Bonjour à tous,
Je me demande quels sont les test statistiques a utilisé aprés analyse western blot et qPCR;
A chaque fois n=3
Pour les western blot, j'ai quantifié l'intensité de mes bandes, pour les qPCR j'ai mes nombres de cycles.
a chaque fois je regarde l'expression des prot/mRNA dans conditions control et traité avec différents inhibiteurs.
Merci d'avance.
Bonjour,
dans le labo où je travaille, on utilise le logiciel graphpad prism (payant) qui est super pour faire plein de types de graphs et des analyses statistiques assez facilement. On fait couramment des test anova (analyse of variance) pour comparer 3 groupes ou plus et des t-test (peut être Student, à confirmer) pour comparer 2 groupes.
Je suis pas une référence en statistiques mais il me semble que le t-test n'est pas du tout adapté à des petits échantillons. Le plus simple pour comparer deux groupes de petit effectif est le test de Mann-Whitney.
Ok pour prism qui est vraiment ce qu'il y a de mieux pour analyser et représenter les Data facilement (en WYSIWYG) (mais payant en effet)
Je ne suis pas le statisticien de l'équipe mais on utilise le t-test pour comparer 2 groupes de 3 manips indépendante en triplicat le plus souvent et ça n'empêche pas de publier... Après il y a peut être mieux mais je n'en sais rien.
Bonjour à vous,
Petite note: c'est mathématiquement identique de faire un test anova "one-way" (2 échantillons) et un test de student sur 2 échantillons. Les P-values seront identiques, même si elles sont calculées différemment.On fait couramment des test anova (analyse of variance) pour comparer 3 groupes ou plus et des t-test (peut être Student, à confirmer) pour comparer 2 groupes.
Nous parlons là d'un test non paramétrique et d'une puissance inférieure au t-test (Student, paramétrique) si vos données sont des valeurs numériques. Pour donner mon point de vue, le test de Student (t-test) est censé s'appliquer à des échantillons qui suivent une distribution normale. La chose à savoir, est lorsque vos échantillons ne suivent pas une distribution normale MAIS ont une même distribution, le t-test ne sera pas affecté par le fait que ces derniers ne suivent pas une distribution normale.Le plus simple pour comparer deux groupes de petit effectif est le test de Mann-Whitney.
Conclusion, le t-test peut être utilisé pour des petits échantillons et est préférable à celui de Mann-Whitney. La seule raison qui pousserait à utiliser Mann-Whitney est si les variables sont de véritables rangs/catégories, et non pas de simples valeurs numériques. Dans ce dernier cas, c'est effectivement Mann-Whitney qui est recommandé.
Dans ton cas, Student (t-test) est parfait.
Merci beaucoup pour vos commentaires,
J'ai lu pas mal de publis ou les western blot étaient quantifié, et a chaque fois ils utilisaient le Mann-Whitney U test.
Es tu sur que le t test est plus adapté?
Et une question, que penses tu d'un two tailed test of proportion ?
Quelqu'un vient de m'en parler mais je connais pas du tout
Je viens d'essayer et graphpad prism refuse de faire un one-way anova sur 2 groupes en disant qu'il faut 3 groupes ou plus... C'est peut être une restriction du logiciel qui n'a rien de mathématique?Envoyé par Htu
C'est également une chose à prendre en compte. Et généralement dans un thème de recherche tout le monde prend la même chose, donc tu peux sans problème suivre ce que les autres font. Seulement tu as en tête la différence entre les deux.Merci beaucoup pour vos commentaires,
J'ai lu pas mal de publis ou les western blot étaient quantifié, et a chaque fois ils utilisaient le Mann-Whitney U test.
Es tu sur que le t test est plus adapté?Ensuite, tu peux t'amuser sur tes jeux de données à faire les deux! C'est une chose intéressante à faire.
Oui, ton logiciel te dit que c'est impossible, alors que tu peux faire ANOVA sur deux échantillons et le résultats sera le même que celui de Student. Seulement que à partir de 3 échantillons, tu n'as plus le choix, c'est ANOVA. Student est beaucoup plus commun pour deux échantillons, donc le logiciel couvre le cas "2 échantillons" avec student et non ANOVA.Je viens d'essayer et graphpad prism refuse de faire un one-way anova sur 2 groupes en disant qu'il faut 3 groupes ou plus... C'est peut être une restriction du logiciel qui n'a rien de mathématique?
Dernière modification par Htu ; 05/11/2015 à 13h36.
tu veux dire groupes a la place de échantillons, non ?
Quand je dis deux échantillons c'est à dire deux colonnes à comparer. Ça peut effectivement être deux groupes, mais on peut également comparer deux échantillons, tout dépend de ce que l'on cherche à comparer.Tu veux dire groupes a la place de échantillons, non ?
