comparé les resultats de 2 thermocycleurs de qPCR

[invite8a919db8]

Bonjour,
Dans l'optique d'acaht d'une nouvelle machine, j'ai testé une même plaque (exactement identique, préparer en même temps et lancer en même temps, même opérateur et même matériel de préparation, même programme) dans 2 thermocycleurs distincts, chaque point en duplicat.
Les résultats sont:
- les duplicats ont un Cq < 0.5 voir identique
- pour A => E= 100.1 % et r2= 0.987
- pour B => E= 97.34% et r2 = 0.996

A priori, les résultats sont kif kif sauf que les Cq sont très différents d'une machine a l'autre et ce de plusieurs Cq d'écart ( max 5). Est ce normal d'avoir plusieurs Cq d'écart entre différentes machines?
Laquelle "a raison" selon vous?
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[Flyingbike]

Lequel a raison ? Aucun des deux, ou les deux. Quand on parle en Ct (Cq chez vous ?) tout est relatif et dépend de la sensibilité de l’ensemble (réactifs et machine)

Un truc essentiel que vous n’avez pas évoqué : le seul (cycle threshold) qui est, au niveau logiciel, le niveau de signal qui détermine le calcul du Ct. il peut être ajusté manuellement, déterminé par la machine, de façon assez fiable ou totalement inadaptée. Et selon son positionnement, la valeur brute des Ct peut changer énormément (ce qui ne modifie en principe pas la quantification relative)

Regardez à ce niveau la si vos réglages sont équivalents (regardez aussi le niveau Max de fluo) mais pas évident qu’il puisse être comparé directement entre deux machines. En tout cas cela pourra expliquer les différences.
En dehors de ça, sachez que les machines ne sont pas toutes aussi performantes.

D’ailleurs, quelles sont les machines comparées ? N’hésitez pas à joindre des graphiques si ça peut aider.