Actu - SARS-CoV-2 : les tests sont-ils fiables ?

[invite94355a9b]

Les tests de dépistage*utilisés actuellement pour détecter la présence du SARS-CoV-2 chez les patients sont-ils fiables ?*

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[jml34]

Voici ce que j'ai trouvé sur les tests.

A) Tests PCR (présence de l'ARN viral)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32087623
Étude chinoise, y'a que l'abstract en anglais
54 patients diagnostiqués Covid sur base clinique si je comprends bien.
RT-PCR → 31 ARN+, 23 ARN-
Pas de différence clinique entre les deux groupes (un peu plus de dyspnée sur ARN+)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32114193 (abstract seul quand, comme moi, on n'a pas accès au journal)
19 cas suspects, 9 seulement ARN+. 3 kits de labo différents donnent les même résultats. Les auteurs pensent que les 10 autres sont aussi Covid et proposent d'utiliser chest CT (scanner torse) + PCR pour diagnostic.

Interprétation 1 : les patients concernés expriment le virus, le test PCR est peu sensible.
Si tous les patients sont covids 10+23 / 54+19 -> 34-57% IC95 de faux négatifs.
Il faudrait alors comprendre d'où vient un taux de faux négatifs aussi élevé.
Ce taux pourrait-il être encore plus élevé sur des cas suspects peu symptomatiques ? Cela risque de compliquer les stratégies de déconfinement, de test du personnel soignant symptomatique etc.

Interprétation 2 : les ARN- sont surtout des vrais négatifs, la sensibilité du test (quoi qu'on ne soit guère avancé sur ce qu'elle puisse être) n'est pas catastrophique.
Cela voudrait dire que le tableau clinique des patients manifestement covidés, dans un état plus ou moins grave, n'est pas dû au fait que le virus est toujours actif, mais est la conséquence de l'action antérieure du virus sur des patients en grande partie guéris du virus en soi. L'activité faible du virus fait qu'il est difficile d'avoir un prélèvement positif.
Il n'y a plus besoin d'expliquer pourquoi les tests PCR seraient aussi mauvais dans le cas particulier du SARS-CoV-2 et ces tests peuvent être employés comme n'importe quel test PCR.

Conséquences défavorables de l'interprétation 2 : les traitements antiviraux seraient moins utiles quand le tableau atteint un certain niveau de gravité, ce qui remet en question la pertinence de la stratégie des tests thérapeutiques engagés actuellement (je pose ça comme ça sans recul sur cette question).

Je ne sais pas quoi penser de la publi medrxiv donnée dans l'article FS, qui analyse 866 prélèvements sur 213 patients faits entre le 11.01 et le 03.02 et essaye d'être plus précise sur le lieu du prélèvement qui a des chances d'être positif. Ce qui me frappe en premier, c'est la date. Comme pour les études que j'ai regardées, ces données sont "anciennes".
Des dizaines de millions de kits ont été produits entre-temps, il y a bien quelqu'un quelque part qui a réussi à en faire quelque chose ?

B) Test d'anticorps

https://fr.wikipedia.org/wiki/Test_d..._du_SARS-CoV-2
« La Chine a annoncé qu'elle produisait chaque jour 1,7 million de tests à base d'acide nucléique et 350 000 kits de test d'anticorps au 25 février 2020. »
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/...1002/jmv.25727
« The overall testing sensitivity was 88.66% and specificity was 90.63%. »
Vous trouvez normal d'annoncer des résultats à 4 chiffres significatifs sans aucun intervalle de confiance ???

Je voudrais savoir à quoi il sert de produire autant de kits quand la spécificité n'est que de 90%. Est-ce destiné à renforcer un diagnostic sur des cas suspects (qui pourraient avoir fait des faux positifs ou négatifs au PCR) ?
Parce que s'il s'agit de dépister une population, 10% de faux positifs ne vont pas nous permettre de conclure quoi que ce soit. (Sauf à (in)valider des études épidémio, comme celle qui dit qu'il y a 20% de cas à Wuhan City avec un R de 5 pré-confinement et une mortalité faible.)

Conclusion Dans les articles de presse, et même dans des communications en provenance d'instances médicales, "test" est un mot magique, supposé 100% fiable, et dont il est rarement précisé s'il s'agit d'un test ARN ou anticorps.
Pourtant à l'heure où les données contradictoires fusent et où les scénarios les plus extrêmes (dans les deux sens) sont véhiculés jusqu'aux yeux du public confiné, il devient urgent de sortir de la magie et de clarifier ce que peuvent ou non faire les tests.
Je remercie FS d'aborder la question, et j'espère que vos journalistes ne vont pas lâcher le morceau, parce que cette mise en bouche me laisse sur ma faim !
Des tests de toutes sortes sont développés partout, mais on ne sait pas ce qu'ils font...

[myoper]

Il faudrait alors comprendre d'où vient un taux de faux négatifs aussi élevé.

Salut et sans entrer dans le détail, hier, à la télé, ils était bien présenté la façon de faire un prélèvement nasal et non pas rhino-pharyngé (10 à 15 cm plus loin), nécessaire à une détection correcte. Alors si un nombre suffisant de préleveurs laissent l'écouvillon les FN, pas mal de diagnostics passeront à l'as...

[vep]

Mais c'est quoi cette photo ????

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bounoume]

bonjour, sur le FOND..... je vais te faire une réponse toute théorique..... basée sur des connaissances de base, encore valables j'espère:

le diagnostic d'une infection par recherche d'anticorps:

méthode connue depuis le siècle dernier.... et même quand je faisais mes études.....
on se débrouille pour faire une préparation (extrait de bactérie, de virus, ou autre truc nocif...) , on purifie, et on diffuse des kits de test contenant l'antigène (exemple: tests ELISA)

Lors du test, on révèle la formation du complexe antigène(artificiel!) et anticorps produits par le malade.... (prélevé à partir de sérum le + souvent...)
Si la méthode de révélation (précipité, fluorescence ou autre.... ) donne un résultat positif..... (souvent quantifiable)
ça veut dire que le sujet a rencontré l'antigène.... donc la bactérie, le virus...etc. ... OU une autre bactérie, virus, bestiole.... qui présente/contient le même antigène.....
donc parfois des faux positifs, qui sont prévisibles en connaissant bien la composition antigénique des bestioles voisines....

MAIS la rencontre peut avoir eu lieu... il y a 20 ans, il y a 30 jours, ou moins.......
SI on veut savoir si c'est franchement récent ou plutôt ancien..... et si il n'y a pas urgence, on fait la recherche de la montée des anticorps: refaire un prélèvement dans les 3 semaines:
SI le taux d'anticorps a franchement augmenté entre les 2 prélèvements, c'est, avec certitude, que l'infection est très récente.
SI le taux d'anticorps est à peu près stable (et pas extrêmement élevé) c' est, avec certitude aussi, que le sujet n'a pas rencontré récemment le virus, bactérie ou autre chose dont on recherche l' infestation ...
L'inconvénient majeur de cette procédure discriminante est qu'il faut attendre environ 3 semaines pour savoir....

Dans le cas de notre copain SARS-CoV-2 l'inconvénient est tout autre, et il est rédhibitoire:
Les anticorps sont produits en réaction à la reconnaissance de l'antigène par l'organisme: mécanismes complexes, et pas du tout instantanés....
L'apparition des anticorps est RETARDEE par rapport à la contamination, et même par rapport aux premiers signes cliniques.

Donc la recherche d'anticorps se positive trop tard pour détecter les infections au début (donc à la fois pour isoler les contacts avant qu'ils deviennent contagieux , et pour faire un traitement antiviral précoce... si il y en a un......)
alors.. on fait quoi?

Le diagnostic précoce d' une infection:

Quand l'agent est une bactérie ou une levure, ou un parasite,... tout bêtement.... on cherche la bactérie elle-même (au microscope ou par culture), ou on identifie des "morceaux" de bactérie, dont éventuellement son ADN..... ou même une signature par ses produits métaboliques....)

Pour le copain SARS.... qui est un virus......
sachant dans quels tissus il commence à proliférer, on va en prélever des parcelles, puis le mettre en évidence lui-même dans les cellules (on pourrait pêut-être théoriquement voir le virus au microscope électronique, mais c'est irréalisable en dépistage...), ou alors il y a la recherche de son ARN là la Rt-PCR est à la fois spécifique... et, selon mes lectures, très sensible....

Pourtant il y aurait [trop] des faux négatifs???? (ou des mauvais prélèvements???? ........ou des interprétations erronées ???? *)
A suivre...


* prélèvement tardif, quand la charge virale a été très diminuée par la réaction de défense de l'hôte.... et que cette réaction dérive vers 'cytokine storm' + ARDS ??????

[Flyingbike]

Bonjour

Cela est toujours tout à fait valable.

Cependant, pour le diagnostic immunologique, en plus des anticorps dirigés contre un pathogène, on a aussi la possibilité de détecter directement les antigènes, ce qui en fait une méthode directe (indépendante de la réaction immunitaire de l'hôte). Je ne sais pas exactement pour quels pathogènes c'est utilisé, mais ça l'est pour les rotavirus, certains ELISA VIH, HHV...

Concernant la PCR, c'est effectivement théoriquement très sensible (on peut détecter une molécule d'ADN, théoriquement).

Pour tous ces tests, même si la PCR est théoriquement la plus sensible, la sensibilité réelle ainsi que la spécificité dépendent du pathogène ET des réactifs utilisés

(je suis surpris néanmoins du taux de faux négatifs annoncés pour Covid-19, faudrait que je cherche des détails)

[Bounoume]

bonjour Flyingbike,
aux actus françaises, ils parlent d'un nouveau test 'rapide' (je crois avoir entendu 'en une heure?)
C'est quoi ce truc ?
tu en as entendu parler?

[Flyingbike]

Bonsoir


C'est probablement un test sérologique rapide comme les tests de grossesse ou les tests VIH a faire chez soi. Qui détecte donc les anticorps ou les antigènes. Je n'en sais pas plus mais je vais regarder

[jml34]

Merci Bounoume pour les efforts, mais je savais en grande partie tout ça...
Mes interrogations sont

1) Que se passe-t-il avec les tests PCR ? Y a-t-il un problème de faux négatifs parce que trop de mauvais prélèvements (serait non spécifique Covid ; solution : mieux s'assurer que ceux qui les font ne font pas n'importe quoi), ou parce que le SARS-Cov-2 a une fragilité particulière et se dégrade entre le prélèvement et le début du test (j'ai vu qu'il y a une publi chinoise là-dessus, mais j'ai même pas réussi à télécharger plus de 100ko du préprint sur le site chinois... ; solution : mieux organiser les prélèvements pour ne les faire que quand on peut les envoyer rapidement au labo où ils n'auront pas longtemps à attendre), ou parce que certains gènes cibles sont instables (mauvaise cible pour le test), ou pour une autre raison ? Ou s'agit-il surtout de vrais négatifs, auquel cas il y aurait fréquemment des virémies basses sur patients symptomatiques, ce qui aurait certainement des conséquences sur la conduite à tenir, pose la question de la détection des covidés peu symptomatiques, et en tout cas n'est pas une notion mise en avant actuellement ?
Il paraît tout de même crucial de savoir si "ARN-" est bien une bonne approximation de "non contagieux". Peut-on se baser sur les résultats de la Corée pour se dire que ça doit être "oui" ? Auquel cas il s'agirait de plutôt de vrais négatifs (virémie basse ou nulle).

2) Un test sérologique sélectif à 90% sert-il à quelque chose et si oui à quoi ? (10% de faux positifs me semblent difficile à exploiter, ou alors on a un deuxième test séro derrière, ou encore on fait plusieurs tests espacés et il y a une manière d'interpréter les variations du taux d'anticorps ?)
Il paraîtrait tout de même intéressant d'avoir des assignations particulières de personnels protégés par leurs anticorps...

Questions annexes : où y a-t-il des données récentes ? (à part ce que publie l'équipe du Pr Raoult, ça c'est facile à trouver D'ailleurs à ce sujet je veux bien me faire expliquer ce qu'apporte un test de mise en culture du virus.)
Au non-spécialiste de ces domaines, ce que l'on peut trouver en essayant de creuser ces questions donne l'impression qu'il n'y a pas d'effort coordonné de hautes instances médicales (OMS ou autre) pour tester les tests, qu'il y a juste des petites équipes qui bricolent dans leur coin avec quelques données qu'elles peuvent récupérer autour d'elles.

[Flyingbike]

D'ailleurs à ce sujet je veux bien me faire expliquer ce qu'apporte un test de mise en culture du virus.)

C'est un test fonctionnel. Il montre que le virus est là ET qu'il est infectieux.

En PCR, on détecte l'ARN, mais ça peut venir de particules virales infectieuses ou non, ou même d'ARN libres

[Bounoume]

les tests dits 'rapides'
j'ai trouvé
-plein de kits pour détecter les IgG/IgM,
-des annonces d'automates plus rapides pour la PCR (de mémoire: Roche, Mérieux?)
il y a ça qui fait le point:
https://expertadn.fr/vers-un-test-ra...irus-covid-19/
et ça (la télé a cité le nom du fabricant.... donc super!)
https://www.lelezard.com/communique-19188578.html mais ça ressemble encore à de la PCR....

Il paraîtrait tout de même intéressant d'avoir des assignations particulières de personnels protégés par leurs anticorps...

ça, c'est certain!
En principe, ils sont immunisés... mais très fatigués si ils ont eu l' infection avec les symptômes habituels....


Pour ce qui est des faux négatifs non expliqués par un mauvais prélèvement, j' ai (en petits caractères) déjà donné une explication très personnelle pour une circonstance particulière:
malades qui s'aggravent soudain: le prélèvement est fait au stade tardif, quand la charge virale a été très diminuée par la réaction de défense de l'hôte....
malheureusement la réaction a eu le temps d'être très excessive et au stade où on voit le sujet, on est arrivé au stade du 'cytokine storm' + et du SDRA==ARDS, alors que il n'y a plus (ou presque plus) de virus dans les cavités nasales où se fait le prélèvement habituel même si on en trouverait peut-être encore par prélèvement bronchique ou alvéolaire

[jml34]

Merci FlyingBike.

@Bounoume
Je ne sais pas pourquoi tu parles des cytokine storm en petits caractères, il s'agit d'une cause de décès solidement documentée.
Causes de décès que j'ai vues, compatibles avec une disparition du virus : cytokine storm ; infection secondaire ; tissu alvéolaire (et j'imagine d'autres tissus/organes) trop endommagé. À l'inverse, si je comprends bien, les myocardites fulminantes supposent une activité prolongée du virus.

Si tu veux dire que l'hypothèse par défaut est que les tests PCR fonctionnent normalement (et j'imagine que c'est ce que font les praticiens : plus d'antiviraux sur les patients ARN-), OK, c'est mon interprétation 2 du début, qui est l'hypothèse qui arrange tout le monde, notamment les utilisateurs des tests rapides qui arrivent. Avec juste le petit souci, actuellement véhiculé par un personnage très médiatique, qu'il serait alors fréquent que les cas graves n'aient rien à espérer d'un antiviral.

https://expertadn.fr/vers-un-test-ra...irus-covid-19/

Avec la course aux tests, je crains que l'objectif "beaucoup de tests" ne fasse disparaître la question de la fiabilité sous le tapis.
PCR simple est évidemment plus rapide que RT-PCR.
Nous avons besoin d'un test ARN pratique à grande échelle, du moment qu'il fait suffisamment peu de faux négatifs, on peut orienter les positifs sur un meilleur test.

« Le test [bout du doigt] permettra aux docteurs et infirmières de revenir travailler s’ils ont déjà eu le virus, avec l’assurance dès qu’ils auront développé assez d’anticorps. » L'assurance qu'ils ne font pas un faux positif, je me demande d'où elle vient...

https://www.lelezard.com/communique-19188578.html mais ça ressemble encore à de la PCR....

Ça ressemble surtout à la comm' du fabricant...

En principe, ils sont immunisés... mais très fatigués si ils ont eu l' infection avec les symptômes habituels....

Ceux qui ont fait un PCR+ savent qu'ils ont guéri du covid (peu de faux positifs). Mais une majorité a eu des symptomes faibles, peu spécifiques, et je ne crois pas que beaucoup de tests PCR aient été faits. Ça fait peu de monde. Mais si tous ceux qui ont fait un truc à un moment passent un test séro, les 10% de faux positifs du test chinois posent problème. Le taux d'attaque sur personnel soignant est probablement plutôt élevé mais on ne connaît que peu d'immunisés. Spécificité des tests séro qui arrivent ? Mystère...

[Bounoume]

« Le test [bout du doigt] permettra aux docteurs et infirmières de revenir travailler s’ils ont déjà eu le virus, avec l’assurance dès qu’ils auront développé assez d’anticorps. » L'assurance qu'ils ne font pas un faux positif, je me demande d'où elle vient...

aucune assurance.... on peut seulement connaître la probabilité de faux positif (réaction croisée avec infection ancienne par autre virus )..... donc la probabilité de l' absence de protection réelle, bien sûr

Spécificité des tests séro qui arrivent ? Mystère...

Lorsque c'est possible, une 2 ènme mesure avec montée des anticorps entre 2 mesures serait discriminante.... et améliorerait la sécurité....

[jml34]

Autre question sur les tests PCR : je lis que les limites théoriques sont quelque chose comme 5 ARN.
Mais est-ce qu'un prélèvement ne pourrait pas être bruité parce qu'un virus bénin se retrouve en beaucoup d'exemplaires dans le prélèvement ?
Est-ce que la limite théorique est quelques brins d'ARN seuls dans l'échantillon, ou ajoutés à des prélèvements lambdas qui contiennent du matériel génétique ?
Il y aura d'autant moins de copies de l'ARN (enfin, ADN) cible que les réactifs sont occupés à copier autre chose.
Logiquement cela devrait être une source de faux négatifs mais je n'ai pas vu la co-infection citée comme source potentielle de faux négatifs...

[Flyingbike]

Autre question sur les tests PCR : je lis que les limites théoriques sont quelque chose comme 5 ARN.

il n'y a pas vraiment de limite théorique, et c'est contexte dépendant. sur un échantillon pur la limite de détection est 1 molécule, et ça se complexifie quand l'échantillon devient complexe (autres ADN/ARN, protéines...)

Mais est-ce qu'un prélèvement ne pourrait pas être bruité parce qu'un virus bénin se retrouve en beaucoup d'exemplaires dans le prélèvement ?

La PCR est spécifique. Le "bruit" n'est pas nécessairement lié à un virus, mais aux autres acides nucléiques en général. Evidemment, si la PCR est mal pensée et qu'il y a de nombreux acides nucléiques proches, ça n'aide pas.

Est-ce que la limite théorique est quelques brins d'ARN seuls dans l'échantillon, ou ajoutés à des prélèvements lambdas qui contiennent du matériel génétique ?
Il y aura d'autant moins de copies de l'ARN (enfin, ADN) cible que les réactifs sont occupés à copier autre chose.
Logiquement cela devrait être une source de faux négatifs mais je n'ai pas vu la co-infection citée comme source potentielle de faux négatifs...

plus l'échantillon est complexe (et c'est le cas pour un prélèvement naso-pharyngé), plus il est difficile de sortir un signal spécifique du "bruit de fond", plus la limite basse de détection augmente et plus le risque de faux négatif augmente.

[jml34]

Merci Flyingbike.
J'ai vu des virémies exprimées en ARN/cellule. Ça veut dire que les échantillons sont observés au microscope pour compter une concentration en cellules ?
Je me demande dans quelle mesure le test est opérateur-dépendant, et quelles sont les consignes. A priori, plus de sadisme dans la manipulation de l'écouvillon → plus de cellules épithéliales récupérées et plus de cellules lysées qui répandent leur contenu. Je n'ai pas de notion des ordres de grandeurs (quantité d'ARN qui traine librement ou dans un virus dans le milieu extracellulaire, ARN cellulaire ou viral dans le cytoplasme d'une cellule saine ou infectée etc.) ni de l'objectif de la technique (casser des cellules parce qu'on cherche une infection et qu'on veut éviter un faux positif de quelques ARN qui auraient été respirés ?). Je me demande aussi si les ADN ou ARN libres sont mis hors jeu avant de casser les enveloppes virales et d'ajouter la transcriptase inverse.

Plus prosaïquement, s'il y a de bonnes et mauvaises techniques de prélèvement, étant donné le contexte de suspicion de faux négatifs, ne devrait-il pas y avoir maintenant un faible taux de mauvaises techniques ? Ou bien c'est quelque chose qui demande beaucoup d'expérience pour être réalisé correctement ?

[minushabens]

à mon avis ils extraient tout l'ARN du prélèvement, et ce qui est mesuré c'est la proportion d'ARN viral par rapport l'ARN total. Ensuite on doit avoir une idée de la quantité moyenne d'ARN dans une cellule, ce qui permet de parler de quantité d'ARN viral par cellule.

[Flyingbike]

de ce que j'ai compris; ce test n'est pas vraiment quantitatif, et il n'y a pas de normalisation par rapport à la quantité de matériel biologique prélevé, puisque les résultats qu'on peut croiser dans les publis sont des Ct bruts. C'est donc plutôt qualitatif = virus détecté ou virus non détecté

[JPL]

Plus exactement ARN viral détecté, même si le virus est déjà dégradé. Autrement dit il peut y avoir de faux positifs. Par ailleurs on sait qu’il y a un nombre non négligeable de faux négatifs.

[Flyingbike]

Oui évidemment, merci de la rectification
ARN viral détecté ou non détecté

[Erj]

Dans l'article il est dit, je cite, "La sensibilité (ne pas avoir de diagnostic erroné : faux positif/faux négatif) est encore faible, de 53 à 88 %". N'y a-t-il pas une coquille?

Si par sensibilité, il est entendu sensitivity, alors c'est le ratio vrais positifs/(vrais positifs + faux négatifs), qui mesure la juste classification d'un individu comme positif par le test PCR quand il est, dans la réalité, positif (et non pas la probabilité de ne pas avoir de diagnostic erroné, ce qui serait l'accuracy, mesurée par (TP+TN)/(TP+TN+FP+FN)). D'ailleurs, la pré-publication sur medRxiv parle de positive rate (un synonyme de sensitivity).