Enzymes biochimie

[invite2ba6b314]

bonjour, je dois rendre un td en biochimie sur les enzymes mais je ne comprend pas le cours et je suis bloqué, j ai réussi a faire les deux premiers exos mais les deux derniers je bloque. pouvez vous m aidez ou me donner une astuce ou une piste pour que je ne rende pas feuille blanche svp

énoncé: L malate + NAD + flèche oxyloacétate + NADH+H+
la vitesse de réaction a été étudiée en concentration saturante de maltate et pour une concentration fixe en enzyme. pour différentes concentrations initiales en NAD+ la densité optique a 340 nm a été mesurée en fonction du temps
DO 340 nm
[NAD+] temps 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0
1.5 0.033 0.056 0.079 0.102 0.122 0. 138
2.0 0.036 0.063 0.089 0.116 0.138 0.154
2.5 0.040 0.069 0.099 0.128 0.150 0.168
3.33 0.043 0.075 0.108 0.140 0.163 0.175
5.0 0.047 0.084 0.121 0.158 0.177 0.184
10 0.052 0.095 0.137 0.180 0.192 0.200

question: calculer Km et Vmax

pour moi il fallait tracer le graphique représentant la variation de la vitesse en fonction de la concentration pour obtenir vmax (plateau) et en déduire Km en faisant Vmax/2 mais je suis bloquée car je n ai pas la vitesse mais la densité optique et la seule relation que je connais avec c est do= epsilon * l * c ce qui ne m aide pas beaucoup !
si vous pouvez m aider svp merci d avance
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[Neon20]

Bonjour,

V0 = (Δ [NADH]formé) /Δt = (Δ[NAD+]consommé)/Δt

Loi de Beer-Lambert: A= εl([NADH]formé)
ΔA/Δt = εl(Δ [NADH]formé) /Δt
donc V0 = (ΔA/Δt)/ εl

ΔA/Δt est le coefficient directeur de f(t) = A.

[invite2ba6b314]

bonjour, merci beaucoup pour votre aide et votre réponse mais je ne comprend pas pourquoi on fait ces calculs alors que l on cherche km et Vmax. je crois que je n ai pas bien compris, Vo= Vmax ?

[invite2ba6b314]

pour moi il fallait peut etre tracer un graphique et determiner Vmax et Km a partir de la droite mais je n y arrive pas

[A voir en vidéo sur Futura]

[Neon20]

je crois que je n ai pas bien compris, Vo= Vmax ?

Les Vo sont tes vitesses initiales.

Une fois que tu auras calculé toutes tes Vo à l'aide de tes données et des infos que je t'ai fournies dans mon commentaire précédent. Tu pourras déterminer Vmax et Km en utilisant, par exemple, la représentation de Lineweaver-Burk f(1/[S]) = 1/Vo.

[invite2ba6b314]

d'accord merci beaucoup

[HarleyApril]

Bonsoir

J'ai regardé ça de plus près. Tu vas voir qu'il y a une partie linéaire dans tes courbes, tu pourras en tirer des pentes proportionnelles aux vitesses initiales. Ensuite, Lineweaver Burk te donneras une belle droite.

Par contre, il reste le problème de epsilon qui manque

[invite2ba6b314]

oui ca ne marche pas car il manque epsilon

[Neon20]

Il est donné dans ce document:

http://www.med.upenn.edu/ostaplab/do...asurements.pdf

Je ne vois pas d'autres manières pour arriver à calculer km et Vmax à partir des absorbances.

[Flyingbike]

oui le epsilon du NADH est un grand classique, il devrait être donné car indispensable. Au pire il se trouve facilement mais on ne peut pas le deviner....

[invite2ba6b314]

je sais pas si j ai très bien compris votre calcul
par exemple pour le premier je fais
Vo= 0.033/0.5/6620/1 puisque epsilon 340 nm = 6220 M-1cm-1
ou alors est ce que je calcule delta A / delta = epsilon*l*[NADH] formé / dt ce qui me donne 6620 *1*1.5 / 0.5 pour le premier calcul ou pas du tout ? je ne comprend pas trop

[Neon20]

Tu es étudiant en quelle filière?

étape 1: déterminer tous les ΔA/Δt. Pour ce faire, tu traces la fonction f(t)= A pour chaque ligne de ton tableau, pour trouver les ΔA/Δt correspondant à chaque [NAD+]. Les ΔA/Δt sont les coefficients directeur de la tangente à l'origine.

étape 2: diviser les ΔA/Δt par εl pour obtenir les Vi (attention aux unités!) correspondant à chaque [NAD+]

[NAD+]=[L-malate]=[S]

étape 3: tracer f(1/[S]) = 1/Vi. Déterminer l'ordonnée à l'origine 1/Vmax et en déduire Vmax. Déterminer la pente Km/Vmax et en déduire Km.

[invite2ba6b314]

je suis en license 2 année de biologie
d accord merci pour votre réponse mais quand vous parlez tracer f(t) =A je prend les valeurs dans le tableau de temps en abscisse et les valeurs de do 340 nm en ordonnée?

[Neon20]

d accord merci pour votre réponse mais quand vous parlez tracer f(t) =A je prend les valeurs dans le tableau de temps en abscisse et les valeurs de do 340 nm en ordonnée?

Oui, c'est cela.

[invite2ba6b314]

j ai trouvé 1/vmax = 6.1 donc v max = 1/6.1 est ce que ca vous semble correct mes résultats ?

[Neon20]

j ai trouvé 1/vmax = 6.1 donc v max = 1/6.1

En quelle unité? En pommes de terre?

[invite2ba6b314]

en unité international