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Acides aminés, électrons, liaisons etc...



  1. #1
    progfou

    Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    Bonjour !
    Je suis plutôt informaticien que chimiste...
    Mais je m'intéresse à la vie artificielle, et je cherche à développer un programme générant des acides aminés (en vue de créer quelque chose de beaucoup plus complexe ensuite). Ce programme aura à sa disposition le tableau périodique des éléments dans une base de données, mais je ne voit pas comment faire pour que, en piochant dans les éléments, ils soit capable de créer le bon nombre de liaison.
    Explication :

    Sur cet exemple, tiré de l'encyclopédie Wikipédia, on voit le groupe carboxyle.
    J'aimerias que le programme, lorsqu'il pioche le carbone dans le tableau, soit capable d'associer à celui-ci 4 liaisons, et qu'il soit capable de piocher d'autres éléments pouvant se lier avec lui. Au final, il doit pouvoir sortir cette molécule :
    R
    \
    C =O
    /
    O
    /
    H
    Ou tout autre répondant aux caractéristiques de l'atome "central".
    En effet, il doit lui être possible, partant d'un atome d'hydrogène, de construire ceci par exemple :

    COOH
    |
    H-C-R
    |
    NH2

    J'espère que j'explique assez bien mon problème...
    Le tableau périodique suffit-il pour pouvoir faire ça ?
    Mes souvenirs de chimie remontent à quelques années maintenant, et je dois dire que wikipédia, quoique très bien fait, ne m'aide pas des masses sur ce coup là...

    Merci d'avoir lu jusqu'au bout, et d'avance merci pour vos réponses !

    -----


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  3. #2
    Fajan

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    ton probleme est un probleme d'informatique... pas de chimie... en fait je ne comprend pas très bien ta question

  4. #3
    progfou

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    C'est un problème de chimie, car l'implémentation, on s'en fiche...
    Ce qui me pose problème, c'est d'être capable de connaître le nombre de liaisons d'un atome, et en piochant au hasard dans la table, de construire des molécules.

  5. #4
    LoLo-31

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    Dans ta classification périodique, les éléments sont en colonnes.
    Pour chaque colonne, les atomes ont tous le même le nombre d'électrons sur la dernière couche. Ils forment donc tous le même de liaison.

    La première colonne (celle de H), tous les atomes forment une liaison.
    La seconde (celle de Be), deux liaisons
    La troisième (celle de B) trois liaisons
    La quatrième (celle de C) 4 liaisons
    La cinquième (celle de N) 3 liaisons
    la sixième (celle de O) 2 liaisons
    la septième (celle de F) 1 liaison

    Par contre, tu avoir des états excités qui augmentent le nombre de liaisons effectuées.

    Cela est très schématique.

    Amicalement
    Laurent

  6. #5
    moco

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    Fajan a raison. On ne sait pas très bien ce que tu voudrais qu'on te réponde.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Philder

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    Salut,
    si tu t'intéresses à ce domaine, je te suggère de creuser du côté des chimies artificielles qui est un domaine annexe de la vie artificielle en cours de développement ("artificial chemistry" (ies) dans google), bien évidemment les travaux sont en anglais.
    Pour avoir travaillé sur ce type de problème et tenté des implémentations, le tableau périodique n'est pas complètement suffisant, en tout cas regarde du côté du "modèle de Lewis" et de la "règle de l'octet" si mes souvenirs sont bons.
    Par contre tu constateras que certaines molécules que ta vas générer ne peuvent exister (à cause d'autres contraintes que tu ne prends pas en compte, notamment l'espace).
    Simuler les réactions chimiques est terriblement terriblement complexe, et je ne crois pas qu'il existe à l'heure actuelle de méthode ou de logiciel permettant de prédire toute réaction. Personnellement, j'ai fait le même type de démarche en sortant du lycée (S) et quand j'ai jeté un oeil au cours de chimie de Deug (orbitales et tout le tintouin), j'ai vite compris que c'était trop compliqué pour moi.
    N'étant pas chimiste non plus, mes infos sont approximatives et incomplètes, mais si tu souhaites plus d'informations sur les chimies artificielles n'hésite pas à m'écrire en MP.

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  10. #7
    progfou

    Re : Acides aminés, électrons, liaisons etc...

    Merci pour vos réponses !
    J'ai effectivement la réponse souhaitée, en gros .
    Je vais voir ce que je trouve sur l'artificial chemistry, et je vais très certainement te contacter Philder...

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