[Biochimie] Acides aminés et liaison peptide
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Acides aminés et liaison peptide



  1. #1
    ecolami

    Acides aminés et liaison peptide


    ------

    Bonjour,
    Dans une réflexion sur l'apparition de la vie je ne sais pas si en laissant évaporer au soleil une solution d'acides aminés on peut obtenir quelques liaisons peptide. Je ne sais pas si ces liaisons n'ont pu se former seulement quand une enzyme l'a rendu possible ou si la présence catalytique d'une roche ou minerai est intervenue.

    -----

  2. #2
    tRNA

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    Bonjour ecolami,
    Si les origines de la vie vous intéresse, vous pouvez vous renseigner sur l'expérience de Miller-Urey (par exemple en commençant avec l'article wiki: https://fr.wikipedia.org/wiki/Expérience_de_Miller-Urey). Dans cette expérience, les scientifiques montrent une possibilité par laquelle auraient été générés certains composants nécessaires à la vie comme les acide aminés.
    Actuellement, la majorité des liaisons peptidiques sont formées par le ribosome (une grosse machine mi-protéines mi-ARN). Plus précisément, la liaison peptidique est catalysée par le composant ARN du ribosome.
    La plupart des scientifiques qui étudient les origines de la vie actuellement pensent à une origine ARN du monde vivant. Ainsi l'ARN (acide ribo nucléique) aurait pu apparaitre dans la soupe primordiale (Cf l'expérience de Miller-Urey) et ensuite avoir évolué des propriétés catalytiques lui permettant d'assembler des acides aminés en formant des liaisons peptidiques.
    En espérant que ça apporte quelques pistes de réponses à votre question!

  3. #3
    ecolami

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    Bonjour, Cela répond partiellement a la question. Dans l'experience de Miller il y avait un arc électrique.

  4. #4
    tRNA

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    Exact... En temps que biologiste moléculaire j'ai été un peu biaisée dans ma réponse: l'hypothèse que j'ai essayé de décrire ci-dessus est l'origine ARN du monde du vivant plébiscitée essentiellement par les biologistes moléculaires.
    En faisant quelques recherches, j'ai effectivement trouvé une hypothèse géochimique qui est je suppose ce à quoi faisait référence votre message initial (désolé!). Cette hypothèse dépasse mon domaine de compétence mais visiblement c'est le sujet de recherche de l'équipe du géochimiste George Cody à Carnegie (https://carnegiescience.edu/dr-george-cody-0). J'ai diagonalisé leurs publications et visiblement ils suggèrent qu'en conditions de pression et de températures élevées, les premières réactions auraient pu être catalysées par des minéraux. Et certains minéraux comme le quartz et le calcite seraient capables d'adsorber des acides aminés alors il proposent que les minéraux pourraient servir de support pour l'assemblage des acides aminés (?). Le lien d'une revue concise (en anglais) sur le sujet: https://pubs.geoscienceworld.org/msa...hemical-origin)

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    Geb

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    Bonjour,

    Citation Envoyé par ecolami Voir le message
    Dans une réflexion sur l'apparition de la vie je ne sais pas si en laissant évaporer au soleil une solution d'acides aminés on peut obtenir quelques liaisons peptide.
    J'aurais tendance à privilégier les solutions dans les environnements hydrothermaux, comme les habitués du forum le savent.

    Mais plus généralement, à ma connaissance, il y a au moins une vingtaine de solutions envisagées pour la polymérisation des acides aminés dans des conditions dites "prébiotiques".

    Pour répondre à ta question, l'une d'entre elles fait effectivement intervenir de nombreux cycles d'évaporation et d'inondation/précipitation (sur une plage ou dans une mare par exemple). Voir par exemple ici :

    - Formation of oligopeptides in high yield under simple programmable conditions (Rodriguez-Garcia et al., 2015)

    Cordialement.

  7. #6
    ecolami

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    MERCI Cela répond bien à ma question.

  8. #7
    dr.Garou

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    A noter que la synthèse d'amide (amine + acide carboxylique) est peu efficace; sans une forme d'activation quelconque cette liaison ne se forme tout simplement pas; pire, de nombreux acide aminés possédant plusieurs fonctions carboxylique et/ou amines, ce qui sans direction de la synthèse va te donner des "réactions parasites" avec formation de liaisons amide qui ne seront pas en alpha. Bref, l'abiogénèse de peptides aboutira à la formation d'un grand n'importe quoi qui ne correspond à rien de ce que fait le monde du vivant.

  9. #8
    ecolami

    Re : Acides aminés et liaison peptide

    Citation Envoyé par dr.Garou Voir le message
    A noter que la synthèse d'amide (amine + acide carboxylique) est peu efficace; sans une forme d'activation quelconque cette liaison ne se forme tout simplement pas; pire, de nombreux acide aminés possédant plusieurs fonctions carboxylique et/ou amines, ce qui sans direction de la synthèse va te donner des "réactions parasites" avec formation de liaisons amide qui ne seront pas en alpha. Bref, l'abiogénèse de peptides aboutira à la formation d'un grand n'importe quoi qui ne correspond à rien de ce que fait le monde du vivant.
    Bonjour,
    Je pense qu'au début tout était n'importe quoi et que dans tout ça de l'ordre est apparu petit a petit.Ce n'est possible que par la multiplications de cycles faisant varier l'entropie. Certains minéraux ont pu servir de catalyseurs et orienter les synthèse comme le montrent certaines enzymes avec des cluster Fer Soufre. Je pense aussi que la VIE est apparue a de multiples occasions dans des milieux différent. Ce qui expliquerai que pour obtenir un certain résultat il existe des voies de synthèse biochmiques différentes

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