Pcr vs souther blot

[Nihal1812]

Bonsoir,
En fait j'ai une petite confusion au niveau de mon cours de biologie moléculaire .On me dit que "le southern blot est moins utilisé du fait que la PCR permet de détecter des séquences d'adn spécifiques à partir d'échantillons d'adn" .
1)D'abord ne ne comprends pas qu'on compare ces 2 techniques pour moi la PCR est utilisée pour amplifier l'adn (puis on l'hybride pour mettre en évidence les mutations par exemle)tandis que SOUTHERN BLOT est utilisé pour détecter les séquences d'adn
2)est ce que le seul rôle de la PCR est d'augmenter la quantité d'adn qui va ensuite être hybridé par des sondes(j'ai l'impression que la PCR n'est qu'un moyen intermédiaire pour amplifier l'adn pour ensuite utiliser le SOUTHERN blot )
3)et enfin si ces deux techniques vont utiliser l'hybridation par sondes nucleiques en quoi consiste la difference (est ce seulement parceque le southern blot travaille sur une quantité limitée d'adn tandis qu'avec la PCR on a préparé une grande quantité d'adn)

Merci de bien vouloir m'éclairer.
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[dalmia]

Hello,

1) La PCR a plusieurs fonctions. Oui ça peut servir à amplifier, mais ce n'est pas toujours le but visé. On peut procéder à une PCR pour une simple détection de la présence d'un gène par exemple. Sous réserve des contrôles en bonne et due forme, la présence d'amplification peut te renseigner sur "oui, le gène truc muche est présent", et pas d'amplification, le gène est absent. En soit tu n'en as peut-être rien à secouer d'avoir amplifier, tu as juste répondu à ta question "le gène est-il présent ou non". Il est beaucoup plus rapide de faire une PCR qu'un Southern Blot. Une PCR peut être difficile à mettre au point, maintenant en moins d'une demi-journée, tu as ta réponse. Je n'ai fait qu'un seul SB dans ma vie, on en a eu pour 2 ou 3 jours avec les incubations.

2) Pour compléter ma réponse : la PCR peut venir apporter une réponse en elle-même (aspect qualitatif), elle est donc un test à part entière. Ou, comme tu le dis, elle peut être une étape purement technique à un moment où tu as besoin de plus d'ADN en vue d'en faire quelque chose ensuite (aspect quantitatif).

3) Il y aurait énormément de choses à répondre pour différencier les deux. J'ai envie de dire, compare les protocoles, ça n'a rien à voir .
Pour la technique : en PCR tu révèles habituellement l'ADN amplifié par coloration au BET et observation aux UV (le BET vient s'intercaler dans l'ADN). En Southern, si tu procèdes avec des sondes radioactives, alors tu iras observer la radioactivité de ta sonde hybridée sur ta séquence d'intérêt.
Pour la démarche et je crois que c'était plutôt ça ta question : la PCR n'est pas l'opération la plus élégante pour aller vérifier ce qu'il se passe au nucléotide près, si j'ose dire. Pour le SB que j'ai fait, c'était pour vérifier de façon plus sûre le génotype de parasites mutants que j'avais générés étaient bien comme attendu. Parce qu'après, lesdits mutants sont utilisés pendant des années pour des expériences in vivo, on ne peut pas se contenter d'une seule vérification.
Et justement, différentes méthodes sont fréquemment utilisées en recherche pour venir confirmer une même chose. C'est toujours plus béton qu'un seul test.

Hésite pas si tu as d'autres questions

Dalmia

[PACESLIFE]

Salut, jme permet de commenter ce topic qui n'est pas le mien pour poser une question par raport à la PCR. Lorsqu'on veut par exemple amplifier une séquence d'ADN tel que un Response Element, on prendra l'exemple de CRE (Creb Response Element), faut il placer les amorces de chaquecoté de CRE sur le meme brin d'ADN ou sur les deux brins d'ADN ? Idem pour l'enrichissement par capture en Ampliseq, faut mettre les amorces comment ?
Merci !

[dalmia]

Salut PACESLIFE,

Effectivement, joli hors-sujet. Refais un nouveau post. ça rendra service à tout le monde : les gens qui peuvent te répondre, ceux qui ont la même question, et pour la cohérence de ce forum...

Dalmia

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