conseils en PCR

[invite94eef595]

Bonjour à tous,
j'ai besoin de quelques tuyeaux concernant les méthodologies en PCR. J'aimerais utiliser l'outil PCR pour établir une carte d'identité génétique sur la totalité d'une banque de microorganismes (+ de 200) afin de pouvoir les reconnaitre et savoir lesquels ont survécu lorsqu'on en inocule un certains nombre en même temps (20-30) dans une culture quelquonque.
Est-ce que une PCR sur l'adn 16s est la plus adaptée pour ce genre de problématique? comment choisir les amorces et les enzymes sachant que nos microorganismes ne sont pas "caractérisés génétiquemment". Ou peut on trouver des protocoles. Quels sont les fournisseurs?
Merci de m'éclairer dans ce domaine,

SosoDuSud
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[invite0345d784]

J'aurais besoin de quelque détails pour t'apporter des éléments de réponse (je ne pense pas avoir la solution complète à ton problème).

Tout d'abord, de quel type de microorganismes s'agit-il ? Des souches pures ? des bactéries de sol ?...

Ensuite tu dis avoir plus de 200 microorganismes, cela veut dire que tu as 200 échantillons, et peut-être qu'au final tu n'as que 20 bestioles différentes, ou est-ce que tu en as vraiment 200 différentes ?

LA PCR 16s va te permettre de faire des profils comparatifs, mais tu devrais chercher d'autres méthodes d'analyses complémentaire. Tout ceux qui en ont fait en série te diront à quel point la PCR est capricieuse. Un jour ça marche bien, et le lendemain plus du tout.

Pour ce qui est des amorces, je te conseil de chercher sur Internet dans les publications scientifiques.


Quelques pistes de recherche :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed
http://www.sciencedirect.com/
http://scholar.google.com/

Pour ce qui est des protocoles, appui toi sur les publis, et si tu ne comprends pas quelque chose, tu trouveras surement de l'aide ici !

[invitec9f0f895]

salut

je pense que ce que tu souhaites faire correspond aux techniques qui sont utilisés en metagénomiques. Je te conseillerai donc de regarder dans cette direction

YOyo