Bonjour, je travaille actuellement sur le virus Usutu, une RT-PCR est réalisé avec 17 amorces spécifique de ce virus, ensuite un sequencage est effectué puis un alignement des séquences est fait afin de comparer avec une séquence de référence.
Ma question est, pourquoi est-ce important de jouer avec le couple d’amorce, lorsque celle-ci présente des mutations à leurs extrémités? Pourquoi faut il être attentif à ces mutations localisée en extrémité 3’ et 5’ du coup? Je sais que ce sont des régions très conservées chez les flavivirus...
Merci!