Origine de la vie : analyse critique de documentaires

[noir_ecaille]

Je suis en pleine rédaction, tu viens de me griller ^^;

Bon pas grave En tout cas j'adore les sonfuzoaires et les bidonacées Tu est toujours aussi riche en références

Je ne parviens décidément pas à me mettre à niveau question faculté à documenter... [joke] C'est de la triche d'être aussi doué [/joke]

Par contre t'es chié de me filer ce PDF/diapo en japonais... Si Bisebutsu traîne dans le coin, il a certainement plus de compétences que moi quant à traduire les éventuels passages intéressants Ça m'a l'air de retracer une partie de l'histoire de la Terre.
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[noir_ecaille]

La Planète Miracle (1986), Épisode 3 : "La Mer Primitive"


On début par un petit parallèle entre les conditions de survie humaines relative et l'atmosphère actuelle, telle qu'elle nous est nécessaire.

Plusieurs critique à 3'05'' : a voix off présente le dioxygène comme nécessaire à toute vie -- ça me hérisse toujours autant le poil car on connaissait déjà des anaérobies stricts (dont ceux de nos intestins, mais aussi les colonies microbiennes d'autres milieux anoxiques comme les geysers et (vu plus loin dans ce documentaires) leur flore. Un peu d'anthropocentrisme aussi bien que peu marqué (on prends les bactéries primitives pour aller jusqu'à l'Homme, sous-entendu comme très complexe). Mais bon, peut-être s'agit-il de d'abord partir d'un préjugé façon lieu commun pour ensuite démontrer/illustrer la réalité tout autre. On remarque aussi une très nette évolution du vocabulaire -- qui se vérifiera tout au long de cet épisode. En particulier les bactéries modernes car contemporaines étaient à l'époque vue comme plus primitives que les eucaryotes -- façon "fossile vivant", un terme aujourd'hui banni de la biologie pour des raisons aussi variées que le temps d'évolution (qui est in fine le même pour toutes les espèces actuelles) ou encore les données phylogéniques qui ont littéralement secoué, balayé et remodelé considérablement le paysage scientifique durant ces quarante dernières années (et ce n'est pas fini !).

Retour sur la Terre primitive, datant probablement de l'Hadéen ou l'Archéen, avec un bref état des gaz de la probable atmosphère primitive : CO₂, N₂, et H₂O. On arrive ensuite à l'origine du dioxygène, soit des créatures vivantes.

Le voyage débute en Australie, Shark Bay, Hamelin Pool. C'est là que furent trouvés les premiers stromatolithes contemporains/vivants. Et là premier gros choc/décâlage avec la cladistique actuelle : à l'époque les cyanobactéries étaient encore classées comme algues. Les biofilms bactériens sont présentés comme rien moins que des "algues souples" recouvrant les stromatolithes. J'ai par contre été surprise que les dégagements gazeux soient si importants qu'ils soient visibles à l'oeil nu sous forme de bulles ! Même les vraies algues et les plantes aquatiques n'en font à ma connaissance pas autant en conditions naturelles. Peut-être est-ce particulier à Hamelin Pool ? Le parallèle est assez vite posé entre les cyanobactéries et les organismes à l'origine du dioxygène atmosphérique il y a 3,5 Ga. Bon, encore un mini-couac sur les "fossiles vivants" à 9'35'' et après.

J'avas oublié combien certains microscopes manquent de profondeur de champ, de même les caméras qu'on pouvait à l'époque adapter dessus -- mais là en plus, ils ont vraiment très mal coupler donc les images sont franchement floues ^^; Surtout leur agrandissement avec la "cosses", perso je vois des bulles, quelques déchets, d'autres bactéries coccoïdes, le mucus matriciel du biofilm et des pseudo-filaments. À très exactement 12'32'', faites un arrêt sur image et vous pourrez distinguez l'une des cyanobactéries dans le pseudo-filament

Petite erreur d'appréciation à 12'10'' : ce n'est pas tant "la" chlorophyle qui est "indispensable" que tout simplement un pigment chlorophylien (y'en a des verts, des rouges, des bruns et des noirs).

Bref. Ce que la voix off appelle "cosse" m'apparaît plutôt comme étant la matrice polyosydique du biofilm, qui partage cet aspect gluant avec bien des matrices polyosidiques au passage. À 13'43'', on a une animation qui tente d'illustrer le processus de minéralisation en couche des stromatolithes, mais c'est un peu simpliste. En réalité les cyanobactéries continuent leur photosynthèse derrière leur film protecteur qu'elles synthétisent au cours de la phase sombre. Puis lorsque la lumière reçue et les nutriments sont trop "filtrés" par les agrégats à la surface du film, les cyanobactéries vont "migrer" par paquets vers la surface du polyoside et en "recoloniser" la surface, jusqu'à la prochaine "migration". Le processus cependant est très lent et demande une grande patience et des semaines de filmage, ce qui explique peut-être l'hypothèse simpliste présentée dans l'épisode de 1986.

Petites précisions mathématiques Une croissance d'un demi millimètre (par an) de l'épaisseur du stromatolithe c'est 500 µm/an, sachant que les cyanobactéries ont des dimensions de l'ordre du µm. En réalité les couches observées ne correspondent pas tant à des alternance diurnes/nocturnes que saisonnières

On repart ensuite sur les stromatolithes -- fossiles cette fois À l'époque, les plus vieilles traces découvertes d'organismes vivant en biofilm remontaient à 3,5 Ga. À 17'40, la voix off parle de bactéries tubulaires, soit ces "algues" qui ont depuis subi la révolution cladistique amorcée par les premiers séquençages génétiques (partiels et complets) de plus en plus d'espèces. Malgré une profondeur de champ très faible, on distingue par 3D au fil de la variation de mise au point, de 17'44'' à t17'54'', une structure fossile type bacilloïde (ou "tubulaire") similaire à celle relevée à 12'32'' (Attention, il s'agir éventuellement de bacilles d'une autre espèce/lignée que les cyanobactérie) À 18'08'', on distingue des coques (ainsi sont appelée les bactéries de strutures sphéroïdales, par opposition aux bacilles en forme de bâtonnets). À 18'40'', le Pr Malcom Walter rappelle que trouver de la vie aussi complexe et déjà diversifiée à -3,5Ga sous-tend une apparition effective du phénomène vivant antérieur à cette date/prériode. Enfin, les stromatolithe fossiles apporte une preuve significative en faveur d'une photosynthèse excrétrice de dioxygène dès -3,5Ga.

À 21'25, interrogation sur les conditions environnementales d'il y a -3,5Ga et avant. À 22'15, à nouveau le leitmotiv énervant sur "toute vie a besoin d'oxygène", sous-entendu dioxygène libre atmosphérique comme dissout Direction les USA, les geysers et volcans de boue du parc de Yellowstone. On y découvre les extrêmophiles qui batifollent dans cet environnement d'apparence spartiate pour des humains. Le couplage de mises au point caméra/microscope est ho-rrible ^^; Le mouvement brownien des bactéries amplifié par les mouvements convectifs de l'eau chaude n'arrange rien. Pas très explicitement on met en parallèle par sous-entendu la propriété compartimenté des eucaryotes (= présence d'un noyau renfermant la majeur partie du génome) à la consommation de dioxygène -- l'eau chaude est appauvrie en gaz atmosphériques et notamment/particulièrement en dioxygène. Depuis on a découvert des eucaryotes dans les fosses anoxiques de la mer Méditerranée, qui possède en lieu et place de mitochondries des organites métanogènes Pendant longtemps on a en effet pensé que seul des métabolismes procaryotes éventuellement extrêmophiles étaient capables de survivre en l'absence de dioxygène libre -- je dis éventuellement extrêmophiles parce qu'il existe beaucoup de bactéries mésophiles capables de respirer des minéraux tels que nitrates, sulfates, carbonates, etc.

Petit préjugé d'époque à 25'37'', qui voyait dans les extrêmophiles des "fossiles vivants". Depuis on a largement remanié tant la cladistique que fait évoluer notre vision des différents règnes du vivant.

On fait un plongeon dans les fumeurs du plancher océanique au large du Mexique. JJ'adore la musique vers 26'40'' De nouveau le parallèle façon "fossile vivant", un peu maladroit de nos jour bien qu'il faille en retenir que le vivant est un phénomène dont certaines formes sont relativement robustes sinon rustiques. On pet supposer à bon droit que certaines stratégies (à défaut d'espèces) perdurent efficacement sur des milliards d'années comme en témoignent les archives fossiles et géologiques, et les reconstitutions qu'elles permettent. Petit clin d'oeil à la prébiotique des fumeurs


Retour au Japon, dans les labos de Mitsubishi Kasei avec le Dr Yanagawa, et là je renvoie au post #60 de Geb et l'excellente documentation qu'il a rassemblé à ce titre

Ma critique ? Trop souvent dans d'autres documentaires la synthèse peptidique façon soupe primitive est passée sous silence au profit de la plus sensationnelle synthèse par choc mécanique -- genre les comètes/astéroïdes auraient donné naissance aux protéines... Un peu ridicule selon moi en tenant compte de la vitesse et de la force de frappe de ces corps célestes, qui vaporiseraient l'eau en plus de laisser ces protéines, si elles restent en surface, à la merci du rayonnement solaire -- soit un phénomène dévastateur en l'absence d'une protection pigmentaire. C'est pour moi une expérience inédite car trop peu relatées dans les documentaires récents, sinon étouffée au profit d'autres visions dont les morceaux épars ont du mal à coller ensemble quant à reconstituer ce puzzle qu'est l'apparition du vivant.

À 30'00'', on a l'hypothèse des coacervats qui avait à l'époque la cote. C'est à ma connaissance la seule hypothèse qui fasse le pont entre la synthèse prébiotique de molécules organiques complexes, et les premières cellules. Trop souvent passée sous silence, peut-être pas assez étudiée ces dernières décennies, éventuellement à mettre en complément d'autres théories telles que les fumeurs blancs et noirs... En tout cas centrale selon moi quant à faire le pas entre par exemple un hypothétique métabolisme en inclusion minérale et la première cellule. Possiblement une des formes proto-vivantes ayant éventuellement coexisté avec d'autres formes, pour ce qu'on en sait en l'état de l'art aujourd'hui.

Puis suit l'explication du pourquoi/comment les organismes tolérants voire dépendants au dioxygène ont pris le dessus sur les organismes non tolérant au dioxygène au fil du temps. En particulier, il est fait un état des divers gisements de stromatolithes fossiles, soulignant une distribution assez large tant dans la géographie, le temps, mais aussi des conditions de formations.

On fait ensuite un retour sur la composition des océans à la suite de la formation de la Terre. Puis à 38'30 est évoquée sans la nommer la Grande Oxydation (dite aussi "Grande Catastrophe de l'Oxygène"), une des premières sinon LA première crise écologique d'ampleur planétaire. On en retrouve en effet trace sous forme d'immenses dépôts-gisements d'oxydes métalliques partout dans le monde. Une petite critique ou question sur les dates : dans l'épisode décortiqué, les voix off évoque une période aux alentour de -2Ga, alors que sur la Toile je retrouve pas mal de datations aux alentours de -2,4Ga Serait-ce l'étalement de la Grande Oxydation ou une réévalutation des datations par radio-isotopes ?

Critique sur la "saturation des océans" puis dégazement atmosphérique... Pysiquement le gaz devait être à l'équilibre, sinon il ne reste pas dissout. Donc les océans ont saturé en même temps que l'atmosphère si je puis dire.

Néanmoins on revient sur une note de conclusion assez sympathique et plus généraliste : la Terre est telle qu'on la connaît aujourd'hui grâce / à cause des modifications apportées par tous les être vivants qui l'ont peuplé et qui la peuple encore aujourd'hui. Ce qui rappelle / sous-entend que l'humain n'est qu'un de ces êtres et qu'il serait illusoire de croire à une "Terre Éden" "préservée" juste parce qu'on retirerait l'humain du paysage : avec ou sans nous, la Terre a bien changé depuis ses origines et continuera de changer.


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Remarque : L'épisode suivant traite de l'atmosphère, néanmoins on s'éloigne de l'apparition du vivant alors je me demande s'il est pertinent d'en faire la critique dans ce fil. A priori ça sort un peu du cadre de départ qu'on s'était fixé donc je ne le trouve pas nécessaire/incontournable au présent fil, cependant très intéressant en lui-même mais pour d'autres aspects Qu'en penses-tu, Geb ?

Ou si un autre intervenant se sent quand même d'attaque, je ne pense pas qu'il serait mal reçu du moment que la critique soit construite et pertinente

Je pense m'attaque à la Planète Miracle II (1995) dans une prochaine critique

[Cendres]

Excellente série documentaire (et pour une fois pas docul-cul-mentaire) qui a nourri ma jeunesse.

[Geb]

Bonjour,

Tout d'abord, je voudrais féliciter noir_ecaille pour ses excellentes critiques.

En ce qui concerne l'épisode 4 sur l'atmosphère, si d'après toi il est "très intéressant", je te fais confiance.

Je n'ai pas trop de temps en ce moment pour revenir sur tes quelques messages précédents, mais je voulais juste dire que j'ai trouvé une publication plus récentes de Stanley Miller (1986), disponible en aperçu sur Google Books, dans laquelle il donne les trois acides aminés qui selon lui n'ont pas encore été synthétisés en quantité suffisante de manière abiotique (voir page 10) :

Current status of the prebiotic synthesis of small molecules (Miller, 1986).

Some of the compounds which do not yet have adequate prebiotic syntheses are: arginine, lysine, histidine, [...]

Ce qui me fait rire, c'est qu'en 1976 les créationnistes Rene Evard et David Schrodetzki ont été plus optimistes que Miller (voir au bas de la page 6 du pdf) :

- Chemical evolution (Evard & Schrodetzki, 1976)

At present, 18 out of the 20 amino acids found in proteins have been synthesized by methods similar to Miller's classic experiment. Tryptophan and glutamine have not been identified among the reaction products. Interestingly enough, two amino acids, tyrosine and phenylalanine, have been produced only on heating mixtures of the presumed prebiotic gases to over 1000ºC (8).

Selon eux, seulement 2 acides aminés n'ont jamais été identifiés dans les expériences de synthèse prébiotique. En outre, ce sont 2 acides aminés différents des trois acides aminés mentionnés par Miller (le tryptophane et la glutamine).

Cordialement.

[Geb]

La Planète Miracle (1986), Épisode 2 : "La Grande Fissure"

Dans l'ensemble, cela traite et se concentre sur la croûte terrestre, ses mouvements et ceux du manteau, ainsi que l'activité volcanique. Je vais survolé rapidement pour me concentrer sur l'épisode suivant.

Je n'ai pas grand-chose à ajouter à tes remarques sur l'épisode 2, mais je me permet de revenir sur cette partie de ton discours :

On y voit de magnifiques témoignages de la puissance des volcans, véritables spectacles pyrotechniques grandeur nature, ainsi que les dédales de la mine la plus profonde du monde, et des failles gigantesques déchirant les paysages.

Je voudrais préciser que la puissance des volcans sous-marins mérite aussi le coup d’œil, et est toute aussi magnifique (pour autant qu'on ne soit pas dans les parages).

En témoigne cette vidéo : WHOI: Erupting Underwater Volcano

Elle relate l'éruption filmée le 27 avril 2006 du Brimstone Pit, un volcan sous-marin situé au large du Japon, dans l'Océan Pacifique.

Je trouve cette vidéo absolument magnifique. Le son, les sortes de vagues à cause d’un "lac de soufre" fondu, sous une fine croûte, la violence de l'expulsion des bombes et des gaz. J'aime aussi beaucoup lorsqu'il dit qu'il faut s'imaginer l'éruption que ça aurait été si ça n'avait pas été contenu par la pression par 560 mètres de fond. Je n'ai aucune peine à me l'imaginer en regardant ces images.

Les vidéos originales, enregistrements audio et photos sont disponibles ici : Close to the Fire

-- il faut creuser de son côté pour comprendre que c'est l'hydratation de la croûte et du manteau qui permettent la tectonique des plaques --

Tu es tombée sur une publication de Francis Albarède ?

Cordialement.

[noir_ecaille]

Tout d'abord, je voudrais féliciter noir_ecaille pour ses excellentes critiques.

Je suis loin d'égaler tes prestations cependant

En ce qui concerne l'épisode 4 sur l'atmosphère, si d'après toi il est "très intéressant", je te fais confiance.

J'en conclus que tu en redemandes ^^; Bon bah va pour l'épisode 4.

Je n'ai pas grand-chose à ajouter à tes remarques sur l'épisode 2, mais je me permet de revenir sur cette partie de ton discours :

On y voit de magnifiques témoignages de la puissance des volcans, véritables spectacles pyrotechniques grandeur nature, ainsi que les dédales de la mine la plus profonde du monde, et des failles gigantesques déchirant les paysages.

Je voudrais préciser que la puissance des volcans sous-marins mérite aussi le coup d’œil, et est toute aussi magnifique (pour autant qu'on ne soit pas dans les parages).

Pardon. Je pensais inclure les volcans tant au-dessus que sous la mer, j'aurais le formuler plus explicitement

Savoir qu'une île peut émerger ou même être engloutie par la puissance du volcanisme m'a toujours profondément impressionnée ! J'ai même du mal à voir un volcan en activité comme quelque chose de presque "paisible" passés les premiers émois et les premières explosions de (re)mise en branle ^^;

Tu es tombée sur une publication de Francis Albarède ?

Pas "directement". J'ai d'une part potasser la question relativement à Vénus, d'autre part je remercie T-K et sa patience infinie lorsqu'il m'arrive de poser des questions d'ordre géologique. Il se peut que j'ai lu une publi ou deux sans faire attention à l'auteur

[noir_ecaille]

PS : Concernant les crétionnistes, le peu qu'ils lisent de la bio c'est uniquement pour la dénigrer. Je ne m'attends donc pas à quelque chose de bien sérieux de leur part

S. Miller reste une figure sinon un père fondateur de la prébiotique. Il a brisé le tabou vitaliste qui veuille qu'on ne puisse rien synthétiser qui soit imputable au phénomène vivant.

[Geb]

Bonjour,

J'ai trouvé un autre documentaire (50 minutes) intitulé "Life Is Impossible", dont la première diffusion remonte au 28 juin 1993. Il est issu de la célèbre série documentaire britannique "Horizon" de la BBC.

Il y a une fabuleuse suite de scientifiques interviewés dans cet épisode (saison 29, épisode 22) de la série documentaire, dont voici la liste exhaustive :

- Stanley Miller (à 2'49")
- Christopher Chyba (à 3'22")
- Jeffrey Bada (à 5'25")
- Donald Lowe (à 5'55")
- Michael Russell (à 14'18")
- Everett Shock (à 14'31")
- Karl Stetter (à 16'41")
- Jack Szostak (à 19'37")
- Rémy Hennet (à 21'01")
- Günter Wächtershäuser (à 25'47")
- Graham Cairns-Smith (à 28'49")

Je dois dire que c'était la première fois que j'entendais la voix de Stanley Miller. D'un point de vue quasi "sentimental" (jusqu'à ce que je trouve un terme plus approprié), pour quelqu'un comme moi qui s'intéresse tellement à ce domaine, c'était assez intéressant. De la même manière, ça me fait plaisir d'avoir une idée de comment étaient Russell et Scozstak physiquement quand ils ont commencé leurs carrières respectives dans le domaine de l'origine de la vie (pour ne pas dire "quand ils étaient jeunes").

Malheureusement, je n'aurai pas le temps de rédiger une analyse exhaustive aujourd'hui. Mais je dois dire qu'à en juger par les personnes interviewés, ça pourrait être un des meilleurs documentaires sur la question de l'origine de la vie que j'ai vu jusqu'ici.

En comparant les documentaires des années 1980-1990 avec ceux d'aujourd'hui, je commence à avoir l'impression que quelque chose cloche avec ce que propose la plupart des documentaires plus récents.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

Ces derniers jours, j'ai pris le temps de revenir sur une de tes critiques précédentes. Je te prie de m'excuser pour le temps certain que ça m'a pris. J'imagine que c'est toujours plus agréable d'avoir une réponse "du tac au tac" à une critique bien construite qu'on vient de poster. Mais dans ce cas, ça m'était complètement impossible faute de temps.

Plusieurs critique à 3'05'' : a voix off présente le dioxygène comme nécessaire à toute vie -- ça me hérisse toujours autant le poil car on connaissait déjà des anaérobies stricts (dont ceux de nos intestins, mais aussi les colonies microbiennes d'autres milieux anoxiques comme les geysers et (vu plus loin dans ce documentaires) leur flore.

C’est à mon avis symptomatique de l’absence d’informations sur l’organisation métabolique du vivant sur la Terre. Il me paraît important d’apporter des précisions sur les types métaboliques (oxydatif ou réducteur) et sur la distinction entre organisme autotrophe et hétérotrophe. Ce serait même l’occasion de mentionner les extrêmophiles à bon escient, en s’intéressant à leur métabolisme.

Dans le même ordre d’idée, il me semble qu’on ne veille pas assez à ce que les téléspectateurs se rendent compte que lorsqu’on évoque l’origine des premières formes de vie sur la Terre, on évoque là des organismes unicellulaires.

En fait, je ne vois pas du tout de problème à l’idée de préciser que l’oxygène joue un rôle important dans la croissance et le métabolisme des micro-organismes. Mais il est en revanche important de préciser que pour certains micro-organismes, ce rôle est positif, et pour d’autres, il est franchement négatif sur la croissance, voire carrément la survie.

Un peu d'anthropocentrisme aussi bien que peu marqué (on prends les bactéries primitives pour aller jusqu'à l'Homme, sous-entendu comme très complexe).

Ces organismes sont d’ailleurs le fruit, extrêmement élaboré, d’environ 4 milliards d’années d’évolution (et je parle aussi bien des bactéries que de l’Homme). Dans les faits, l’objet d’étude, le concept, qui est dans la tête des chercheurs qui s’intéressent à l’origine des premières formes de vie, c’est pourtant quelque chose de beaucoup plus simple que le plus simple des organismes unicellulaires actuels.

Les bactéries généralement présentées comme primitives sont en faites simplement anciennes (c’est-à-dire qu’elles existent depuis longtemps), mais elles sont très loin d’être primitives (autrement dit, elles sont tout aussi évoluées, adaptées, que les autres bactéries). Ce n’est pas assez, mal, ou pas du tout préciser dans les documentaires qu’on a analysé jusqu’ici.

Mais bon, peut-être s'agit-il de d'abord partir d'un préjugé façon lieu commun pour ensuite démontrer/illustrer la réalité tout autre.

Et bien, si c’était effectivement l’idée des rédacteurs de la narration, je trouve que c’est une mauvaise stratégie. Autant partir du bon pied dès le départ, non ?

On remarque aussi une très nette évolution du vocabulaire -- qui se vérifiera tout au long de cet épisode. En particulier les bactéries modernes car contemporaines étaient à l'époque vue comme plus primitives que les eucaryotes -- façon "fossile vivant", un terme aujourd'hui banni de la biologie pour des raisons aussi variées que le temps d'évolution (qui est in fine le même pour toutes les espèces actuelles) ou encore les données phylogéniques qui ont littéralement secoué, balayé et remodelé considérablement le paysage scientifique durant ces quarante dernières années (et ce n'est pas fini !).

Il nous reste tout de même l’expression fossile moléculaire qui a gardée toute sa superbe. Mais bon, ce n’est pas du tout le même contexte.

Le voyage débute en Australie, Shark Bay, Hamelin Pool. C'est là que furent trouvés les premiers stromatolithes contemporains/vivants. Et là premier gros choc/décâlage avec la cladistique actuelle : à l'époque les cyanobactéries étaient encore classées comme algues.

À en juger par cette publication de 1978 la reclassification des cyanobactéries a pris un certains temps et a dû s’étaler de 1974 à 1985. Maintenant, je ne sais pas ce qu’il en a été en définitive.

Les biofilms bactériens sont présentés comme rien moins que des "algues souples" recouvrant les stromatolithes.

Oui, j’imagine que si les cyanobactéries ont été reclassées dans leur position moderne au 1er janvier 1985 comme indiqué dans la publication ci-dessus, on ne peut pas en vouloir à la NHK de ne pas s’être mise à la page. Dans ce contexte, il me paraît même fort probable que d’éventuels consultants scientifiques aient fait eux-mêmes cette erreur de dénomination (par habitude).

J'ai par contre été surprise que les dégagements gazeux soient si importants qu'ils soient visibles à l'oeil nu sous forme de bulles ! Même les vraies algues et les plantes aquatiques n'en font à ma connaissance pas autant en conditions naturelles. Peut-être est-ce particulier à Hamelin Pool ?

Non, ce n’est pas un cas particulier à Hamelin Pool. J’ai vu les mêmes images pour les stromatolithes de Cuatro Ciénegas au Mexique, dans un documentaire que j’avais mentionné au message #3 dans cette discussion (série documentaire How the Earth was made, saison 2, épisode 3 : "Birth of the Earth"). On voit bien les bulles à 40’28".

De manière tout à fait anecdotique, au moins un documentaire (américain) affirme qu’on ne trouve de stromatolithes vivants qu’à deux endroits dans le monde (probablement l’Australie Occidentale et le Nord du Mexique), ce qui est complètement faux. On a déjà parlé des stromatolithes sous-marins des Bahamas (Dravis, 1983), mais il y a aussi des stromatolithes vivants aux États-Unis (Berelson et al., 2011) et en Antarctique (Andersen et al., 2011). Ce n’est évidemment pas une liste exhaustive.

Aussi, quand dans le documentaire de la NHK (celui de 1987), on dit que les stromatolithes ont 3,5 milliards d’années, il ne s’agit évidemment pas de ceux d’Hamelin Pool, dont les plus anciens encore actifs sédimentent depuis trois à quatre milles ans.

Petite erreur d'appréciation à 12'10'' : ce n'est pas tant "la" chlorophyle qui est "indispensable" que tout simplement un pigment chlorophylien (y'en a des verts, des rouges, des bruns et des noirs).

À propos de pigment, as-tu entendu parler de l’hypothèse (au demeurant tombée en désuétude) dite de la "Terre primitive violette" (Xiong et al., 2000) ?

À 13'43'', on a une animation qui tente d'illustrer le processus de minéralisation en couche des stromatolithes, mais c'est un peu simpliste. En réalité les cyanobactéries continuent leur photosynthèse derrière leur film protecteur qu'elles synthétisent au cours de la phase sombre. Puis lorsque la lumière reçue et les nutriments sont trop "filtrés" par les agrégats à la surface du film, les cyanobactéries vont "migrer" par paquets vers la surface du polyoside et en "recoloniser" la surface, jusqu'à la prochaine "migration". Le processus cependant est très lent et demande une grande patience et des semaines de filmage, ce qui explique peut-être l'hypothèse simpliste présentée dans l'épisode de 1986.

Même si elle est un peu simpliste (je n’ai pas les connaissances pour en juger), je la trouve bien meilleure que les animations "en couche", autrement dit sans l’idée de "files de bactéries", que l’on trouve dans les schématisations des documentaires modernes.

Petites précisions mathématiques Une croissance d'un demi millimètre (par an) de l'épaisseur du stromatolithe c'est 500 µm/an, sachant que les cyanobactéries ont des dimensions de l'ordre du µm. En réalité les couches observées ne correspondent pas tant à des alternance diurnes/nocturnes que saisonnières

Honnêtement, je ne vois pas trop où tu veux en venir. Pourrais-tu être plus explicite ?

On repart ensuite sur les stromatolithes -- fossiles cette fois À l'époque, les plus vieilles traces découvertes d'organismes vivant en biofilm remontaient à 3,5 Ga.

À ma connaissance, les plus vieux stromatolithes fossiles identifiés à l’époque avaient été datés à ~3,43 milliards d’années (Walter et al., 1980). Cela dit, en 1987 leur caractère biogénique était encore contesté par une partie de la communauté scientifique. Manifestement, les réalisateurs et/ou les consultants scientifiques de NHK étaient eux parfaitement convaincus.

À 18'40'', le Pr Malcom Walter rappelle que trouver de la vie aussi complexe et déjà diversifiée à -3,5Ga sous-tend une apparition effective du phénomène vivant antérieur à cette date/prériode. Enfin, les stromatolithe fossiles apporte une preuve significative en faveur d'une photosynthèse excrétrice de dioxygène dès -3,5Ga.

Malcolm Walter est justement le chercheur qui est à l’origine de la découverte citée plus haut. Pas étonnant que lui soit convaincu. Je remarque que les réalisateurs du documentaire n’ont pas hésité une seconde à jouer avec des résultats controversés. Heureusement, ceux-là ont été validés par la suite, mais ce n’est pas toujours le cas. Je trouve que c’est risquer de jouer avec des publications qui sont encore débattues. J’ai déjà vu des documentaires évoquer des résultats invalidés quelques années après le tournage. C’est toujours délicat et lorsque les résultats ont, je dirais, trois ans ou moins, il ne faut JAMAIS oublier le conditionnel et inviter le téléspectateur à la prudence. Je vois qu’ici ce n’est pas le cas.

À 22'15, à nouveau le leitmotiv énervant sur "toute vie a besoin d'oxygène", sous-entendu dioxygène libre atmosphérique comme dissout

De prime abord, cette phrase prise hors contexte ne me gêne pas, puisque l’oxygène un des éléments principaux qui composent les êtres vivants. Mais effectivement, le narrateur ne fait pas beaucoup d’effort pour veiller à ce que le quidam ne pense pas à l’oxygène moléculaire…

La suite est au message suivant

[Geb]

Direction les USA, les geysers et volcans de boue du parc de Yellowstone.

Oui, d’une certaine façon, je trouve les réalisateurs fascinés par les bassins de boue bouillonnante. Ces bassins apparaissent dans trois des documentaires sur l’origine de la vie que j’ai vu jusqu’ici.

Depuis on a découvert des eucaryotes dans les fosses anoxiques de la mer Méditerranée, qui possède en lieu et place de mitochondries des organites métanogènes

Ne s’agit-il pas de hydrogénosomes plutôt que "d’organites méthanogènes" ?

Pour ceux qui voudraient se renseigner à la source : The first metazoa living in permanently anoxic conditions (Danovaro et al., 2010)

Pendant longtemps on a en effet pensé que seul des métabolismes procaryotes éventuellement extrêmophiles étaient capables de survivre en l'absence de dioxygène libre -- je dis éventuellement extrêmophiles parce qu'il existe beaucoup de bactéries mésophiles capables de respirer des minéraux tels que nitrates, sulfates, carbonates, etc.

Le plus grand avocat de l’importance de l’existence de métazoaires anaérobies, et ce avant même leur découverte (Martin & Müller, 1998) pour l’origine même des métazoaires est à ma connaissance le botaniste américain William Martin (Martin, 2011)

Ma critique ? Trop souvent dans d'autres documentaires la synthèse peptidique façon soupe primitive est passée sous silence au profit de la plus sensationnelle synthèse par choc mécanique -- genre les comètes/astéroïdes auraient donné naissance aux protéines...

Je suis d’accord à propos du côté trop "sensationnaliste" de beaucoup de documentaires, même si la polymérisation des acides aminés suite à un impact n’est peut-être pas le meilleur exemple, puisqu’il ne concerne qu’un documentaire à ma connaissance (voir message #37).

C'est pour moi une expérience inédite car trop peu relatées dans les documentaires récents, sinon étouffée au profit d'autres visions dont les morceaux épars ont du mal à coller ensemble quant à reconstituer ce puzzle qu'est l'apparition du vivant.

C’est surtout une constante dans les documentaires. J’imagine que si cette expérience est relatée dans La Planète Miracle, c’est surtout parce qu’elle est l’œuvre de chercheurs japonais. De la même manière, un documentaire produit en France se concentrera en grande partie sur les recherches menées par des Français. Peut-être que pour avoir une vision moins biaisée, il faudrait multiplier les co-productions internationales, à l’image de la collaboration entre NHK et Antenne 2 pour La Planète Miracle (1987) et La Planète Miracle II (1995).

À 30'00'', on a l'hypothèse des coacervats qui avait à l'époque la cote. C'est à ma connaissance la seule hypothèse qui fasse le pont entre la synthèse prébiotique de molécules organiques complexes, et les premières cellules. Trop souvent passée sous silence, peut-être pas assez étudiée ces dernières décennies, éventuellement à mettre en complément d'autres théories telles que les fumeurs blancs et noirs... En tout cas centrale selon moi quant à faire le pas entre par exemple un hypothétique métabolisme en inclusion minérale et la première cellule. Possiblement une des formes proto-vivantes ayant éventuellement coexisté avec d'autres formes, pour ce qu'on en sait en l'état de l'art aujourd'hui.

En ce qui me concerne, c’est vrai que le problème principal d’une grande partie des documentaires, c’est qu’on se concentre sur une infime partie des résultats expérimentaux : ceux qui concernent les sources abiotiques de molécules organiques d’une part, les acides aminés en particulier, et la polymérisation des acides aminés d’autre part.

Or, il y a bien plus de deux types de résultats expérimentaux qu’il pourrait s’avérer intéressants d’aborder. La production de micelles, de liposomes, de microsphères polypeptidiques ou de coacervats est un de ces résultats expérimentaux qui mériteraient d’être abordés. À cela on pourrait ajouter une hypothèse comme celle de Michael Russell, qui voit d’abord de la place pour des micro-cavités en sulfures de fer, suivie d’une phase "amyloïde". Comme je l’ai indiqué dans d’autres discussions, parmi les autres résultats expérimentaux, on pourrait également proposer les expériences qui s’attachent à amplifier les brins d’ARN de manière abiotique, à polymériser les nucléotides, à reproduire une catalyse (même faible) à l’aide par exemple de divers minéraux, ou encore, les expériences qui s’attache à reproduire un semblant de mécanisme chimiosmotique en favorisant la synthèse de composés riches en énergie (comme le pyrophosphate ou l’acétyl-phosphate), à travers un gradient de pH naturel.

Une petite critique ou question sur les dates : dans l'épisode décortiqué, les voix off évoque une période aux alentour de -2Ga, alors que sur la Toile je retrouve pas mal de datations aux alentours de -2,4Ga Serait-ce l'étalement de la Grande Oxydation ou une réévalutation des datations par radio-isotopes ?

Un âge moderne de la Terre est connu depuis 1953, grâce à la datation de fragments de météorites de Clair Patterson (à ~4,5 milliards d’années ; auparavant on penchait plutôt pour ~3,3 milliards d’années), même si la confirmation par d’autres équipes et d’autres techniques a pris environ 2 ans (je pense notamment aux travaux de Russell & Allan, 1955).

En 1952, Harold Urey, dans une publication qui a sans aucun doute inspiré l'expérience de Miller, estime, partir des travaux de A. C. Lane (1917) et de A. MacGregor (1927), que la transition d'une atmosphère réductrice à une atmosphère oxydante s'est produite il y a "exactement 800 millions d'années".

Depuis lors, le timing de l'augmentation de l'oxygène dans l'atmosphère a été vigoureusement débattu dans la littérature. Après une recherche approfondie (qui explique pourquoi j’ai mis un certain temps à répondre), la première mention de la limite autour de -2,35 milliards d’années, a été faite par Cameron (1982), à partir des indices géologiques issus du fractionnement isotopique du soufre. Cela dit, cet indice géologique (autour de 2 milliards d’années cette fois) est connu au moins depuis les travaux de Ault & Kulp publiés en 1959. Il a juste fallu un certain temps pour bien interpréter ces données. À noter que le fractionnement isotopique du soufre n’est pas le seul indice géologique (il en existe au moins 10 autres ; voir l’excellente review de Yamaguchi, 2003, à ce sujet).

Critique sur la "saturation des océans" puis dégazement atmosphérique... Pysiquement le gaz devait être à l'équilibre, sinon il ne reste pas dissout. Donc les océans ont saturé en même temps que l'atmosphère si je puis dire.

Je dois dire que les processus physique qui influent sur ce processus m’échappent. Je vais essayer de m’y intéresser un peu. Intuitivement, je dirais que le fait qu’il faut plus d’oxygène moléculaire qu’il n’y en a dans l’atmosphère pour saturer l’hydrosphère m’incite à penser que le phénomène du dégazage pourrait être plus compliqué dans sa dynamique au fil du temps et par la même, au fil des modifications des conditions rédox de la Terre.

Néanmoins on revient sur une note de conclusion assez sympathique et plus généraliste : la Terre est telle qu'on la connaît aujourd'hui grâce / à cause des modifications apportées par tous les être vivants qui l'ont peuplé et qui la peuple encore aujourd'hui. Ce qui rappelle / sous-entend que l'humain n'est qu'un de ces êtres et qu'il serait illusoire de croire à une "Terre Éden" "préservée" juste parce qu'on retirerait l'humain du paysage : avec ou sans nous, la Terre a bien changé depuis ses origines et continuera de changer.

C’est moins sympathique que ça en à l’air à mes yeux, puisqu’il me semble que dans ce cas-là le reportage subit la mauvaise influence de l’hypothèse Gaïa de Lovelock et Lodge (1972), très en vogue à l’époque. Justement, Lynn Margulis et son fils Dorion Sagan avaient publié un bouquin en 1986 où le sujet est abordé. Donc, j’imagine que c’était d’autant plus dans l’air du temps.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

J'ai retrouvé un lien vers la version anglaise (la version d'origine étant américaine) du documentaire "How Life Began" (mentionné au message #8), diffusé pour la première fois sur History Channel en 2008 :

How life began

Il y a un sous-titrage en suédois, mais ce n'est pas extrêmement dérangeant.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

J'ai pris le temps de regarder le cinquième épisode de la série documentaire Through the Wormhole (le titre de la version en français étant "Voyage dans l'espace-temps"), diffusée pour la première fois en 2010 sur Science Channel :

D'où venons-nous ?

Voici une liste quasi-exhaustive des travaux évoqués dans ce documentaire :

1) Evidence for life on Earth before 3,800 million years ago (Mojzsis et al., 1996)

2) Microbial habitability of the Hadean Earth during the late heavy bombardment (Abramov & Mojzsis, 2009)

3) A production of amino acids under possible primitive earth conditions (Miller, 1953)

4) Experimental shock chemistry of aqueous amino acid solutions and the cometary delivery of prebiotic compounds (Blank et al., 2001)

5) Formation of protocell-like vesicles in a thermal diffusion column (Budin et al., 2009)

6) Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions (Powner et al., 2009)

7) Paleointensity of the ancient Martian magnetic field (Weiss et al., 2008)

8) Finding a second sample of life on Earth (Davies & Lineweaver, 2005)

9) Did nature also choose arsenic? (Wolfe-Simon et al., 2008)

Lorsque Stephen Mojzsis dit (à 6'06") :

On a longtemps pensé qu'il ne pouvait rester aucune trace des 500 premiers millions d'années de la Terre.

Entendre ce genre de discours sans aucune autre précision me laisse d'ordinaire sceptique, parce que les premières questions qui me viennent à l'esprit sont : qui a dit ça ? Quand ? Dans quelle(s) revue(s) ?

En passant, l'hypothèse de Sutherland (Powner et al., 2009) m’avait déjà été présentée (ou en tout cas évoquée) par Paminode il y a un peu plus de 4 ans déjà. Voir cette discussion :

http://forums.futura-sciences.com/pl...ml#post2875210

D’ailleurs, en relisant la discussion en question (c’est celle qui a vraiment lancé un regain d’intérêt de ma part pour la question des origines de la vie), je me rends compte à quel point mes connaissances étaient lacunaires, et à quel point j’étais naïf à l’époque. Mais c'est tout à fait anecdotique.

À noter que la supposition de Wolfe-Simon, Davies et Anbar (Wolfe-Simon et al., 2008), s’est transformée en annonce en grande pompe le 2 décembre 2010, sur NASA Television :

http://www.futura-sciences.com/magaz...iologie-26431/

Suite à cet article :

A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus (Wolfe-Simon et al., 2011)

Cela dit, la découverte de Wolfe-Simon et s’est collègue a été contestée par des dizaines de chercheurs depuis. Au passage, certains chercheurs, comme Antoine Danchin, ne se sont pas privés de critiquer le tapage médiatique de la NASA, ainsi que le laxisme des éditeurs de la revue Science.

Donc, on retrouve ici aussi le risque inhérent au fait de faire un documentaire sur des publications récentes (je dirais moins de 3 ans), dont les résultats n'ont pas encore été reproduits ni même critiqués.

J'imagine que noir_ecaille regrettera aussi la mention de la synthèse de dipeptides à l'impact entre une comète et la Terre (Blank et al., 2001).

Donc, aux États-Unis, préparer un documentaire se résume à lire une dizaine de publications. Des publications qui en plus ne vont pas plus loin que la synthèse des briques, sans expliquer aucun mécanisme d’évolution possible entre les briques et les cellules modernes, à part le "hasard". Je regrette aussi, encore une fois, la perte de temps sur la possibilité d'une vie extraterrestre... même si c'est relativement courant apparemment.

Cordialement.

[Geb]

Bonsoir,

Je viens de trouver sur YouTube un épisode intitulé « D’où sommes-nous venus ? » (“Where did we come from?”) d’une série documentaire américaine diffusée sur PBS :

The Origin of Life on Earth (Full documentary)

Il dure tout de même 48 minutes (de 2′30″ à 50′30″). Cela dit, en un peu moins de 11 minutes (de 15′31″ à 26′19″) censées traiter de l’origine de la vie, il n’évoque qu’un seul et unique résultat scientifique :

Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions (Powner et al., 2009)

Je trouve qu’il y a de quoi être déçu.

Cordialement.

[Geb]

Bonsoir,

Je viens de trouver un épisode de la série documentaire américaine "How the Universe Works" qui a pour thème l'origine de la vie. Il s'agit du cinquième épisode de la quatrième saison, intitulé "Dawn of Life". Il a été diffusé pour la première fois le 11 août 2015 sur la chaîne Discovery Channel et dure 43 minutes. Encore une fois, je l'ai trouvé trop ambitieux dans son contenu pour une durée aussi courte.

Néanmoins, il y a 2 personnes assez intéressantes de mon point de vue qui ont participé à ce documentaire. Il y a tout d'abord Lewis Dartnell, qui a travaillé avec Nick Lane sur la reproduction en laboratoire d'un évent hydrothermal alcalin et qui faisait même parfois la "deuxième partie" de ses conférences. Il s'agit donc d'un des proches collaborateurs de Nick Lane. Ensuite, il y a Laurie Barge, qui est une des cinquante chercheurs impliqués de près ou de loin dans le groupe de recherche de Michael Russell, et qui a co-écrit de nombreuses publications avec lui et maintenant (Mike Russell doit avoir 70 ans environ désormais) sans lui.

Étant donné le casting de l'épisode, on ne s'étonnera donc pas de trouver 3 minutes consacrés à l'hypothèse des évents hydrothermaux alcalins (de 18'20 à 21'35 dans la vidéo) quant à l'origine de la vie sur la Terre, qui est même présentée très favorablement ("Alkaline vents are the leading theory for the origin of life", peut-on entendre dans le documentaire), malheureusement avec une erreur grossière où l'on voit une cellule sortir de l'évent directement dans l'océan.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

Je me permets de reprendre cette discussion pour mentionner l'existence d'un nouveau documentaire sur les origines de la vie. Il est disponible sur le site d'Arté depuis le 24 septembre 2023 et fait partie de la série documentaire "42, la réponse à presque tout" :

Quelle est l'origine de la vie ?

Pour ceux qui ont la télé à domicile, la date de première diffusion est prévue pour ce dimanche 15 octobre à 7h35 du matin. Le documentaire est déjà disponible sur le site internet d'Arté, mais aussi sur YouTube, depuis le 6 octobre 2023.

Parmi les personnes interviewés, le biophysicien allemand Dieter Braun (né en 1970) et le biochimiste Nick Lane (né en 1967), dont j'avais déjà évoqué les travaux remarquables par ailleurs sur le forum. Donc, on va probablement évoquer l'hypothèse des fumeurs blancs dans ce documentaire.

La principale difficulté selon moi, c'est que ça ne dure qu'une demi-heure : il me paraît extrêmement compliqué de présenter un sujet aussi complexe que les origines de la vie dans un délai aussi court, mais je suis curieux de voir comment ils se sont débrouillés.

Cordialement.

[Liet Kynes]

Merci, c'est vrai qu'une 1/2 heure c'est peu mais c'est toujours l'occasion d'apprendre quelque chose.

Il y a le hors série de Pour la science d'août aussi.

Et on attends les résultats de la sonde Osiris-Rex https://science.nasa.gov/mission/osiris-rex/

[Geb]

Bonjour,

Il y a le hors série de Pour la science d'août aussi.

Bonne remarque. J'ai adoré l'article d'Amber Dance (disponible ici en anglais) en ce qu'il fait la part belle à des travaux absolument fascinants mais qui sont malheureusement très rarement cités dans des articles de vulgarisation, comme les travaux de Paul Schimmel, Koji Tamura, Robert Root-Bernstein, Ilana Agmon.

Cela dit, en ce qui concerne les autres articles disponibles dans ce hors-série, j'ai été relativement déçu en les survolant (du coup je ne l'ai pas acheté).

Et on attends les résultats de la sonde Osiris-Rex https://science.nasa.gov/mission/osiris-rex/

Je considère que l'idée qu'une telle mission spatiale (et beaucoup d'autres) nous aiderait à mieux comprendre les origines de la vie sur la Terre n'est rien de plus qu'un mensonge par omission.

Comme les investissements promis dans le "programme et équipement prioritaire de recherche" (PEPR) Origins qu'on nous annonçait au moins depuis le mois de juillet 2022, sans être vraiment clair sur les objectifs à l'époque, avec un investissement prévu de 45,5 millions d'euros sur 7 ans.

Maintenant que le site internet a été lancé, l'objectif qui soit-disant concerne plus spécifiquement le fameux volet "émergence de la vie" (avec l'annonce du développement de "nouveaux outils de microfluidique" visant à augmenter d'un "facteur 1 000 la capacité des techniques existantes") est finalement, non pas de comprendre les origines de la vie sur notre planète, mais de comprendre la formation de certaines molécules organiques dans le milieu interplanétaire, à l'époque de la nébuleuse proto-solaire.

Pour reprendre les termes utilisés sur le site web en question, il s'agit de comprendre comment la "complexité moléculaire [a] pu être générée et évolu[er] en partant de composés simples et abondants comme H₂O, CH₃OH, CO, NH₃, H₂CO à la surface des grains glacés du nuage moléculaire dense originel".

Mieux comprendre les conditions physico-chimiques au sein de la nébuleuse proto-solaire cela me paraît tout à fait intéressant en soi, mais malheureusement ce n'est pas ce que les services de comm' des agences spatiales choisissent de nous raconter.

Cordialement.

[Liet Kynes]

Le truc central et intéressant pour moi c'est quand même la chiralité des acides aminés du vivant, objet d'une discussion passionnante que l'on avait eu (mouvement brownien).

https://www.inc.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...ait-de-lespace
https://www.futura-sciences.com/scie...etrique-27127/

Si dans les échantillons on trouve des acides aminés lévogyres, cela peut être une bonne source de réflexion ?

[Deedee81]

Salut,

Si dans les échantillons on trouve des acides aminés lévogyres, cela peut être une bonne source de réflexion ?

Tu veux dire QUE lévogyres (ou majoritaires) je suppose ?

Une preuve non, mais en effet, une source de réflexion (on a aussi appris à se méfier depuis les résultats des sondes Viking ). Et tu peux parier que ça ferait la une des médias.

[MissJenny]

Pour reprendre les termes utilisés sur le site web en question, il s'agit de comprendre comment la "complexité moléculaire [a] pu être générée et évolu[er] en partant de composés simples et abondants comme H₂O, CH₃OH, CO, NH₃, H₂CO à la surface des grains glacés du nuage moléculaire dense originel".

il y a un article récent de l'équipe de Lee Cronin et Sara Walker sur ce thème (plus exactement sur une mesure de la complexité d'une molécule qui permettrait de distinguer les molécules d'origine biologique des autres). Je crois que leur papier a été beaucoup critiqué mais c'est une idée intéressante.

[Geb]

Bonjour,

Le truc central et intéressant pour moi c'est quand même la chiralité des acides aminés du vivant, objet d'une discussion passionnante que l'on avait eu (mouvement brownien).

Comme absolument tous les problèmes principaux (une trentaine environ de mon point de vue) qui composent la mosaïque de questions à répondre pour comprendre dans le détail les origines de la vie sur notre planète, celui dit de l'origine de l'homochiralité des biomolécules doit impérativement être décomposé en plusieurs étapes (avec la difficulté que ces étapes sont en réalité plus ou moins imbriquées chronologiquement). Parmi ces étapes, il y a au moins :

1) l'excès énantiomérique initial,
2) l'amplification de cet excès,
3) la question de la propagation éventuelle de cet excès dans une classe de biomolécules à d'autres biomolécules et enfin,
4) la question de l'évolution de mécanismes de maintien de cette homochiralité de multiples biomolécules dans les proto-organismes en formation.

Un rayonnement ultraviolet circulairement polarisé serait effectivement de nature à détruire préférentiellement les acides aminés dits L (dans la projection de Fischer). En supposant qu'un apport exogène de matière organique soumis à un tel rayonnement préalable a effectivement été nécessaire aux origines de la vie, alors on peut expliquer la première étape (c'est-à-dire comment aurait pu apparaître ce que j'ai appelé "l'excès énantiomérique initial").

Or, la question des mécanismes à l'oeuvre dans l'apparition de l'excès énantiomérique initial est justement considérée par beaucoup de chercheurs comme relativement facile, presque triviale, aujourd'hui. Il y a de nombreux mécanismes susceptibles de fonctionner. La lumière circulairement polarisée étant juste, avec la cristallisation, l'une des premières façons imaginées pour provoquer ce petit excès initial.

Les travaux Paul Schimmel, Koji Tamura, Robert Root-Bernstein ou Ilana Agmon, s'attaquent justement à ces étapes ultérieures, beaucoup moins triviales et davantage reliées au coeur de l'énigme de l'homochiralité des biomolécules.

Là encore, je trouverais plus intéressant (et plus honnête), d'appeler un chat un chat. Les analyses d'Osiris-Rex peuvent éventuellement confirmer la présence d'un excès éniantomérique initial dans certaines classes de biomolécules (confirmation qu'on observe de manière absolument certaines depuis déjà plusieurs décennies).

Or, les recherches sur les "autres étapes" sont, elles, plus directement liée à la question des origines de l'homochiralité.

Pour reprendre les termes utilisés sur le site web en question, il s'agit de comprendre comment la "complexité moléculaire [a] pu être générée et évolu[er] en partant de composés simples et abondants comme H₂O, CH₃OH, CO, NH₃, H₂CO à la surface des grains glacés du nuage moléculaire dense originel".

il y a un article récent de l'équipe de Lee Cronin et Sara Walker sur ce thème (plus exactement sur une mesure de la complexité d'une molécule qui permettrait de distinguer les molécules d'origine biologique des autres). Je crois que leur papier a été beaucoup critiqué mais c'est une idée intéressante.

J'insistais sur ce passage parce qu'il m'aide à prouver l'idée que les initiatives françaises ne visent pas à comprendre les origines de la vie sur la Terre, mais elles visent plutôt (ou surtout) à comprendre la composition de la matière carbonée contenue dans certains astéroïdes et dans les comètes actuelles. Ce n'est qu'en faisant l'hypothèse qu'un apport exogène de matière organique est absolument indispensable à l'émergence de la vie terrestre (ce qui me semble une opinion largement critiquée aujourd'hui) qu'on pourrait prétendre étudier les origines de la vie en faisant ce genre d'expériences de labos ou de missions spatiales.

Quant à la "théorie des assemblages", merci pour l'info, je ne la connaissais pas. Cependant, pour être tout à fait honnête, je ne sais pas quoi en penser. Leroy Cronin travaille dessus au moins depuis 2006 (Cronin et al., 2006). Cela me semble davantage lié à la recherche de biosignatures ainsi qu'à la définition de la vie ailleurs (c'est-à-dire, non seulement la nôtre, mais aussi et surtout une vie différente de la nôtre).

Le magazine Pour la Science l'a mentionné à demi-mot dans un article publié en mars 2023. En outre, sur les 130 publications qui d'après Google scholar citent ce travail, beaucoup ne font justement que le citer et il y a finalement très peu de critiques. Moi, lorsque je vois ça, je me dis que ce qui ressort davantage, c'est un désintérêt relatif du reste de la communauté scientifique pour ce travail.

Cela dit, Leroy Cronin s'est mis a publier là-dessus de manière un peu plus soutenue (une dizaine d'articles ces 4 dernières années, notamment depuis qu'il collabore avec Sara Walker) et c'est justement sur cette période que l'on commence à trouver certaines critiques assez acerbes. Un petit exemple avec un simple article sur arXiv :

- On the Salient Limitations of the Methods of Assembly Theory and their Classification of Molecular Biosignatures (Uthamacumaran et al., 2023)

Morceaux choisis :

[...] Previous work claimed that the computable nature and tree-like structure of Assembly Theory was an advantage with respect to classifying the complexity of biosignatures. This is, however, one of its main weaknesses with respect to both grasping the complexity of the object and distinguishing it from a stochastically random ensemble. We demonstrated that the assembly pathway method is a suboptimal restricted version of long-used compression algorithms and that the “assembly index” performs similar to, if not worse, than other popular statistical compression algorithms.

[...]

The group behind “Assembly Theory” are ignoring and neglecting decades of work in previous literature and resources such as work on resource-bounded complexity, self-assembly, modularity and self organization which is beyond the scope of this work. However, the challenges “Assembly Theory” is facing are what half a century of negative results in complexity theory have faced and (partially) solved by dealing with (semi) uncomputable measures after finding that computable measures, which fall into the trivial statistical ones, are of limited use, are ill-defined and can not only be highly misleading but a regression in the field. [...]

En gros, Uthamacumaran et collaborateurs lui reproche d'avoir inventé le fil à couper le beurre... Tout ça pour dire que ça ne m'a pas donné envie de m'y intéresser davantage, outre le fait qu'on semble loin de la question des origines de la vie.

Cordialement.

[MissJenny]

(...)on semble loin de la question des origines de la vie.

ça s'y rattache quand-même puisque Cronin et al s'intéressent aux chemins les plus probables (les moins coûteux?) qui mènent des composés simples aux molécules complexes du vivant. Et aussi par la question de l'identification de la vie ailleurs, puisque comme tu le sais certains pensent que la vie terrestre vient d'ailleurs.

[Geb]

ça s'y rattache quand-même puisque Cronin et al s'intéressent aux chemins les plus probables (les moins coûteux?) qui mènent des composés simples aux molécules complexes du vivant. Et aussi par la question de l'identification de la vie ailleurs, puisque comme tu le sais certains pensent que la vie terrestre vient d'ailleurs.

Justement, pour moi c'est une nuance de taille entre deux questions très différentes : l'émergence de la vie terrestre d'une part et la probabilité de l'émergence de formes de vie ailleurs d'autre part.

D'autres chercheurs, comme le regretté Harold Morowitz et son collègue Eric Smith, se sont intéressés à ces aspects de "voies de moindre résistance" (paths of least resistance). Cependant, comme ils s'intéressaient exclusivement à l'émergence de la vie terrestre, ils partaient du principe qu'une congruence entre les métabolites issus du métabolisme minimal chez les procaryotes autotrophes et cette analyse par "voies de moindre résistance chimique", serait la marque du succès dans leur démarche (voir Morowitz & Smith, 2007 ; voir aussi cette magnifique conférence d'Eric Smith de 2007).

En revanche, la démarche de Leroy Cronin est beaucoup plus large (je dirais même plus floue), puisqu'elle ne souhaite pas seulement se limiter aux biochimies terrestres. Donc, là où Morowitz & Smith souhaitaient étudier les origines de la vie terrestre, Leroy Cronin fait de l'astro/exo-biologie en ce qu'il s'intéresse aux probabilités d'apparition de biochimies exotiques potentiellement fonctionnelles.

De la même manière, c'est une tautologie, mais comme tu l'as dit toi-même, ceux qui pensent que la vie terrestre est apparue ailleurs partent du principe que l'apparition de la vie n'est même pas explicable avec l'environnement de la Terre primitive pour seule base.

En outre, les panspermistes de ce type s'intéressent rarement à expliquer dans le détail les mécanismes physico-chimiques à l’œuvre. On se contente généralement d'expliquer le transfert de spores d'une planètes à l'autre (et donc on ne s'intéresse pas vraiment à résoudre la question : « Comment la vie est-elle apparue ? »).

Bref, personnellement je passe mon chemin.

Cordialement.

[JPL]

La panspermie m’a toujours paru être le moyen pour déplacer, voire rejeter le problème vers un ailleurs dont on ne peut rien dire. C’est pourquoi cette hypothèse (parce que ce n’est pas une théorie) m’a toujours hérissé le poil.

[Liet Kynes]

La panspermie m’a toujours paru être le moyen pour déplacer, voire rejeter le problème vers un ailleurs dont on ne peut rien dire. C’est pourquoi cette hypothèse (parce que ce n’est pas une théorie) m’a toujours hérissé le poil.

On a déjà discuté de la panspermie avec rapidement l'idée qu'il est assez peu crédible d'avoir un transfert de la vie d'une planète vers une autre.. (sauf si l'être humain met les pieds sur Mars: on aurra une panspermie ponctuelle )

Le truc est bien dans la création de la machine, le "protoribosome", mais a t-il émergé par l'apport de molécules que seules les conditions physiques non terrestres peuvent dispenser ? Et est-ce que c'est une combinaison de molécules issues de ce que la terre permettait (à l'époque de son émergence) avec ce que le milieu non terrestre permettait ?
Une sorte d'effet catalyseur ?

[Geb]

On a déjà discuté de la panspermie avec rapidement l'idée qu'il est assez peu crédible d'avoir un transfert de la vie d'une planète vers une autre.. (sauf si l'être humain met les pieds sur Mars: on aurra une panspermie ponctuelle )

C'est juste qu'en science, il est généralement bon de faire l'économie d'hypothèses dont on n'a pas besoin pour expliquer ce que l'on ambitionne d'expliquer. Or, là encore, si ton but est d'expliquer comment, c'est-à-dire par quels mécanismes physico-chimiques, la vie aurait pu apparaître sur la Terre, ce serait un peu inutile de partir du principe qu'elle est d'abord apparue sur une autre planète.

Le truc est bien dans la création de la machine, le "protoribosome", mais a t-il émergé par l'apport de molécules que seules les conditions physiques non terrestres peuvent dispenser ? Et est-ce que c'est une combinaison de molécules issues de ce que la terre permettait (à l'époque de son émergence) avec ce que le milieu non terrestre permettait ?
Une sorte d'effet catalyseur ?

Je serais curieux de savoir pourquoi tu a cité le protoribosome.

Quant aux molécules, comme le dirait le géologue Mike Russell, il est plus facile de construire une "maison" (c'est-à-dire un organisme vivant) à partir de tout nouveaux matériaux (par exemple, à partir de H₂O, H₂, CO₂, CH₄, etc.) que de construire une "maison" à partir des débris d'une maison qui vient de s'effondrer (c'est-à-dire un fatras de molécules organiques de toute nature). Il suffit de rappeler que certaines études issues de l'analyse des données de la mission Rosetta/Philae comparent la composition de surface de la comète 67P à un « mélange complexe d'hydrocarbures » qui ressemble surtout à « du bitume à l'état solide ».

Par conséquent, d'un côté on a des études sur les synthèses organiques dans les conditions hydrothermales, qui sont incroyablement spécifiques et relativement proches de la biochimie moderne, de l'autre on a une chimie cométaire qui est un foutoir complet avec, au bas mots, des centaines de milliers de molécules qu'il est même difficile de faire réagir (au sens chimique du terme) même en solution. Certes, on trouve des acides aminés dans les météorites (ou dans les expériences de type Miller), mais c'est finalement anecdotique par rapport à la quantité immense d'autres composés (j'ai trouvé une publication d'Alan Schwartz à ce sujet à la fois intéressante et drôle).

Il suffit de lire cette publication de William Martin (2020) (voir aussi cette magnifique conférence du même auteur) pour se rendre compte à quel point la chimie des évents hydrothermaux pourraient être similaire à certains des métabolismes actuels, et d'une manière spécifique (c'est-à-dire sans une forêt de composés très différents).

Cordialement.

[Liet Kynes]

Je serais curieux de savoir pourquoi tu a cité le protoribosome.

Quant aux molécules, comme le dirait le géologue Mike Russell, il est plus facile de construire une "maison" (c'est-à-dire un organisme vivant) à partir de tout nouveaux matériaux (par exemple, à partir de H₂O, H₂, CO₂, CH₄, etc.) que de construire une "maison" à partir des débris d'une maison qui vient de s'effondrer (c'est-à-dire un fatras de molécules organiques de toute nature). Il suffit de rappeler que certaines études issues de l'analyse des données de la mission Rosetta/Philae comparent la composition de surface de la comète 67P à un « mélange complexe d'hydrocarbures » qui ressemble surtout à « du bitume à l'état solide ».

Par conséquent, d'un côté on a des études sur les synthèses organiques dans les conditions hydrothermales, qui sont incroyablement spécifiques et relativement proches de la biochimie moderne, de l'autre on a une chimie cométaire qui est un foutoir complet avec, au bas mots, des centaines de milliers de molécules qu'il est même difficile de faire réagir (au sens chimique du terme) même en solution. Certes, on trouve des acides aminés dans les météorites (ou dans les expériences de type Miller), mais c'est finalement anecdotique par rapport à la quantité immense d'autres composés (j'ai trouvé une publication d'Alan Schwartz à ce sujet à la fois intéressante et drôle).

Il suffit de lire cette publication de William Martin (2020) (voir aussi cette magnifique conférence du même auteur) pour se rendre compte à quel point la chimie des évents hydrothermaux pourraient être similaire à certains des métabolismes actuels, et d'une manière spécifique (c'est-à-dire sans une forêt de composés très différents).

Cordialement.

Je parle du protoribosome selon l'idée qu'il a pu évoluer grâce à l'apport de molécules dont la synthèse ne serait pas possible sur terre (rayonnements), après je suis d'accord avec toi les budgets recherche devrait privilégier les axes les plus probants (rasoir d'Ockham ) cela dit je ne crois pas savoir que les échantillons prélevés sur des astéroïdes ou autres objets célestes ne le soit spécifiquement pour étudier l'origine de la vie et donc tant qu'à les avoir sous la main pourquoi ne pas investir un peu pour chercher au-delà du champs raisonnable de recherche ?

[Geb]

Bonjour,

Je parle du protoribosome selon l'idée qu'il a pu évoluer grâce à l'apport de molécules dont la synthèse ne serait pas possible sur terre (rayonnements), après je suis d'accord avec toi les budgets recherche devrait privilégier les axes les plus probants (rasoir d'Ockham ) cela dit je ne crois pas savoir que les échantillons prélevés sur des astéroïdes ou autres objets célestes ne le soit spécifiquement pour étudier l'origine de la vie et donc tant qu'à les avoir sous la main pourquoi ne pas investir un peu pour chercher au-delà du champs raisonnable de recherche ?

Je ne connais aucune publication sur l'idée de proto-ribosome (et il y en a beaucoup) qui insiste sur la nécessité d'un apport exogène de matière organique. En général, ceux qui insistent sur la nécessité d'un tel apport, ce sont ceux dont c'est le métier d'étudier les astéroïdes ou les comètes.

Pour revenir au sujet de ce fil, j'ai pris le temps de regarder ce documentaire que j'avais mentionné il y a peu, diffusé le dimanche 15 octobre. J'ai quelques observations à formuler sur son contenu.

Il y a 4 chercheurs qui sont interviewés dans ce documentaire :

- le géologue canadien Dominic Papineau,
- le biochimiste britannique Nick Lane,
- le biophysicien allemand Dieter Braun,
- la biochimiste allemande Petra Schwille.

Dominic Papineau ouvre le bal en insistant sur l'âge d'un nodule de carbone soit-disant d'origine biologique qui aurait 4,28 milliards d'années (il commence par dire 3,75 milliards d'années au moins, mais le documentaire insiste sur cet âge de 4,28 milliards d'années). Lorsque j'ai vu et entendu ça, je me suis dit que ça commençait mal, puisque, comme chacun sait, cet âge supposé de 4,28 milliards d'années a été largement remis en cause aujourd'hui.

Une autre erreur que j'ai trouvé vraiment triste, c'est cette idée que Louis Pasteur aurait été un partisan de la panspermie cosmique. C'est dommage, parce que les contemporains de Pasteur, comme son collègue Émile Duclaux et son petit-fils et biographe Pasteur Vallery-Radot ont insisté, peu de temps après sa mort, sur l'idée que Pasteur n'a jamais écrit sur le sujet, mais aussi qu'ils ne l'ont jamais entendu parler de cette hypothèse. En outre, il pourrait s'agir d'une confusion. Lorsque Louis Pasteur écrit sur la panspermie, il parle de l'idée que les germes existent partout dans l'air. C'est l'hypothèse que le biologiste Paul Becquerel appellera plus tard la "panspermie atmosphérique", pour la distinguer de l'hypothèse de ce qu'il appellera la "panspermie interastrale". Quoi qu'il en soit, ça me semble une erreur grossière de la part des auteurs de ce documentaire.

Une dernière information que j'ai trouvé bizarre, c'est cette idée qu'après le refroidissement de la Terre qui a succédé à l'impact géant qui aurait formé la Lune, il a plu des cordes pendant "300 millions d'années". À ma connaissance, ce fut plus rapide que cela (plutôt autour de 10000 ans).

J'apprécie que, de par la présence de Nick Lane, ce documentaire insiste sur l'hypothèse des fumeurs blancs, mais je trouve que, de toutes les personnes interrogées, la présence de Dieter Braun est vraiment une occasion manquée. Ses travaux furent absolument fondamentaux pour comprendre la concentration de brins d'acides nucléiques dans des micro-compartiments et le documentaire n'explique en rien les travaux en question.

En outre, on a l'air de présenter Dieter Braun comme partisan du monde à ARN, comme si cette idée était en opposition à la classe d'hypothèse dite "métabolisme d'abord". Or, j'ai un peu le sentiment que cette impression qui ressort du documentaire résulte de propos tronqués de la part de Dieter Braun (dont on aurait coupé le discours), pour donner une fausse idée d'opposition.

De la même manière, les travaux de Petra Schwille (que je ne connaissais pas), qu'on pourrait davantage rapprocher de la biologie synthétique, ne me paraissent pas suffisamment exploités.

J'ai vraiment le sentiment qu'on a voulu faire au plus simple, comme si on avait voulu se limiter à présenter les choses comme on les présenterait à des enfants.

Cordialement.

[Tawahi-Kiwi]

Lorsque j'ai vu et entendu ça, je me suis dit que ça commençait mal, puisque, comme chacun sait, cet âge supposé de 4,28 milliards d'années a été largement remis en cause aujourd'hui.

Pour les géochimistes isotopiques, l'age mesuré n'a jamais été remis en cause, c'est son interpretation le probleme, et cela depuis les premieres publications de 2008.
Cela peut etre un age crustal (pas impossible mais toujours pas prouvé, meme 15 ans plus tard), mais peut surtout etre un age mantellique.

A titre de comparaison, j'ai trouvé des ages de 2.6 milliards d'années en Nouvelle Calédonie hors de roches qui n'ont que 55 millions d'années. Cela veut juste dire que la roche initiale (dans le manteau) a cessé de se melanger avec le reste du manteau il y a 2,6 milliards d'années.

Meme chose ici pour Nuvvuagittuq. Un minimum de 3,75 Ga est confirmé, tout le reste est hypothétique et ne peut en effet pas etre utilisé pour élaborer d'autres hypotheses (autre que des interpretations sur l'etat du manteau superieur).

Une dernière information que j'ai trouvé bizarre, c'est cette idée qu'après le refroidissement de la Terre qui a succédé à l'impact géant qui aurait formé la Lune, il a plu des cordes pendant "300 millions d'années". À ma connaissance, ce fut plus rapide que cela (plutôt autour de 10000 ans).

Tout cela est basé sur des modeles de la tres jeune Terre ou l'existence et la durée de l'ocean magmatique, l'état de l'atmosphere secondaire et sa précipitation sous forme liquide est sujet a pas mal d'approximations. Néanmoins, 4 ordres de grandeurs est assez important comme divergence (et 300 millions d'années me semble tres long).

T-K

[Geb]

Bonjour,

Pour les géochimistes isotopiques, l'age mesuré n'a jamais été remis en cause, c'est son interpretation le probleme, et cela depuis les premieres publications de 2008.
Cela peut etre un age crustal (pas impossible mais toujours pas prouvé, meme 15 ans plus tard), mais peut surtout etre un age mantellique.

Je me suis mal exprimé. C'était important de corriger ce que j'avais écrit et je te remercie de l'avoir fait. Ce qui m'a particulièrement gêné dans ce documentaire, c'est qu'on insinue que les premières traces de vie terrestre remontent à 4,28 milliards d'années. Or, si l'âge de 4,28 milliards d'années est un âge mantellique et que les fameux nodules de carbone datent plutôt de 3,75 milliards d'années, alors, il y a d'autres traces de ce type qui ont un âge similaire et cette découverte n'est pas aussi révolutionnaire qu'elle est habituellement présentée.

Tout cela est basé sur des modeles de la tres jeune Terre ou l'existence et la durée de l'ocean magmatique, l'état de l'atmosphere secondaire et sa précipitation sous forme liquide est sujet a pas mal d'approximations. Néanmoins, 4 ordres de grandeurs est assez important comme divergence (et 300 millions d'années me semble tres long).

J'ai essayé de retrouver une source qui calcule la durée de condensation de l'océan primitif après la formation de la Lune et bizarrement, je n'en ai trouvé qu'une, de Daniele Pinti :

- The Origin and Evolution of the Oceans (Pinti, 2005)

The oceans formed by a sort of “universal deluge” due to the condensation of the atmospheric water vapor (Fig. 3.4.3). Abe (1993) suggested that the terrestrial oceans were produced in less than 1000 years, due to heavy rains. The raining rates were 7000 mm/year, which corresponds to 10 times the present-day raining rates at the tropical latitudes. Assuming an atmospheric pressure at the surface of several hundred bars, water starts to condense and precipitates at 600 K.

Si je ne m'abuse, en faisant l'hypothèse que l'océan global avait le même volume qu'aujourd'hui, 7 mètres de précipitation par an, ça fait une condensation en près de 400 ans.

Cordialement.