder. La production de micelles, de liposomes, de microsphères polypeptidiques ou de coacervats est un de ces résultats expérimentaux qui mériteraient d’être abordés. À cela on pourrait ajouter une hypothèse comme celle de Michael Russell, qui voit d’abord de la place pour des micro-cavités en sulfures de fer, suivie d’une phase "amyloïde". Comme je l’ai indiqué dans d’autres discussions, parmi les autres résultats expérimentaux, on pourrait également proposer les expériences qui s’attachent à amplifier les brins d’ARN de manière abiotique, à polymériser les nucléotides, à reproduire une catalyse (même faible) à l’aide par exemple de divers minéraux, ou encore, les expériences qui s’attache à reproduire un semblant de mécanisme chimiosmotique en favorisant la synthèse de composés riches en énergie (comme le pyrophosphate ou l’acétyl-phosphate), à travers un gradient de pH naturel.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Une petite critique ou question sur les dates : dans l'épisode décortiqué, les voix off évoque une période aux alentour de -2Ga, alors que sur la Toile je retrouve pas mal de datations aux alentours de -2,4Ga Serait-ce l'étalement de la Grande Oxydation ou une réévalutation des datations par radio-isotopes ?
    Un âge moderne de la Terre est connu depuis 1953, grâce à la datation de fragments de météorites de Clair Patterson (à ~4,5 milliards d’années ; auparavant on penchait plutôt pour ~3,3 milliards d’années), même si la confirmation par d’autres équipes et d’autres techniques a pris environ 2 ans (je pense notamment aux travaux de Russell & Allan, 1955).

    En 1952, Harold Urey, dans une publication qui a sans aucun doute inspiré l'expérience de Miller, estime, partir des travaux de A. C. Lane (1917) et de A. MacGregor (1927), que la transition d'une atmosphère réductrice à une atmosphère oxydante s'est produite il y a "exactement 800 millions d'années".

    Depuis lors, le timing de l'augmentation de l'oxygène dans l'atmosphère a été vigoureusement débattu dans la littérature. Après une recherche approfondie (qui explique pourquoi j’ai mis un certain temps à répondre), la première mention de la limite autour de -2,35 milliards d’années, a été faite par Cameron (1982), à partir des indices géologiques issus du fractionnement isotopique du soufre. Cela dit, cet indice géologique (autour de 2 milliards d’années cette fois) est connu au moins depuis les travaux de Ault & Kulp publiés en 1959. Il a juste fallu un certain temps pour bien interpréter ces données. À noter que le fractionnement isotopique du soufre n’est pas le seul indice géologique (il en existe au moins 10 autres ; voir l’excellente review de Yamaguchi, 2003, à ce sujet).

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Critique sur la "saturation des océans" puis dégazement atmosphérique... Pysiquement le gaz devait être à l'équilibre, sinon il ne reste pas dissout. Donc les océans ont saturé en même temps que l'atmosphère si je puis dire.
    Je dois dire que les processus physique qui influent sur ce processus m’échappent. Je vais essayer de m’y intéresser un peu. Intuitivement, je dirais que le fait qu’il faut plus d’oxygène moléculaire qu’il n’y en a dans l’atmosphère pour saturer l’hydrosphère m’incite à penser que le phénomène du dégazage pourrait être plus compliqué dans sa dynamique au fil du temps et par la même, au fil des modifications des conditions rédox de la Terre.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Néanmoins on revient sur une note de conclusion assez sympathique et plus généraliste : la Terre est telle qu'on la connaît aujourd'hui grâce / à cause des modifications apportées par tous les être vivants qui l'ont peuplé et qui la peuple encore aujourd'hui. Ce qui rappelle / sous-entend que l'humain n'est qu'un de ces êtres et qu'il serait illusoire de croire à une "Terre Éden" "préservée" juste parce qu'on retirerait l'humain du paysage : avec ou sans nous, la Terre a bien changé depuis ses origines et continuera de changer.
    C’est moins sympathique que ça en à l’air à mes yeux, puisqu’il me semble que dans ce cas-là le reportage subit la mauvaise influence de l’hypothèse Gaïa de Lovelock et Lodge (1972), très en vogue à l’époque. Justement, Lynn Margulis et son fils Dorion Sagan avaient publié un bouquin en 1986 où le sujet est abordé. Donc, j’imagine que c’était d’autant plus dans l’air du temps.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 17/07/2014 à 08h17.

  13. #71
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonjour,

    J'ai retrouvé un lien vers la version anglaise (la version d'origine étant américaine) du documentaire "How Life Began" (mentionné au message #8), diffusé pour la première fois sur History Channel en 2008 :

    How life began

    Il y a un sous-titrage en suédois, mais ce n'est pas extrêmement dérangeant.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 26/07/2014 à 14h36.

  14. #72
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonjour,

    J'ai pris le temps de regarder le cinquième épisode de la série documentaire Through the Wormhole (le titre de la version en français étant "Voyage dans l'espace-temps"), diffusée pour la première fois en 2010 sur Science Channel :

    D'où venons-nous ?

    Voici une liste quasi-exhaustive des travaux évoqués dans ce documentaire :

    1) Evidence for life on Earth before 3,800 million years ago (Mojzsis et al., 1996)

    2) Microbial habitability of the Hadean Earth during the late heavy bombardment (Abramov & Mojzsis, 2009)

    3) A production of amino acids under possible primitive earth conditions (Miller, 1953)

    4) Experimental shock chemistry of aqueous amino acid solutions and the cometary delivery of prebiotic compounds (Blank et al., 2001)

    5) Formation of protocell-like vesicles in a thermal diffusion column (Budin et al., 2009)

    6) Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions (Powner et al., 2009)

    7) Paleointensity of the ancient Martian magnetic field (Weiss et al., 2008)

    8) Finding a second sample of life on Earth (Davies & Lineweaver, 2005)

    9) Did nature also choose arsenic? (Wolfe-Simon et al., 2008)

    Lorsque Stephen Mojzsis dit (à 6'06") :

    On a longtemps pensé qu'il ne pouvait rester aucune trace des 500 premiers millions d'années de la Terre.
    Entendre ce genre de discours sans aucune autre précision me laisse d'ordinaire sceptique, parce que les premières questions qui me viennent à l'esprit sont : qui a dit ça ? Quand ? Dans quelle(s) revue(s) ?

    En passant, l'hypothèse de Sutherland (Powner et al., 2009) m’avait déjà été présentée (ou en tout cas évoquée) par Paminode il y a un peu plus de 4 ans déjà. Voir cette discussion :

    http://forums.futura-sciences.com/pl...ml#post2875210

    D’ailleurs, en relisant la discussion en question (c’est celle qui a vraiment lancé un regain d’intérêt de ma part pour la question des origines de la vie), je me rends compte à quel point mes connaissances étaient lacunaires, et à quel point j’étais naïf à l’époque. Mais c'est tout à fait anecdotique.

    À noter que la supposition de Wolfe-Simon, Davies et Anbar (Wolfe-Simon et al., 2008), s’est transformée en annonce en grande pompe le 2 décembre 2010, sur NASA Television :

    http://www.futura-sciences.com/magaz...iologie-26431/

    Suite à cet article :

    A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus (Wolfe-Simon et al., 2011)

    Cela dit, la découverte de Wolfe-Simon et s’est collègue a été contestée par des dizaines de chercheurs depuis. Au passage, certains chercheurs, comme Antoine Danchin, ne se sont pas privés de critiquer le tapage médiatique de la NASA, ainsi que le laxisme des éditeurs de la revue Science.

    Donc, on retrouve ici aussi le risque inhérent au fait de faire un documentaire sur des publications récentes (je dirais moins de 3 ans), dont les résultats n'ont pas encore été reproduits ni même critiqués.

    J'imagine que noir_ecaille regrettera aussi la mention de la synthèse de dipeptides à l'impact entre une comète et la Terre (Blank et al., 2001).

    Donc, aux États-Unis, préparer un documentaire se résume à lire une dizaine de publications. Des publications qui en plus ne vont pas plus loin que la synthèse des briques, sans expliquer aucun mécanisme d’évolution possible entre les briques et les cellules modernes, à part le "hasard". Je regrette aussi, encore une fois, la perte de temps sur la possibilité d'une vie extraterrestre... même si c'est relativement courant apparemment.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 26/07/2014 à 15h04.

  15. Publicité
  16. #73
    Geb

    Re : Qui des deux est apparu en premier sur terre, le végétal ou l'animal ?

    Bonsoir,

    Je viens de trouver sur YouTube un épisode intitulé « D’où sommes-nous venus ? » (“Where did we come from?”) d’une série documentaire américaine diffusée sur PBS :

    The Origin of Life on Earth (Full documentary)

    Il dure tout de même 48 minutes (de 2′30″ à 50′30″). Cela dit, en un peu moins de 11 minutes (de 15′31″ à 26′19″) censées traiter de l’origine de la vie, il n’évoque qu’un seul et unique résultat scientifique :

    Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions (Powner et al., 2009)

    Je trouve qu’il y a de quoi être déçu.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 24/01/2016 à 21h06.

  17. #74
    Geb

    Re : Origine de la vie : analyse critique de documentaires

    Bonsoir,

    Je viens de trouver un épisode de la série documentaire américaine "How the Universe Works" qui a pour thème l'origine de la vie. Il s'agit du cinquième épisode de la quatrième saison, intitulé "Dawn of Life". Il a été diffusé pour la première fois le 11 août 2015 sur la chaîne Discovery Channel et dure 43 minutes. Encore une fois, je l'ai trouvé trop ambitieux dans son contenu pour une durée aussi courte.

    Néanmoins, il y a 2 personnes assez intéressantes de mon point de vue qui ont participé à ce documentaire. Il y a tout d'abord Lewis Dartnell, qui a travaillé avec Nick Lane sur la reproduction en laboratoire d'un évent hydrothermal alcalin et qui faisait même parfois la "deuxième partie" de ses conférences. Il s'agit donc d'un des proches collaborateurs de Nick Lane. Ensuite, il y a Laurie Barge, qui est une des cinquante chercheurs impliqués de près ou de loin dans le groupe de recherche de Michael Russell, et qui a co-écrit de nombreuses publications avec lui et maintenant (Mike Russell doit avoir 70 ans environ désormais) sans lui.

    Étant donné le casting de l'épisode, on ne s'étonnera donc pas de trouver 3 minutes consacrés à l'hypothèse des évents hydrothermaux alcalins (de 18'20 à 21'35 dans la vidéo) quant à l'origine de la vie sur la Terre, qui est même présentée très favorablement ("Alkaline vents are the leading theory for the origin of life", peut-on entendre dans le documentaire), malheureusement avec une erreur grossière où l'on voit une cellule sortir de l'évent directement dans l'océan.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 25/03/2018 à 18h59.

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