Bonjour à tous
Je ne comprends pas vraiment pourquoi dans mon cours il est écrit que le fort % de substitutions entre les séquences alignées des 4 domaines CR1-2-3-4 du gène codant pour chordin; ne remet pas en cause l'homologie de ces molécules.
Je comprends qu'on y retrouve des motifs bien conservés ( CXXCXC et CCXXC) mais il y a une grande variabilité pour le reste des séquences... je pense que quelque chose m'échappe...
(sequences en pj)
merci d'avance
Bien cordialement
Bonjour,
Je ne suis pas sur de comprendre ce qui vous échappe...(?) Je précise que je n'ai pas encore accès à l'image, mais déjà, des substitutions n'affectent pas forcément la séquence en acides-aminés de la protéine, ensuite, même si il y a des variations au niveau des séquences peptidiques, à partir du moment ou certains domaines fonctionnels sont très conservés, je suppose que l'on peut toujours parler d'homologie, non?
Ouais, enfin là ca pourrait tout aussi bien être des coïncidences pour les cystéines. Par contre les domaines WHP/PFG c'est un peu plus parlant...
La vie trouve toujours un chemin
J'en profite pour me renseigner un peu : est-ce qu'on peut dire, en considérant seulement les cystéines, que c'est surtout à cause de la présence de tous ces gaps que vous dites que ça pourrait être une coïncidence?Envoyé par Flyingbike
Ensuite, est-ce leur fréquence d'apparition élevée qui leur confère un meilleur indice de confiance (noir) que pour F, G et W (gris)?
exactement. Je peux trouver 150 protéines qui contiennent chacune 5 cystéines et les aligner en mettant des trous là ou ça m'arrange
aucune idée, ca dépend de la nomenclature utilisée pour l'alignement.Ensuite, est-ce le fait de les retrouver sur plusieurs positions qui leur confère un meilleur indice de confiance (noir) que F, G et W (gris)?
Cependant, un motif comme CxxCxC (sans gaps, cette fois), est plutot pertinent, mais pas de raison d'en déduire que toutes les cystéines ont un rôle critique (mais bon, c'est quand même pas un acide aminé lambda non plus. Peut etre qu'on a mis en évidence le rôle de ces cystéines a posteriori par d'autres methodes, également)
La vie trouve toujours un chemin
Entendu, merci, j'avais besoin d'une petite confirmation.
Bonjour
Moi ce qui m'échappe c'est qu'on observe certainement une homologie entre des domaines mais justement pas forcement entre les molécules puisqu'il y a des régions très variables...
ou comme vous dites , cela n'affecte pas la fonction de la protéine, mais cela je ne le déduis pas de l alignement de mes séquences?
Ce sont les quatre domaines d'une même protéine, non? Et non pas quatre protéines provenant d'espèces différentes.
oui bien sur , mais on pourrait imaginer que ces sequences conservées correspondent à des analogies entre protéines , pas forcement des homologies? comme lorsque l'on fait un alignement local , on peut trouver beaucoup de séquences similaires sans pour autant en déduire que les molécules le sont ( région analogues, de faible complexité, paramètres de l'algorithme , pénalités, filtres..) , non?
