Immunité collective

[BioBen]

pour la phase initiale oui ça fait une différence, mais pas pour la fin asymptotique ...ce que je voulais dire c'est que si on considère que la Suède en a presque fini avec le virus par immunité collective, je ne vois pas pourquoi la Lombardie aurait atteint un taux de mortalité bien supérieur (ou alors ce sont des paramètres démographiques et sociologiques mais les différences ne me semblent pas si importantes).

A la louche, les 7 points de différence de + de 65ans, associés à un taux de mortalité (IFR) de 15%, ça te fait un x1.5 sur le nombre final de décès.
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[Archi3]

oui mais là on parle d'un facteur 3 ... ça me parait quand même bizarre cette mortalité annoncée avec 30 % de contaminés alors qu'on parle de 4% en France ...

[yves95210]

oui mais là on parle d'un facteur 3 ... ça me parait quand même bizarre cette mortalité annoncée avec 30 % de contaminés alors qu'on parle de 4% en France ...

Il vaut effectivement mieux comparer avec la France qu'avec la Lombardie où la capacité des hôpitaux a été dépassée et où l'IFR est sans-doute supérieure, mais mal connu. Es-tu d'accord avec le calcul que j'ai fait dans le message #26 ?

[Archi3]

ben moi j'avais plutot lu 1700 décès dans le comté de Stockholm...

Sur wiki ils en annoncent 1463 au 7 mai : https://en.wikipedia.org/wiki/COVID-...emic_in_Sweden

On est autour de 0,6 par 1000 ce qui est quand même élevé ( équivalent à 40 000 décès en France). Si il n'y a pas eu débordement des services de santé, c'est probablement qu'ils avaient un équipement suffisant, ou bien qu'ils ont simplement laissé plus de gens mourir dans leur lit sans les hospitaliser (ce qui est une manière très simple et très efficace de ne pas déborder les systèmes de santé, d'ailleurs c'est la méthode traditionnelle de l'humanité avant cette épidémie).

[yves95210]

ben moi j'avais plutot lu 1700 décès dans le comté de Stockholm...

Je pense que tu n'as pas lu complètement mon message, ou que je n'ai pas été assez clair :
j'ai pris en compte le fait que 50% des décès comptabilisés en Suède ont eu lieu dans les maisons de retraite, en particulier dans le comté de Stockholm.
Sur les environ 1700 décès au 11 mai, il reste donc 800 à 900 décès à l'hôpital.
Si il y a effectivement 25% d'infectés dans la population du comté (2,35 millions), ça en fait 587000.
D'où un IFR d'environ 0,15% dans la population hors maisons de retraite.

(en incluant les infections et les décès en maison de retraite ça doit pratiquement doubler cet IFR, mais ce n'est pas ça qui m'intéressait).

Cela ne peut s'expliquer que par une moindre proportion de cas critiques parmi les patients hospitalisés, d'où ma conclusion : les plus de 70 ans y sont certainement sous-représentés.
Plutôt que d'imaginer que les Suédois laissent mourir les personnes âgées à leur domicile (et ne comptabilisent pas leurs décès), ça me semble plus plausible d'y voir la conséquence de la recommandation faite aux personnes vulnérables de s'auto-confiner, qui a permis qu'elles soient moins touchées par l'épidémie.

[Archi3]

ah oui d'accord excuse moi .
Ce serait intéressant néanmoins de voir une mortalité par classe d'âge, car Ben et toi offrez deux explications différentes : les personnes âgées étaient mieux protégées, ou bien simplement elles sont moins nombreuses dans la population (il ,n'est bien sûr pas exclus que ce soit les deux en même temps).

[invite51d17075]

le chiffres ( wiki ) du jour pour la suède:
Confirmés : 28582 ( +773 )
Guérisons : 4971
Décès : 3529 ( +69 )

Ce n'est pas franchement miraculeux !
D'autant que les courbes ne fléchissent pas.
Je remarque qu'il y a un grand % de confirmés qui ne sont ni mort , ni guéris...
Ce qui est normal , mais qui ne permet pas d'avoir une vision d'avenir.

ps: je n'ai jamais compris d'où sortaient les estimations du % d'immunisés et donc des prévisions de date d'immunité collective.

[yves95210]

Tu cherches la petite bête

ça m'aurait étonné de trouver une grosse différence avec la France, mais voici la confirmation (-1% de moins de 15 ans, +1,5% de plus de 65 ans en Suède). Un poil plus de personnes âgées en Suède, donc.

Démographie Suède :

Age structure
0-14 years: 17.54%
15-24 years: 11.06%
25-54 years: 39.37%
55-64 years: 11.67%
65 years and over: 20.37%

Median age
total: 41.1 years.
male: 40.1 years
female: 42.2 years

Démographie France :

Âge médian
total : 41,5 ans
hommes : 39,7 ans
femmes : 43,2 ans

Structure par âge
0-14 ans : 18,5 %
15-64 ans : 62,7 %
65 ans et plus : 18,8 %

La page wikipedia Démographie de la France ne donne pas le détail pour les tranches d'âge entre 15 et 64 ans, mais vu le peu de différence globale, j'ai la flemme de faire le calcul à partir d'une autres source (fichier INSEE par tranches de 5 ans).

[yves95210]

le chiffres ( wiki ) du jour pour la suède:
Confirmés : 28582 ( +773 )
Guérisons : 4971
Décès : 3529 ( +69 )

Ce n'est pas franchement miraculeux !

Tu ne nous apprends rien, et ce n'est pas ça le sujet ici. Mais ça fait quand-même une létalité inférieure à celle en France. Surtout en comparant les chiffres hors décès en maisons de retraite comme je l'ai fait plus haut.

D'autant que les courbes ne fléchissent pas.

Si, quand-même.

Je remarque qu'il y a un grand % de confirmés qui ne sont ni mort , ni guéris...
Ce qui est normal , mais qui ne permet pas d'avoir une vision d'avenir.

C'est un peu pareil dans tous les pays. En fait seule la courbe des décès permet de s'y retrouver (avec un retard de plusieurs semaines par rapport aux dates de contamination).

ps: je n'ai jamais compris d'où sortaient les estimations du % d'immunisés et donc des prévisions de date d'immunité collective.

En Suède je ne sais pas (il faudrait trouver une publication des épidémiologistes locaux).
En France, voici la publication des estimations faites par les épidémiologistes de l'institut Pasteur (et autres); ça te permettra de voir comment ils procèdent.

Mais ça serait bien que ces estimations soient confirmées par une étude sérologique à grande échelle, sur un échantillon représentatif de la population (géographie, tranches d'âge, sexe, etc.). Je suppose que ça va venir bientôt.

Quant à la prévision de date d'immunité collective (et donc du % d'infectés auquel cette immunité est atteinte), justement c'est plutôt ça l'objet de ce fil. Cf. le premier message de Bioben.
En fait l'idée générale est que dans une population hétérogène, avec des taux de reproduction très différents entre les sous-groupes, la formule classique 1-1/Ro surestime la valeur du seuil d'immunité. Cf. le début de la discussion, avant qu'on dévie quelque-peu du sujet initial.

D'où l'éventuel succès de la stratégie suédoise (même si ce n'était pas officiellement son but au départ) consistant à recommander aux personnes vulnérables de s'auto-confiner et à se contenter de mesures de distanciation pour le reste de la population (à commencer par la généralisation du télétravail, 50%) : l'immunité collective pourrait être atteinte assez vite dans la partie de la population non confinée avec une létalité relativement faible (0,15% selon mon calcul), ce qui fera rapidement baisser la circulation du virus. Jusqu'au moment où les personnes vulnérables pourront sortir de leur confinement volontaire...

[invite51d17075]

Tu ne nous apprends rien, et ce n'est pas ça le sujet ici.

Si, quand-même.

ben, je suis parti de là:
https://www.google.com/search?client...%C3%A8de+bilan
mais OK, ce n'est pas le sujet principal.
reste que la stratégie est peut être payante, mais ce qui me "gène", c'est l'incertitude sur le % d'infectés actuel, et donc sur les prévisions de sortie.
et là, on est dans le sujet.

[yves95210]

ben, je suis parti de là:
https://www.google.com/search?client...%C3%A8de+bilan

Remarque, je t'ai répondu un peu à côté de la plaque : vu de Suède ce n'est pas choquant que le nombre quotidien de nouveaux cas ne baisse pas (ou peu). S'il baissait trop vite l'immunité collective ne serait plus qu'un objectif lointain.

reste que la stratégie est peut être payante, mais ce qui me "gène", c'est l'incertitude sur le % d'infectés actuel, et donc sur les prévisions de sortie.
et là, on est dans le sujet.

D'accord avec toi. L'étude française donne une estimation de 4.4% mais avec un intervalle de confiance à 95% très large [2.8–7.2].

Je ne sais pas si les épidémiologistes suédois ont les moyens de faire une estimation plus précise. A défaut les 25% dans la région de Stockholm annoncés début mai sont à prendre avec quelques pincettes.
(J'ai bien trouvé un papier sur le sujet, ça a l'air intéressant mais c'est en suédois... Mais j'ai remarqué que les intervalles de confiance indiqués sont tout aussi larges que dans l'étude française).

Tout ce qu'on peut dire c'est que le % d'infectés dans le comté de Stockholm est beaucoup plus élevé qu'en France. Mais si ça se trouve, pas tellement plus élevé qu'en Ile-de-France : 9.9% [6.6 - 15.7].
Mais il faudrait savoir pourquoi les résultats de l'étude française ont été revus à la baisse depuis sa prépublication par l'institut Pasteur. J'ai bien une idée mais ça serait trop long de développer ici. Dans la version prépubliée, le résultat pour la France était 5.7% [3.5 - 10.3], et pour l'Ile-de-France 12.3% [7.9 - 21.3].

Ceci dit, le fait que le nombre de nouveaux cas soit en baisse à Stockholm sans qu'aucune nouvelle mesure ait été prise (et pas de confinement) va plutôt dans le sens d'un % d'infectés se rapprochant du seuil d'immunité collective, celui-ci pouvant d'ailleurs être bien inférieur au seuil "naïf" 1-1/Ro calculé pour une population parfaitement homogène (cf. le début de cette discussion et le lien posté par Bioben dans son premier message).

[JPL]

Je remarque qu'il y a un grand % de confirmés qui ne sont ni mort , ni guéris...

Ce sont des chats

[yves95210]

Ce sont des chats

Bien joué

[JPL]

Un peu de légèreté dans un sujet qui est généralement traité de façon quelque peu désespérante.

[invite51d17075]

Un peu de légèreté dans un sujet qui est généralement traité de façon quelque peu désespérante.

pas celui-ci, je trouve ( pour une fois ).
parce qu'il est plutôt "technique".?
parce que l'issue de la stratégie suédoise sera très intéressante, dans l'hypothèse ( probable ) où on serait de nouveau confronté à une situation comparable.
ps : même si cette stratégie ( si elle s'avère meilleure ) n'est forcement pas re-transposable partout.

[yves95210]

Je ne sais pas si les épidémiologistes suédois ont les moyens de faire une estimation plus précise. A défaut les 25% dans la région de Stockholm annoncés début mai sont à prendre avec quelques pincettes.
(J'ai bien trouvé un papier sur le sujet, ça a l'air intéressant mais c'est en suédois... Mais j'ai remarqué que les intervalles de confiance indiqués sont tout aussi larges que dans l'étude française).

Un petit coup de traducteur en ligne... En fait l'estimation du % d'infectés est basée sur une enquête :

Des personnes recrutées au hasard dans le comté de Stockholm ont effectué un auto-échantillonnage covid-19 entre le 27 mars et le 3 avril. Nous utilisons les résultats de cette étude pour calibrer notre modèle et obtenir une estimation de la taille de la figure sombre.
Au total, 18 des 707 personnes testées étaient positives dans l'étude. Le pourcentage pondéré de positifs était de 2,5% (IC à 95% [1,4% - 4,2%]).

Le papier en déduit un pourcentage très élevé de cas non rapportés (98,7%) - ou dit autrement, que les cas confirmés ne représentent que 1,3% du nombre total d'infectés.
Pour le reste, les auteurs ont utilisé le modèle SEIR classique dans 3 scénarios (3 valeurs de l'infectiosité), avec un R_effectif estimé d'après les données au 10 avril, légèrement inférieur à 1 (de 0,92 à 0,98 suivant l'infectiosité, mais avec une incertitude de 20 à 30%...).

Tout ça me paraît moyennement fiable.

Je ne sais pas si il y a eu d'autres études depuis (en particulier une nouvelle enquête par test PCR sur un échantillon de la population), permettant aux épidémiologistes suédois de confirmer ce fameux taux de 25% d'infectés au 1er mai. Mais je suppose que les premières annonces étaient basées sur ce papier de l'Agence de Santé Publique suédoise (Folkhalsomyndigheten)

[yves95210]

Pour ceux que ça intéressent, j'ai trouvé la version anglaise de la publication suédoise ci-dessus. Un peu plus facile à lire...

[invite51d17075]

merci !
donc, il s'agit d'un test statistique sur le comté de Stockholm.
mais comment est-on passé de 2,5% à 25% ?
il y a certainement eu une autre étude depuis comme tu le supposes aussi.
( pas simplement une extrapolation théorique )

[yves95210]

Pour revenir au sujet initial du fil, voici une (pré)publication qui me semble intéressante :
Individual variation in susceptibility or exposure to SARS-CoV-2 lowers the herd immunity threshold

Résumé en une phrase :

Models that curtail individual variation in susceptibility or exposure to infection overestimate epidemic sizes and herd immunity thresholds

et en plus long :

Here we demonstrate that individual variation in susceptibility or exposure (connectivity) accelerates the acquisition of immunity in populations due to selection by the force of infection. More susceptible and more connected individuals have a higher propensity to be infected and thus are likely to become immune earlier. Due to this selective immunization, heterogeneous populations require less infections to cross their herd immunity thresholds (HITs) than homogeneous (or not sufficiently heterogeneous) models would suggest. We integrate continuous distributions of susceptibility or connectivity in otherwise basic epidemic models for COVID-19 and show that as the coefficient of variation (CV) increases from 0 to 4, the herd immunity threshold declines from over 60% (4, 5) to less than 10%. Measures of individual variation are urgently needed to narrow the estimated ranges of HITs and plan accordingly.

[yves95210]

donc, il s'agit d'un test statistique sur le comté de Stockholm.
mais comment est-on passé de 2,5% à 25% ?

En appliquant le modèle SEIR. Donc, comme tu dis, une extrapolation théorique.

il y a certainement eu une autre étude depuis comme tu le supposes aussi.

Rien trouvé d'autre que cette publication...

Mais les autorités suédoises insistent sur le fait que leur stratégie n'était pas basée sur l'immunité collective. Celle-ci ne serait qu'un "bénéfice collatéral" des mesures prises pour atténuer les effets de l'épidémie et protéger leur système de santé. Comme leur stratégie semble fonctionner jusqu'à présent (sans dégâts exagérés à part dans les maisons de retraite), elles n'ont pas l'intention d'en changer.
Ce n'est donc pas choquant que jusqu'à présent elles n'aient pas plus investi dans une étude cherchant à mesurer le taux d'immunité dans la population - ce qui devrait être plus aisé maintenant que des tests sérologiques à peu près fiables (au moins statistiquement) sont disponibles.

Si le seuil d'immunité collective est effectivement bien plus bas que les 60 à 70% évoqués un peu partout, les Suédois auront peut-être eu raison, même si c'est plus un coup de bol qu'autre chose : les pays qui ont confiné leur population sont encore loin de ce seuil et risquent de subir une seconde vague, à moins de maintenir des mesures très contraignantes pendant longtemps.

[BioBen]

Pour revenir au sujet initial du fil, voici une (pré)publication qui me semble intéressante :
Individual variation in susceptibility or exposure to SARS-CoV-2 lowers the herd immunity threshold

Merci c'est intéressant.

La différence qu'ils font pour le calcul du seuil entre un programme de vaccination et une épidémie est pertinente. Comme on est plus habitués aux vaccinations qu'aux épidémies, on dirait que le réflexe est toujours d'utiliser 1-1/Ro mais, comme le montre le papier, c'est potentielle une grosse surestimation.

[BioBen]

Dans ce papier de Cell : https://www.cell.com/cell/fulltext/S...674(20)30610-3

Detecting SARS2-reactive T cells in ~50% of unexposed people suggests cross-reactive T cell recognition between circulating ‘common cold’ coronaviruses and SARS-CoV-2. This might influence susceptibility to COVID-19 disease.
https://twitter.com/profshanecrotty/...53426475003904

Bref, comme on pouvait s'y attendre, la population n'est pas homogène

[yves95210]

Salut,

J'ai fait une petite simulation sur un cas concret, au hasard celui de la Suède à partir du 11 mars (date de l'intervention, avec mesures de distanciation, fermeture des établissements scolaires secondaires et supérieurs, incitation au télétravail, recommandation aux personnes vulnérable de limiter les contacts).

J'ai utilisé un modèle SIR, ou plutôt 3 instances du modèle, chacune pour une partie de la population (10 millions au total):
S1=1,5 million, moins 5000 "I1" (Infected) et 500 "R1" (Removed) au 11 mars, avec Ro=2,5
S2=6 millions, moins 10000 "I2" et 1000 "R2", avec Ro=1,4
S3=2,5 millions, moins 4000 "I3" et 400 "R3", avec Ro=0,8
Pour tous, la durée dans le compartiment I est de 8 jours.

Ces chiffres sont choisis à la louche mais tout à fait au hasard : les 6 millions sont censés correspondre à la moitié des actifs qui sont effectivement en télétravail, plus une partie de ceux qui ne le sont pas (mais ont assez peu de contacts dans leur emploi et/ou n'utilisent pas les transports en communs), plus les lycéens et étudiants. Je vous laisse déduire à quoi correspondent les deux autres sous-populations.
Les valeurs de I et R sont à peu près réalistes par rapport au nombre total de cas confirmés (620 le 11 mars), en supposant que, comme en France, il s'agit essentiellement des cas graves, hospitalisés pour la plupart (en France leur proportion est estimée à 3,6% du nombre total de cas).

Je n'ai pas considéré d'interaction entre les 3 groupes (trop compliqué pour moi), mais ça ne doit pas changer fondamentalement la dynamique : chaque membre du compartiment I1 a plus de probabilité de contaminer un membre de S2 que l'inverse, mais l'effectif du groupe 1 est plus faible que celui du groupe 2, ce qui doit plus ou moins compenser cet effet. Et le Ro du groupe 3 est relativement élevé pour tenir compte de ses interactions avec les autres groupes, l'auto-confinement des personnes âgées étant moins strict que ce que nous avons connu en France même s'il est apparemment bien suivi.

De toute façon le but n'est pas de faire une prédiction exacte, mais juste d'illustrer ce que donne un modèle même très simple avec une population hétérogène (mais considérée comme homogène dans chacun des 3 groupes). Voici ce que ça donne :

Simu_SIR_3_compartiments.JPG

Le R_eff(t), calculé sur l'ensemble de la population, part de environ 1,5 pour monter à un peu plus de 2 (avant que le premier groupe atteigne le seuil d'immunité collective) puis rapidement redescendre aux alentours de 1, et même un peu en-dessous (entre la mi-avril et mi-mai) puis remonter progressivement, la deuxième vague visible sur le graphique correspondant à la phase où le deuxième groupe approche de l'immunité collective. Ensuite R_eff(t) redescend un peu puis reste stable à environ 1,2 jusqu'à t₀+1 an.
Le nombre quotidien de nouveaux cas tombe à quelques dizaines en novembre, ce qui devrait permettre de relâcher les efforts : même si R_eff(t) remonte alors à 2,5, avec un nombre de cas aussi faible la situation peut être maîtrisée sans problème.

Avec une létalité "réaliste" de 0,08% pour les deux premiers groupes et de 3% pour le troisième, la courbe des décès colle pas mal avec celle publiée par les autorités suédoises jusqu'à mi-mai (en retirant les 50% de décès dans les maisons de retraite). Au bout d'un an le nombre total de décès hors maisons de retraite se situe entre 4000 et 4500.

Simu_SIR_3_compartiments_dc.JPG

Espérons pour les Suédois que cette simulation basique ne soit pas trop éloignée de la (future) réalité. En tout cas je ne pense pas avoir pris des valeurs de Ro trop optimistes : en France R(t) avant le confinement a été estimé à environ 3, et pendant le confinement à moins de 0,7.

L'inconvénient de la stratégie suédoise (si elle est pas trop mal représentée par ce modèle) est visible sur le graphique : la grande majorité des décès attendus auront lieu avant la fin de l'été, ce qui gonflera évidemment le taux de mortalité (en % de la population) par rapport aux pays ayant choisi le confinement (sous réserve que ceux-ci n'aient pas à affronter rapidement une deuxième vague).
Si un traitement permettant de réduire la létalité du Covid est disponible dans deux ou trois mois, la mortalité due au Covid en Suède sera finalement plus élevée. Mais sinon, les Suédois auront moins à craindre une deuxième vague l'automne et l'hiver prochain, puisque la partie active de leur population sera largement immunisée (sous réserve que l'immunité acquise dure au moins 6 mois).
Bref, ça fait beaucoup de "si" et de "sous réserve". Le bilan ne pourra être fait qu'en 2021.

[Archi3]

une hypothèse défendue par certains : il pourrait y avoir une immunité croisée développée contre d'autres coronavirus qui protégerait une partie de la population :

https://www.francetvinfo.fr/sante/ma...s_3977427.html

Cela pourrait baisser sensiblement le seuil d'immunité acquise nécessaire pour stopper la propagation de l'épidémie, ce qui serait une très bonne nouvelle car finalement dans les régions les plus touchées, on pourrait l'avoir déjà atteinte avec des mesures de distanciation relativement simples et pas trop catastrophiques pour la société.

[Flyingbike]

Je rajoute la vraie source
https://www.cell.com/cell/fulltext/S...674(20)30610-3

[yves95210]

Salut,

Si un pourcentage important de la population est protégé par une immunité croisée, comment expliquer certains "clusters", par exemple le porte-avion CdG où 65% des marins ont été infectés (PCR+) ?
Peut-être par le fait qu'il s'agit d'une population moins exposée à d'autres coronavirus dans les mois précédents ?

Mais il me semble que cette hypothèse ne s'applique pas au cluster de Crépy-en-Valois, où les tests sérologiques ont révélé que plus de 40% des personnes fréquentant le lycée ont été infectées (autour de 40% des lycéens et enseignants, près de 60% dans le personnel non enseignant).
Ceci dit, c'est peut-être dû aux biais de cette étude : moins de la moitié des personnes contactées ayant accepté d'y participer, il est probable que celles ayant eu des symptômes leur faisant penser qu'elles avaient pu être atteintes par le Covid étaient sur-représentées (*).
La faible proportion de séropositifs (11%) parmi les parents et frères et sœurs des lycéens, pourtant fortement exposés, pourrait alors être expliquée par une immunité partielle ?
(*) ça serait d'ailleurs intéressant de regarder la corrélation entre le % de séropositifs et le % de participants à l'étude parmi les 3 groupes concernés (lycéens, enseignants, autres personnels), mais il faudrait connaître l'effectif de chacun des groupes, que l'étude ne mentionne pas.