Devoir pymol

[invited0f2dc32]

Salut
J'ai un travail à rendre vendredi et utilisant l'interface pymol. Je voudrais savoir si quelqu'un peut m'aider car j'ai du mal?
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[Kemiste]

Bonsoir.

Je ne connais pas cette interface mais il faudrait peut être que tu donnes des détails supplémentaires sur ce que tu veux faire.

[invite3e6c5e0c]

Bonjour,

C'est un logiciel de visualisation moléculaire http://www.alchem.org/IMG/PymolIntroduction.pdf

Tu as besoin d'aide pour quoi exactement ?

[invited0f2dc32]

Oui bien sûr. Je précise que normalement nous sommes censés faire ce travail avec l'aide de notre enseignant et sur des ordinateurs de notre campus mais ma session rencontre un problème et même lui n'a su le résoudre -_- Je suis donc livré à moi même et je suis dégouté. Bref... Je vous préviens : le devoir est relativement long.
Alors voici le fichier texte avec quelques instructions et ce qui est demandé.

Etude des structures deArf1 issues de la pdb.

a. Aller sur le site de la pdb, rechercher les structures d’Arf1 liées au GDP/GTP
1U81, 2K5U et 2KSQ. Nous allons utiliser ces 3 structures pour se familiariser avec un fichier d’une structure tertiaire et le programme de visualisation Pymol.
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Lire et explorer la page pour 1U81. Observer les différentes parties de la page (littérature, macromolécules, séquences etc. N’hésitez pas à cliquer sur des sous menus notamment le ‘Sequence display’). Vous pouvez accéder aussi au résumé ‘abstract’ de l’article sur PUBmed.
Liser les ! Cela facilitera la réalisation du TD. En cas de non compréhension, posez des questions.
Décrire brièvement le contenu de chaque fichier (protéine, ligand, cofacteur, solvant, méthode structurale utilisée).

Ma réponse (je ne vous présente que pour le premier cas) :

1U81 : protéine : ADP-ribosylation factor 1 ; ligands : GDP et ...magnésium ; cofacteur : je n'en vois pas ; solvant : eau? ; méthode structurale utilisée : RMN

2K5U :

2KSQ :

Ouvrir PYMOL. Dans l’écran Pymol Molecular Graphics System (GS), dans le menu Plugin, utiliser le ‘PDB loader service’ pour télécharger les 3 structures d’Arf1. Les 3 structures sont représentées dans la fenêtre graphique (FG).

REMARQUE IMPORTANTE : Sauver votre travail régulièrement sous forme de session .pse. Il n’y a pas de UNDO ! Un fichier .pse permet de repartir de l’endroit de la sauvegarde.

Centrer les 3 structures sur 1U81. Pour cela, à droite de la FG dans le menu Action de l’objet 2K5U : Action/align/to_molecule/1U81. Refaire pareil pour 2KSQ, toujours sur 1U81. Noter que pour chaque objet (nombre indiqué), plusieurs structures sont disponibles. Vous pouvez visualiser ces différentes structures en cliquant sur la flèche en bas à droite de l’écran. Faites cela pour les 3 structures. Revenir sur la structure 1 à la fin.

Expliquer pourquoi nous avons plusieurs structures possibles :
Pas vraiment d'idée :/

Préparer chaque objet pour une meilleure visualisation (représentation+couleur). Pour cela : ALL/ACTION/preset/publication. Puis pour les couleurs, pour chaque objet, COLOR/RED puis GREEN et BLUE.
Masquer les objets 2K5U et 2KSQ (clic sur objets). Puis, pour 1U81, SHOW/lines et color/by element. Choisir la 1em ligne pour les couleurs. Si besoin ultérieur, vous pouvez faire disparaitre la représentation ‘Lines’ dans le menu Hide (H).

Voyez-vous des atomes d’hydrogènes ?
Ma réponse : Non et d'ailleurs je ne comprends pas pourquoi car d'ordinaire on ne voit pas les atomes d'hydrogène lorsque la méthode de visualisation est la cristallographie et non la RMN...

Je continuerai ce soir*

[A voir en vidéo sur Futura]

[invited0f2dc32]

Personne...? :/
J'attendais votre aide pour poursuivre...