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demande d'aide en spectrométrie de masse



  1. #1
    geoffrey31

    demande d'aide en spectrométrie de masse


    ------

    Bonjour à tous,

    Je fais une thèse de biologie, et je cherche à identifier des métabolites dans un milieu qui a la base est assez complexe(contient plusieurs molécules organiques). je veux dire par là qu'il n'est pas possible de ne travailler que sur une molécule dès le départ, on est obligé de bosser sur le mix. Ce qui fait que les métabolites en question peuvent appartenir à plusieurs molécules potentielles. Existe-t-il un site qui peut m'apporter de l'aide? ou connaissez vous des livres de spectrométrie de masse qui peuvent m'aider à calculer ces masses? Merci pour votre aide.

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  4. #2
    cephalotaxine

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    les métabolites en question proviennent d'une ou de plusieurs molécules de départ ?

  5. #3
    HarleyApril
    Modérateur

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    la technique généralement utilisée est l'HPLC masse (avec de l'UV en plus)
    ça permet de séparer les produits par chromatographie
    pour chaque pic, on a alors le spectre UV (qu'on ne regarde pas, à tort) et le spectre de masse
    si on est bien équipé, on peut également faire de la fragmentation

    si ta question est uniquement de calculer des masses moléculaires, je me gausse (attention, ne pas utiliser les masses des chimistes qui tiennent compte des moyennes isotopiques)
    n'importe quel chimiste sera à même de te dépanner en te dessinant tes molécules et en demandant à son logiciel de dessin de lui faire le calcul (sinon, à partir de la formule brute, un biologiste en thèse devrait y arriver ...)

    là où je peux t'aider, c'est de te donner des idées de métabolites potentiels à partir de la structure de ton produit
    il y a des logiciels qui font ça, mais c'est payant
    http://www.moldiscovery.com/soft_metasite.php

    pour les cours de spectro de masse, ça se trouve facilement sur le net, j'avais pioché
    http://www.umh.ac.be/~ichim/docs/docs_vulg.html
    mais ça ne fonctionne plus (j'ai une copie des pages, si tu es intéressé ...)
    il y aussi (et ça fonctionne)
    http://minyos.its.rmit.edu.au/~rcmfa/mstheory.html

    bon surf

  6. #4
    geoffrey31

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    les métabolites proviennent de plusieurs molécules potentielles, sinon ça ne serait pas drole

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #5
    geoffrey31

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    merci, j'utilise en effet l'HPLC couplée à un spectromètre de masse capable de fragmenter les ions, tout ne se résume malheureusement pas a un calcul a partir d'une masse, de la règle du carbone etc... etant donné qu'on ne sait pas quels atomes constituent ces métabolites. Plusieurs molécules (avec différents atomes) constituent les molécules mères.
    Merci pour le logiciel.

  9. #6
    HarleyApril
    Modérateur

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    est-ce que ton problème se classe dans le genre, hydroxylation par un cytochrome puis conjugaison ou plutôt dans la catégorie produits naturels
    pour le premier problème, on sait de quoi on part
    pour le second cas, on cherche généralement les molécules d'intérêt vis a vis d'une cible biologique donnée et on commence par fractionner le mélange en fonction de l'activité

    c'est quoi la règle du carbone ?

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  11. #7
    cephalotaxine

    Re : demande d'aide en spectrométrie de masse

    Citation Envoyé par HarleyApril Voir le message
    c'est quoi la règle du carbone ?

    je suppose que c'est le calcul du nombre de C en fonction du pic +1 correspondant au 13C.

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