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Logiciel de modélisation de molécules



  1. #1
    Hogoerwen'r

    Logiciel de modélisation de molécules


    ------

    Bonjour,

    Je suis à la recherche d'un logiciel qui me permettrait de modéliser des molécules.

    Je rêve peut etre, mais le mieux serait un logiciel avec un cadre de recherche, je tape par exemple 2-méthylbut-2-ène, et il me sors la représentation de Lewis/Cram/Topologique/3D ( que l'on puisse faire pivoter )...

    Ou alors, un logiciel simple pour les modéliser moi meme, en 3D de préférence.

    Cordialement,

    -----
    Hogœrwen'r - ex-Yggdrasil-

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  3. #2
    Hogoerwen'r

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Cela ne dit rien a personne ?

    Cordialement,
    Hogœrwen'r - ex-Yggdrasil-

  4. #3
    WestCoast85

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonjour,

    Tu en demandes beaucoup pour un seul logiciel !!!

    A ma connaissance, ce logiciel magique n'existe pas...
    La curiosité ne favorise que les esprits préparés

  5. #4
    Kjeldahl

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Utilise la suite ChemOffice, il y'a un logiciel Chem3D Ultra qui permet la modélisation en 3D des molécules.

  6. #5
    synchrotron

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Oui mais peut-être que le logiciel dont tu parles n'est pas gratuit.

    J'en reparle encore et pour ceux qui ont lu mes post sur la modélisation moléculaire je commence à devenir un peu rabajoie, mais le meilleur logiciel que je peux te conseiller c'est ChemSketch, performant et gratuit

    Explication de ce logiciel : Quand tu télécharge ChemSketch, tu ne télécharges pas qu'un seul logiciel mais plutôt un petit ensemble de 5 ou 6 (c'est un pack). Ce qui est bien c'est que lorsque tu es sur une application sous ChemSketch, tu peux basculer sur une autre application de ChemSketch qui te permet d'avoir des infos supplémentaires sur la molécule que tu étudie/modélise.

    Les logiciels : ChemSketch (éditeur de molécules), 3D Viewer (visualisation 3D des molécules crées sous ChemSketch), CNMR Viewer (spectre RMN C), HNMR Viewer (spectre RMN H), ChemFolder (exploitation de base de données de molécules téléchargeables dont une de 45000 molécules), ChemBasic (programmation je crois ).

    Voilà le lien : http://www.acdlabs.com/download

    Tu tombes directement sur la page de téléchargement, tu choisis ChemSketch 8.0 car moi j'ai réussi à avoir la version 9.0. mais j'y suis revenu il n'y a pas longtemps et ils l'ont enlevé, ya plus que la 8.0. qui est déjà bien. Tu tombes sur une page où il te demande de t'enregistrer ("register" en anglais), donc tu t'enregistres et après tu peux le télécharger gratuitement.

    PS : pour les molécules simples, c'est toi-même qui te les fait, atome par atome, mais il y a une fonction peptides builder où tu rentres ta séquence en acides aminés, tu valides, et lui te fait toute la structure moléculaire. Quand tu passes à la visualisation 3D de ton peptide, tu vois une magnifique hélice alpha! C'est dommage car on peut pas régler les angles dièdres donc au revoir les feuillets bêta, coude,....qui permettrait de faire de magnifiques protéines comme on en voit dans les bouquins de cristallographie.

    J'arrête de m'étaler. A+.
    les hommes veulent tout connaitre de l'univers,les XTsiens se contentent de l'observer

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Kjeldahl

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Je vais tester ca tout de suite merci (effectivement ChemOffice est loin d'être gratuit mais il y a toujours moyen de trouver!)

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  10. #7
    Seirios

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Serait-il possible d'avoir une explication de ce qu'il faut faire "en français" ? (il y a quelques trucs que je ne saisi pas)
    Merci d'avance

  11. #8
    shaddock91

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonjour

    En ce qui concerne la transcription de la nomenclature en formule développée (et réciproquement), à condition d'utiliser la nomenclature systématique (IUPAC ou CAS), je me suis servi du logiciel d'ACDlabs (impressionant).

    Il fonctionne très bien, même pour des molécules très complexes.

  12. #9
    synchrotron

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Pour répondre à ceux qui maitrisent pas trop l'anglais encore (PS : matière à ne pas négliger car les "vrais"articles scientifiques sont en anglais, et beaucoup de truc sur internet aussi), je vais vous guider un peu:

    Le lien que je vous ai donné envoit vers une page de téléchargement de tous les freewares(logiciels libres c'est à dire gratos) que la marque fournit. Le logiciel en question se trouve tout en haut de cette liste sous le nom de "ChemSketch 8.0". Vous cliquez sur ça. Une page s'ouvre avec plein de truc en anglais et un gros encadré stipulant(pour faire officiel ) "click here to download ChemSketch 8.0. freeware" ce qui veut dire "cliquez ici pour télécharger le logiciel gratuit ChemSketch 8.0.". Vous cliquez sur ça.

    Vous arrivez à une page où vous devez rentrer adresse mail et mot de passe, en dessous, il y a un encadré clignotant "click here to register", vous y cliquez.

    Vous arrivez à une page où on vous demande de saisir vos infos personnelles. Les champs marqués d'un point rouge sont obligatoires, les autres on s'en fout. Je vous fait la traduction dans l'ordre des champs obligatoires uniquement:

    Adresse mail et password vous savez ce que c'est!

    Your title : Votre titre : Mr, Mme, Dr, Pr
    First name: vous devez le savoir: prénom
    Last name: vous devez savoir aussi : nom de famille
    Compagny/organisation: nom de votre lycée ou université
    Job title : mettez "student" qui veut dire "étudiant"....
    Adress et City : vous avez compris
    Province/State: mettez votre ville, même si c'est destiné aux USA car le fait que la case reste vide, ça va pas lui plaire!
    country: France
    Phone: numéro de téléphone
    How did yopu hear about acdlabs : répondez "web search engine"

    C'est bon!!! Vous avez plus qu'à cliquer sur "submit form" tout en bas, les trucs à cocher ignorez les. Vous attérissez à une page "welcome to the club" vous faites partie de la grande famille d'acdlabs, c'est magnifique! Cliquez sur download page, la page sur laquelle vous êtes maintenant, allez tout en bas de la licence et cliquez sur "I accept". Vous arrivez à une page avec des trucs écris un peu partout, des chemSketch part 1, 2, 3, 4. Vous passez à côté et allez directement au tableau et cliquez sur ChemSk8.exe, à côté ya écrit 18,5 MB file. Quand vous avez cliquez un dialogue de téléchargement en Français vous demande de l'enregistrer ou l'ouvrir, c'est bon, j'ai plus besoin de vous guider pour la suite. Sachez être plus autonome la prochaine fois.

    PS : j'ai traduit des trucs de base en anglais malgré que je me doute que vous le savez, mais j'avais pas envie de revenir traduire, au moins c'est fait.

    PS2 : le logiciel est tout en anglais mais en ayant quelques bases de chimie et en cliquant à droite à gauche, on voit vite la fonction des boutons...
    les hommes veulent tout connaitre de l'univers,les XTsiens se contentent de l'observer

  13. #10
    Seirios

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Merci

  14. #11
    Hogoerwen'r

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Merci pour le logiciel, c'est super.

    Cordialement,
    Hogœrwen'r - ex-Yggdrasil-

  15. #12
    SkyNet

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Il y a aussi RasMol très simple

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  17. #13
    Hogoerwen'r

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Merci SkyNet.

    Cordialement,
    Hogœrwen'r - ex-Yggdrasil-

  18. #14
    G-Jule

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonjour,

    Je suis étudiant en Biotechnologie et je m'intéresse à la modélisation moléculaire. Pour cela je travail avec Pymol et VMD cependant je ne trouve pas de logiciel pour lire les fichiers .pdb ou .inp (juste pour lire le fichier sans modéliser). Je sais que chez mac il utilise un logiciel "Fraise", cependant je ne trouve pas l'équivalent sur windows. Quelqu'un aurait il un réponse à m'apporter?
    Merci..

  19. #15
    curieuxdenature

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonjour G-Jule

    bah tu sais en informatique il y a probablement un logiciel pour tout et n'importe quoi, encore faut-il le trouver. Mais bon, as-tu essayer d'éditer ces fichier avec le bouton droit de la souris ?
    Au cas où, un clic sur le fichier, ouvrir avec, choisir le programme, MFC wordpad.
    Si c'est un charabia indescriptible, t'as perdu...
    Si pas, encore faudra-t-il savoir interpréter les lignes de données affichées, parce que le programme code ces lignes à sa façon, et elle n'est pas forcément évidente à saisir.
    L'electronique, c'est fantastique.

  20. #16
    philou21

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonjour
    autrement openBabel va te permettre de convertir presque tout les formats.

  21. #17
    G-Jule

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Merci à vous deux,

    J'ai effectivement réussi à ouvrir mes fichiers avec word pad...
    Quand je pense que je cherchais depuis des semaines avec quoi ouvrir mes fichiers.

    Merci beaucoup curieuxdenature

  22. #18
    curieuxdenature

    Re : Logiciel de modélisation de molécules

    Bonsoir G-Jule

    c'est un réflexe de vieux curieux que j'utilise dans de nombreux cas, on a du mal à imaginer le nombre d'infos cruciales récupérées de cette façon.
    L'electronique, c'est fantastique.

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