Base de données chimiques ?

[Pim109]

Bonjour tout le monde. Je suis à la recherche d’un logiciel ou d’une base de données 3D, recensant tous les assemblages de molécule. De l’assemblage de molécule le plus simple à l’assemblage le plus complexe.
J’aimerais connaître combien de types de molécules il y a dans une cellule, un organe, un corps humain, du bois, du pain… ainsi que leurs proportions. Mais aussi connaître la manière dont elle s’assemble entre elles pour créer des systèmes aussi complexes.
Des idées ?

Merci beaucoup.
Un curieux
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[champetre]

Bonjour,

Des idées ?

Oui : ce que tu demandes est totalement hors de notre portée par la quantité de données que tu évoques, même sans parler des assemblages.

[Pim109]

Oui mais hors du champ des supercalculateurs, nous avons bien une idée à une échelle moindre ?
Ex: Qu’elles sont les molécules du pain, comment s'assemble-t-elle entre elles pour former une tranche. Sans formaliser la tranche en entier.

J'ai trouvé ça : http://www.crystalmaker.com/crystalviewer/index.html
Mais c'est payant et je me demande jusqu'où ils ont poussé la composition des assemblages complexes.

[Kemiste]

Bonjour.

La base de donnée que tu donnes en lien référence les structures cristallines de composés "simple". C'est la représentation d'une molécule ou d'un "sel" et son organisation en phase cristalline. Il n'y a pas d’interactions avec d'autres structures. Tu peux également trouvées des bases de données de la structure cristalline de protéines. Ce que tu demandes toi par contre est beaucoup plus complexe et, à ma connaissance, aucune base de données ne rassemble tout ça.

Si on reprend ton exemple du pain, on a une structure qui n'est pas cristalline et qui peut donc prendre beaucoup de formes différentes. On ne pourra jamais dire avec précision comment sont organisées les molécules, même au sein d'une même tranche. C'est pour cela que les bases de données sont sur des structures cristallines. Il y a une organisation et un motif qui se répète donc on peut décrire une structure à grande échelle.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Pim109]

Merci Kemiste, donc pas de base de donnée pour les interactions entre structures différentes ? Même sans les formaliser en entier ?

[Kemiste]

Le problème est que les interactions vont dépendre de la forme que va prendre chaque structure. On ne peut pas donc pas avoir une interaction donnée et unique entre une structure A et une structure B. Imaginons un structure totalement amorphe A et une structure B cristallisée, les interactions ne seront pas identiques en tout point de B même si B est composé d'un motif unique qui se répète parce que la forme de A peut être totalement différente selon le point de A. Si A et B sont amorphes, cela complique encore plus les choses. Dans le cas des interactions récepteurs/molécules par exemple, elles ne sont déterminées que sur des structures qui ont été cristallisées.

[Pim109]

Intéressant. N'y a-t-il pas des modèles d'assemblage type ? Pas de redondances qui peuvent aboutir à un standard ?
Comment expliquer que le pain d'une boulangerie à une autre aura la même consistance et un goût similaire; malgré l'imprédictibilité des assemblages ?

[gts2]

Comment expliquer que le pain d'une boulangerie à une autre aura la même consistance ...

Là j'émets quelques doutes ...

[Pim109]

Oui, mais on ne se trompera pas entre du pain et une tourte aux champignons. Voilà où je voulais en venir.
Il y a des types d'assemblages qui sont redondants, même si pas exactement identiques non ?

[Kemiste]

Pour des structures non cristallisées, il ne peut pas y avoir de standard vu que la structure va dépendre de nombreux paramètres qui ne sont pas toujours maitrisés. Si on reprend l'exemple du pain, la consistance global peut sembler identique mais si on regarde un tranche de pain, des structures différentes sont présentes. Une fournée à l'autre, les alvéoles ne seront pas identiques non plus même si, en apparence, les conditions pour faire le pain sont identiques. Il faudrait maitriser les conditions avec une extrême précision pour pouvoir modéliser l'organisation de la matière.

[Pim109]

Serte, les pains seront tous différents… les alvéoles seront uniques, mais elles resteront des "alvéoles". N'y a-t-il pas des "tendances" d'assemblage référencé ? Si tout était aléatoire, rien n'empêcherait que mon pain soit liquide à la sortie du four un jour et l'autre à l'état gazeux (à recettes de cuisine identiques). Les assemblages doivent forcement suivre une tendance logique, même si jamais identique.