Bonjour tout le monde,
ça fait un petit moment que je n'ai pas participé au forum mais là j'avoue que je suis un peu bloqué dans mes recherches.
J'explique un peu le contexte: j'ai fait une manip de maintenance de cellule, Leishmania donovani, in vitro et in vivo. Ma population de départ n'était pas clonale et au cours de l'expérience on voit apparaître quelques SNPs.
Dans le SNP's profile j'observe "l'apparition" de seulement 5 SNPs, dans le cas présent, 1 SNP est clairement de la sélection vu que l'on peut voir ce SNP dans le séquençage de l'échantillon de départ à très bas bruit et que sa fréquence augmente au cours de l'expérience mais les 4 autres SNPs ont un profile très particulier. Ces 4 SNPs sont répartis sur seulement 2 chromosomes.
Mon problème c'est les maths derrière tout ça: J'essaie de calculer théoriquement qu'elle serait la probabilité d'avoir 2 SNP sur le même chromosome et ce sur 2 chromosomes indépendants! Sachant que l'efficacité de la DNA polymerase est de 10^-10 (avec l'efficacité de la machinerie de réparation) et que le génome de ma souche est de 3,3.10^7bp...
Quelqu'un pourrait-il m'aider avec ça?
Merci d'avance en tout cas,
best,
Franck
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