logiciel de modélisation sympa

[invite5351d78c]

Bonjour à tous,

Il n'y a pas longtemps, je suis allé sur mon site préféré de logiciel de chimie, et j'ai vu qu'ils avaient sortis la nouvelle version de ChemSketch (version 9.0.).

Cette version inclue ChemSketch (le programme de modélisation), ChemFolder (à partir duquel on a des bases de données gratuitement téléchargeables dont une qui comprend 45000 molécules), 3D Viewer (visionnage 3D des molécules qu'on a créé), HNMR Viewer(spectres RMN de l'H), CNMR Viewer(spectres RMN du C), et d'autres trucs.

Tout ça c'est gratuit et téléchargeable ici : http://www.acdlabs.com/download/

Vous verrez un lien de téléchargement ChemSketch 9.0. et tout ce que je vous ai dit est compris dans ce lien.

A+. Amusez vous bien
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[invite5351d78c]

Au fait, si vous avez des avis sur ce logiciel ou que vous arrivez pas à faire un truc, n'hésitez pas à me le dire par le biais du forum, je vous répondrai si je peux...

Mais je vous conseille quand même d'essayer ce programme, il est surtout bien pour les biochimistes d'ailleurs car il y a des fonctions peptides builder, ADN builder(pas terrible celui là), ou encore carbohydrates builder. C'est vraiment bien je trouve.

A+

[invite5351d78c]

Bon apparemment ya que moi qui aime faire de la modélisation.

Tchao

[invite087e8587]

La hasard a voulu que je le télécharge quelques jours avant ton post. J'ai été surpris de voir combien il a été enrichi depuis la dernière fois que je l'ai utilisé... même si pour ma part je ne le pousse pas aussi loin que toi !

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite5351d78c]

Eh beh en fait je le pousse pas autant que ce que j'aimerais. Déjà pour tout comprendre, il faudrait que je passe pas mal de temps et j'en ai pas trop. Par exemple, j'arrive pas à exploiter une molécule que je viens de faire avec la RMN. En plus c'est un logiciel tellement complet que le temps d'avoir fait le tour, la patience en a pris un coup. Mais dès que j'aurais le temps, je conte bien l'exploiter à fond.

Par contre, un bon exercice à faire pour travailler sa logique spatiale, c'est d'essayer de faire une molécule 3D en respectant une certaine conformation. Parce-que après, avec la visualisation 3D, tu peux te régaler de ce que tu as fait.

Ce que j'adore, c'est peptides builder, tu fais que rentrer la formule de ton peptide dans la commande, tu fais OK, puis tu visualises en 3D. Ca te fait l'hélice alpha automatiquement avec les chaines latérales à l'extérieur et les O à l'intérieur, c'est génial!!!

Faut rentrer la commande sous cette forme:

Ala-Trp-Phe-Ser-His-Lys-Asn-Asn-Gly-Arg

C'est un exemple. J'ai rentré une séquence de 20 acides aminés à peu près et ça l'a prise. Essaye, c'est un régal.

Est-ce que tu connais pyMOL comme logiciel???

Merci,A+

[invitef774dc34]

J'e viens de découvrir chemsketch et je l'ai vu utilisé et je le trouve génial. sauf que chez moi je n'arrive à rien!
Je l'ai téléchargé mais je n'arrive pas à m'enregistrer correctement du coup j'ai pas accés à toutes les fonctions.

Comment a-t-on accés à la bibliothèque de verrerie?
Il est en anglais alors j'ai du mal.
Si quelqu'un pouvait m'aider ce serait sympa.
merci

[invite5351d78c]

Bonjour Matmo et désolé de t'avoir fait attendre,

Pour ce qui est de s'enregistrer, t'as dû déjà le faire sinon tu n'aurais pas pu télécharger ChemSketch! En ce qui concerne le fait que tu n'as pas toutes les fonctionnalités, t'inquiète pas moi c'est pareil. En fait, je me suis pas renseigner à fond mais pour tout avoir, il faut payer, comme d'hab. Sur une ancienne version de ce logiciel, j'avais essayé de tout avoir et il fallait payer dans les 60 € je crois.

Pour accéder à toute la verrerie ainsi qu'à la bibliothèque de molécules, faut que t'aille sur l'icone qui est en haut à droite, à coté des 4 icones symbolisant 2 boules. L'icone en question est composé de rectangles et il y a une espèce de zoom symbolisant un pyrane en conformation chaise (ça a la forme d'un éclair). Tu clique sur l'icone et la t'as plus qu'a choisir ce que tu veux, y compris la verrerie.

Si tu veux, je peux t'expliquer comment faire des peptides ou glucides, t'as juste à demander.

A+.

[invite8ab024e1]

Bonjour,

Ca fait des années que l'idée me trotte dans la tête, j'adorais la chimie au lycée et j'adore la 3D. Aujourd'hui je suis dessinateur industriel car mes choix d'études ont qqes peu divergé. J'ai une très bonne maitrise de catia V5 et j'ai très envie de me lancer, pour mon plaisir, dans la modélisation de molécules dans l'espace, c'est fascinant et surtout très beau de voir ce que la nature arrive à façonner à sculpter. Mais ... par ou commencer! la taille (proportionnelle) de chaque atome, les différentes configurations de chaque atome, les couleurs représentatives, les angles de rotation etc ...
Ce qui est bien, c'est qu'une fois qu'on a modélisé des composants réutilisables, on peut assembler des molécules assé facilement, comme un légo géant, puis faire des photos des rendus 3D etc ... pour les interractions entre molécules et résultats d'expériences la c'est pas possible. Mais ludiquement parlant je trouve ça intéressant de pouvoir construire soi meme la molécule de osn choix pour en avoir une rprésentation dans l'espace.... voila je pars de ma page blanche j'attends vos commentaires et de mon coté je vais continuer à chercher -car je commence à peine -

Cordialement

Olivier

[invite5351d78c]

Je suis allé sur le site distribuant le logiciel que tu utilises et j'ai eu la surprise de voir que c'est un logiciel de conception graphique plutôt que de modélisation. D'un côté ça doit être mieux parce-que là au moins tu n'a aucune limite dans ta conception.

Mais en partant d'un tel logiciel, le travail doit être très long et laborieux mais peut-être beaucoup plus intéressant qu'un simple logiciel de modélisation moléculaire où on il y a de grosses lacunes. Si tu veux créer des monomères du style acides aminés pour faire des protéines, ou acides nucléiques pour faire de l'ADN, je peux te donner les formules développées avec les cycles aromatiques et tout ce qu'il faut, j'ai un logiciel pour ça. Après pour les angles des différentes liaisons, c'est très simple et peut-être as-tu entendu parler des hybridation d'orbitales moléculaires qui permettent de connaitre les angles selon le type de liaison d'un atomes donné. Pour les couleurs, je peux tout te dire aussi, mais je te dirai que les principaux, c'est à dire ceux composant la matière organique (C, H, O, N, P, S) car les autre je les connait pas... . J'en nconnais quelques-uns : Cl, Na, Zn, Fe, ....mais pas tous.

Pour avoir un bon modèle de logiciel et pour disposer d'une bonne base de données de molécules, je te propose d'aller au tout début de ce sujet, tu verras un lien vers un logiciel de modélisation moléculaire gratuit. Il est assez complet pour débuter dans ce domaine et même pour approfondir. Tu peux le télécharger pour voir ce que ça donne.

A+.

[invitea2369958]

Bonsoir,

L'utilisation d'un logiciel de modelisatiom moléculaire n'est utile que lorsque l'on connait tous les paramètres du champ de force utilisé et que l'on sait si ce dernier prend en compte ce qui nous interesse, sinon la géométrie / propriétés de la molécule est vouée à l'échec :/