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Modélisation molécules



  1. #1
    invite50625854

    Modélisation molécules


    ------

    Bonjour à toutes et tous,

    Voilà je souhaiterais simuler des molécules. Ce qui m'intéresse et d'obtenir les différents modes d'énergie des molécules dans la région 0.4 à 40 meV.
    Ces modes correspondent à des énergies de vibration, de rotation de l'ensemble de la molécule.

    Une recherche rapide sur FS m'a appris qu'il existait ce type de logiciel, comme ChemSketch ou ChemOffice, je connais aussi Gaussian.

    J'aurais voulu savoir si ces logiciels permettent d'obtenir la réponse (le spectre) dans ce domaine énergétique précis.

    L'idée de développer un soft spécialisé dans cette région du spectre m'attire. J'aurais voulu avoir votre avis sur les différentes hypothèse que l'on pourrait faire. Doit on passer pas Schrödinger et la mécanique quantique obligatoirement ? ou peut on simuler tout ça comme un système mécanique (ressort...) ? Car ce qui m'intéresse c'est vraiment l'ensemble moléculaire, et je pense que l'on peut faire plus simple que les orbitales et tout et tout.

    Merci pour votre réponse, je précise que je connais pas grand chose à la physique de la matière et en chimie, alors si c'est ce que je raconte est nul exitait pas à me dire pourquoi

    -----

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  3. #2
    obi76
    Modérateur*

    Re : Modélisation molécules

    Ben récupérer le spectre énergétique c'est une bonne idée, mais les énergies correspondantes aux translations, rotation et excitation ont un rapport de 1 à 1000... dur de faire un spectre avec ça

  4. #3
    philou21

    Re : Modélisation molécules

    bonsoir

    les seules réponses à peu près correctes sont données par des calculs quantiques ...

    et encore, pas trop d'atomes SVP...

  5. #4
    koni

    Re : Modélisation molécules

    Je pense que qaussian est le logiciel le plus adapté a ton problème il existe en version windows et linux et peut être couplé a chem3D.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    le poisson

    Re : Modélisation molécules

    Salut,

    je ne connais pas bien ces codes de chimie quantique mais ce qui est sur c'est que tu as besoin d'eux.

    C'est possible a faire en classique, mais ca ne sera pas bon !

    Je m'explique ton modele de ressorts et de "barre de torsion" aura comme caracteristique des constantes (raideur, torsion, etc...) qu'il te faudra trouver quelque part ! Et ce quelque part c'est a partir d'un code de chimie quantique, fit d'un certain nombres de parametres (energie, courbe de dispersion, etc...).
    Bon tu peux aussi faire confiance a des codes comme GROMACS (md/minimisation classique) pour lesquels les champs de force sont deja dedans... Mais bon ce ne sont jamais que des ajustements.

    Quant a ecrire ce genre de code... hum !!! As tu une idee du boulot que ca represente ? Enfin si tu as du temps.

  8. #6
    invite50625854

    Re : Modélisation molécules

    Merci à vous pour ces précisions.

    Donc pas trop possible de créer un code simple permettant d'obtenir des résultat convenable.
    Quant a ecrire ce genre de code... hum !!! As tu une idee du boulot que ca represente ? Enfin si tu as du temps.
    Je pensais cela possible avec une description classique, mais comme tu le dis, ou trouver les données ?

    Bon j'en resterais au soft déjà existant.
    Encore Merci

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  10. #7
    invite34596000666

    Re : Modélisation molécules

    Citation Envoyé par Youry Voir le message
    différents modes d'énergie des molécules dans la région 0.4 à 40 meV.
    Bah 40 meV, c'est pas beaucoup 300 cm-1… Quelques états rotationnels seulement.
    Tu peux même le simuler en classique Pas besoin de GAMESS ou Dalton pour ça (qui se focalisent plus sur les états électroniques)
    Dernière modification par invite34596000666 ; 30/11/2007 à 20h23.

  11. #8
    philou21

    Re : Modélisation molécules

    Citation Envoyé par guerom00 Voir le message
    Bah 40 meV, c'est pas beaucoup 300 cm-1… Quelques états rotationnels seulement.
    Tu peux même le simuler en classique Pas besoin de GAMESS ou Dalton pour ça (qui se focalisent plus sur les états électroniques)
    300 cm-1 tu es dans les états vibrationnels.
    Et là, il te faut l'énergie électronique pour connaitre le potentiel dans lequel bougent les noyaux, d'où l'intérêt de GAMESS et autre GAUSSIAN...

  12. #9
    invite34596000666

    Re : Modélisation molécules

    Citation Envoyé par philou21 Voir le message
    300 cm-1 tu es dans les états vibrationnels.
    Ah bon ?
    Pour énormément de liaisons, ça tourne plutôt autour de 2000 cm-1, les fréquences vibrationnelles.
    Faudrait plutôt que Youry nous donne plus de précisions sur ce qu'il veut calculer. On y verrait plus clair
    Dernière modification par invite34596000666 ; 30/11/2007 à 21h52.

  13. #10
    philou21

    Re : Modélisation molécules

    Citation Envoyé par guerom00 Voir le message
    Ah bon ?
    Pour énormément de liaisons, ça tourne plutôt autour de 2000 cm-1, les fréquences vibrationnelles...
    Les modes de déformation de la molécule ont des fréquences très faibles...
    On peut descendre 10 fois plus bas que les 300 cm-1.

  14. #11
    invite50625854

    Re : Modélisation molécules

    Faudrait plutôt que Youry nous donne plus de précisions sur ce qu'il veut calculer. On y verrait plus clair
    Oui, bien je cherche à trouver le spectre d'absorption des molécules dans le domaine énergétique 0.4 meV à 40 meV. Je sais déjà déjà que ce type de vibration correspondent à certaines vibrations, rotations de l'ensemble d'une molécule. Je cherche donc les différentes résonances des molécules pour le domaine fréquenciel 3.3 à 333 cm-1.
    Je pensais que comme c'est l'ensemble de la molécule qui m'intéresse qu'une description classique voir semi-classique aurait pu suffire.

    Existe il des datas permettant de simuler les liaisons sous forme de rotules, glissière... avec les coefficients de rappel ?

    Il semblerait que ceux type de description soit vain, donc bon... Je vais voir pour Gamess, mais existe il des soft en free qui pourraient convenir pour mon application ?

    Et merci,

  15. #12
    philou21

    Re : Modélisation molécules

    bonjour
    c'est quoi comme genre de molécules ??

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  17. #13
    invite50625854

    Re : Modélisation molécules

    Du genre glucose... La famille de la chimie organique.

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