Phylogénie moléculaire

[Tilto]

Bonjour, alors voilà j'ai un exercice sur la phylogénie moléculaire.

exo phylogénie.JPG

De là, j'ai donc construit mon réseau d'haplotypes :

réseau d'haplotypes.JPG

Ainsi, nous pouvons observer une très grande divergence moléculaire entre la population 4 et les autres populations, 1 2 et 3. En revanche, ce n’est pas de la diversité cryptique car pour 1000pb du gène COI on a 9 substitutions ce qui reste bien inférieur à 2%.
On peut donc en déduire deux lignées phylogéographiques différentes.

Ensuite je bloque. Je ne sais pas vraiment comment interpréter tout ça. Pourquoi la pop 4 ne présente qu'un seul haplotype ? A cause d'un effet de fondation ? D'un goulot d'étranglement ?
La population 1 montre bien différents allèles rares (B C D E F) et un allèle fréquent A. Comme pour pop 2 et 3 finalement sauf qu'elles ne présentent pas d'allèles rare.

Je suis un peu perdu, quelqu'un pourrait-il m'aider s'il vous plaît ?
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[MissJenny]

une interprétation pourrait être que durant la dernière période glaciaire l'espèce s'est réfugiée en Espagne et en Italie Ces deux populations n'ayant pas échangé de gènes elles ont peu à peu divergé. La population espagnole était plus grande donc a accumulé plus de mutations. Puis il y a eu une expansion récente (trop récente pour qu'apparaissent des adpatations locales) de la population espagnole vers le Nord. Comme tu n'as que 10 individus par population tu ne peux pas réellement dire qu'il n'y a pas de polymorphisme, par exemple dans la population italienne.

[Tilto]

Bonjour, merci pour votre aide. On peut même penser à un effet de fondation de l'espèce initiale ? Une grosse partie de la pop serait partie en Espagne tandis que l'autre, beaucoup plus petite en Italie. Expliquant ainsi la divergence assez rapide de la pop en Italie.

[MissJenny]

Le problème c'est qu'on peut imaginer plein de scenarios plausibles, mais sans calculs on ne peut pas évaluer leurs vraisemblances. Il y a des logiciels qui font ça (DiyABC par exemple, ou Admixture) mais sans données explicites on ne va pas loin. Et même avec des données précises, souvent les estimations (par exemple des temps de coalescence ou des tailles efficaces) sont accompagnées d'intervalles de confiance énormes. Donc pour ton exercice, tu pourrais proposer un scenario, dire en quoi il explique les données, et dire qu'est-ce qu'il faudrait calculer pour valider ce scenario.

[A voir en vidéo sur Futura]