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Séquençage [cours]



  1. #1
    Anne-Nuage

    Séquençage [cours]


    ------

    Bonjour à tous !

    J'étudie un peu le séquençage et il y a quelque chose qui me chagrine...
    Apparemment, on utilise des ddNTP afin de stopper la polymérase. Je comprends bien, suivant le ddNTP, ça nous permet de connaître le dNTP de notre séquence d'ADN.
    Néanmoins, on me dit que, par exemple pour une séquence : 5' G C T A C T C 3' : lorsque l'on utilise le ddATP, on obtient deux fragments : A T G A G et A G. Ce que je ne comprends pas, c'est ;
    Comment peut-on obtenir DEUX fragments, ou plus suivant la séquence, alors que la synthèse est sensée se bloquer, par exemple dès qu'elle rencontre une thymine lorsque l'on utilise ddATP ? D'après la compréhension que j'ai de mon cours, j'aurais dit que j'obtenais A G seulement.

    Merci beaucoup,
    Lisa

    -----

  2. #2
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : Séquençage [cours]

    n'oubliez pas que lors du séquençage, comme pour une PCR classique, a chaque cycle chaque brin est amplifié a nouveau. statistiquement, la réaction peut s'arrêter a n'importe quel nucléotide A (dans le cas du ddATP) puisqu'il y a du dATP et un tout petit peu de ddATP.

    Ainsi, peut etre qu'au premier cycle, votre polymérase incorpore un ddATP au premier T rencontré, mais au cycle d'après ça sera au second, au troisième ou meme encore au premier.


    En fin de compte dans le mélange des produits, tous les cas de figure ont été rencontrés, ce qui permet de remonter a la séquence d'intérêt.
    La vie trouve toujours un chemin

  3. #3
    Anne-Nuage

    Re : Séquençage [cours]

    Merci beaucoup pour la réponse et désolée pour ce message tardif.
    Je n'avais pas fait le rapprochement avec la quantité de ddNTP, maintenant je comprends mieux !

    Bonne journée

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