[SSR] Microsatellites - Question interprétation

[Allan1994]

Bonjour à tous et à toutes,

J'avance dans mon interprétation des résultats, génétique de populations, etc... Puis de temps à autre je dezoom pour bien tout comprendre en profondeur


Ma question peut paraitre futile ou anecdotique :


J'ai des génotypes homozygotes et hétérozygotes.

Exemple : M14044 (nom du marqueur) // génotype (hétérozygote) 148 pb // 153 pb.

Donc 2 allèles avec une différence de 5pb.

J'ai même des résultats a 148 // 150 pb (différence de 2pb)


Lorsque je regarde le motif répétitif (désigné et testé ultérieurement) pour ce marqueur génétique j'ai : (AGA)_n donc un trinucléotides avec une estimation à 154pb pour la longueur du fragment.

En sachant que les SSR c'est un polymorphisme de longueur de fragments, je ne devrais pas avoir des différences de 3pb ? Parce que 2 ou 5 pb... Je ne comprends pas


Merci d'avance
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[MissJenny]

Tu as raison, tu devrais avoir comme différence un multiple de 3. Mais il y a parfois des insertions ou délétions, et surtout le séquençage produit beaucoup d'erreurs. C'est pourquoi quand on analyse des microsats, le plus souvent on raisonne en termes d'allèles uniques : on oublie les longueurs et on regarde juste si c'est pareil ou si c'est différent.

Pour ton problème, ce que je ferais (et qui se fait) c'est commencer par déterminer quel est le résidu modulo 3 majoritaire dans les données. Il y en a un qui devrait représenter la quasi totalité des données, les autres étant des erreurs. Ensuite je modifierais les valeurs en erreur en arondissant à la valeur attendue la plus proche.

[Allan1994]

Ok merci,

Du coup forcément ça va avoir une influence sur mon Shannon Index DI (Score de diversité génétique) =) je vois ça avec mon prof

A bientôt !

[MissJenny]

si tu fais cette correction ça va réduire la diversité. Il faut effectivement en parler avec le prof, il aura peut-être un autre avis. Modifier les données est toujours discutable. J'avais l'habitude de travailler sur des données très bruitées et donc de considérer plus probables les erreurs de séquençage que les indels. Mais les choses ont sans-doute évolué...

[A voir en vidéo sur Futura]