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[Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?



  1. #1
    GinkgoBile

    [Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?

    Bonjour,

    dans un annale de partiel, je suis tombé sur la question suivante:
    " Pourquoi utiliser les séquences protéiques plutôt que les séquences nucléotidiques lors de l'étude des virus ? "
    dans le cadre d'une analyse phylogénétique de virus.

    Je suis incapable de répondre alors que ça me parait tout bête ! J'ai beau cherché sur internet je trouve rien ..

    Je pensais que ça pouvait être lié à la dégénérescence du code génétique ? Le fait que si deux codons diffèrent mais ammènent au final au même acide aminé, si on compare deux séquences nucléotidiques on concluera à une différence de séquence entre deux individus alors qu'en fait non ?

    De plus comme on parle de virus ce phénomène serait accentué car les séquences nucléotidiques évoluent très rapidement chez ces organismes ?


    Ce sont des hypothèses mais j'avoue que j'avance ça sans trop y croire, si quelqu'un pouvait m'aider je lui serais très reconnaissant

    -----


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  3. #2
    Flyingbike

    Re : [Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?

    c'est exactement cela !

    deux protéines peuvent avoir une meme fonction et une même origine, mais la séquence codante a pu dévier, sans modifier la séquence protéique.
    La vie trouve toujours un chemin

  4. #3
    GinkgoBile

    Re : [Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?

    Ok merci beaucoup !

  5. #4
    minushabens

    Re : [Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?

    Je dirais que le choix entre étudier ADN/ARN ou les protéines dépend de la longueur de l'histoire évolutive que tu veux reconstituer. Si tu t'intéresses à une histoire courte (par exemple l'évolution de souches de VIH dans une petite population humaine, voire chez une même patient, il vaut mieux regarder l'ARN, mais si tu veux construire une phylogénie des virus de l'herpes, il est peut-être préférable de regarder les protéines (mais même dans ce cas je n'en suis pas convaincu).

  6. #5
    Flyingbike

    Re : [Phylogénie] Pourquoi comparer des séquences protéiques et non nucléotidiques ?

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    Je dirais que le choix entre étudier ADN/ARN ou les protéines dépend de la longueur de l'histoire évolutive que tu veux reconstituer. Si tu t'intéresses à une histoire courte (par exemple l'évolution de souches de VIH dans une petite population humaine, voire chez une même patient, il vaut mieux regarder l'ARN, mais si tu veux construire une phylogénie des virus de l'herpes, il est peut-être préférable de regarder les protéines (mais même dans ce cas je n'en suis pas convaincu).
    très bonne précision
    La vie trouve toujours un chemin

  7. A voir en vidéo sur Futura

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