Groupement de tests

[FDFD]

Bonjour à tous,


Je m'étonne que les autorités sanitaires n'aient pas encore mis en œuvre le principe des tests Covid par groupes de 10 personnes afin d'en réduire les coûts et en même temps de réduire le temps d'occupation des machines. Seules les personnes appartenant à un groupe positif seraient ensuite testées individuellement. Par contre l'écouvillonnage reste l'étape limitante.

J'ai lu que ce principe avait été utilisé pour d'autres maladies.
Quels sont les freins dans le cas du covid ?


Cette méthode pourrait également fonctionner avec les tests salivaires avec encore plus d'intérêt car l'étape de prélèvement salivaire est plus simple que l'écouvillonnage.

Malheureusement les tests salivaires sont moins sensibles, avec 30% de faux négatifs.
Là encore ne serait-il pas possible de grouper deux prélèvements d'une même personne effectués sur deux jours, afin de réduire cette erreur ?.... évidemment dans le cas des entreprises à risques (abattoirs, lieux confinés..) où les employés reviennent travailler tous les jours et acceptent facilement le prélèvement salivaire (rapide et non douloureux)

Cordialement
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[minushabens]

Je m'étonne que les autorités sanitaires n'aient pas encore mis en œuvre le principe des tests Covid par groupes de 10 personnes afin d'en réduire les coûts et en même temps de réduire le temps d'occupation des machines. Seules les personnes appartenant à un groupe positif seraient ensuite testées individuellement. Par contre l'écouvillonnage reste l'étape limitante.

cette stratégie est bien connue, elle ne permet de réduire les coûts que si la proportion de positifs est faible, bien en-dessous de 10% si les prélèvements sont groupés par 10. Elle a l'inconvénient de diluer l'ARN viral et donc rend la détection plus difficile (elle augmente le nombre de faux négatifs).

[FDFD]

Bonjour @minushabens

Pour l'instant le taux de positivité est en général de quelques %, ce qui en justifie tout à fait l'intérêt.

Pour ce qui concerne la dilution, c'est vrai dans une version de base de la méthode...mais on peut aussi reconcentrer par évaporation les éluats récupérés des 10 écouvillons.

Pour cela il faudrait concevoir un petit appareil dans lequel on mettrait les dix écouvillons et qui concentrerait la matière organique dans le format d'un seul écouvillon. On serait alors ramené au problème précédent...

Mais est-ce facile de concevoir et fabriquer un tel dispositif ?

[minushabens]

je pense que si cette méthodologie n'est pas utilisée il doit y avoir une bonne raison. A mon avis elle n'est intéressante que si tu veux estimer la prévalence de l'infection, que tu disposes d'un vaste échantillonage dès le début, que tu n'es pas pressé et que tu n'as pas à informer les patients sur leur statut infectieux. Si tu reçois les prélèvements "au fil de l'eau" et qu'il te faut rendre des résultats individuels rapidement, c'est moins facile à mettre en oeuvre. Il ne faut pas négliger le coût des manipulations (aliquotage puis, mélange des prélèvements, conservation en vue d'un second passage en PCR) et le risque augmenté d'erreurs (à cause de la dilution mais aussi risque de mauvaise attribution des résultats).

[A voir en vidéo sur Futura]

[minushabens]

j'ajoute que le problème de dilution en question ne concerne pas le volume d'ARN par rapport au volume du prélèvement, mais la quantité d'ARN viral par rapport à l'ARN total. Les cellules humaines (et autres) sont pleines d'ARN, et déjà dans le prélèvement d'un seul humain infecté il doit y avoir une part très faible d'ARN viral.

[Flyingbike]

j'ajoute que le problème de dilution en question ne concerne pas le volume d'ARN par rapport au volume du prélèvement, mais la quantité d'ARN viral par rapport à l'ARN total. Les cellules humaines (et autres) sont pleines d'ARN, et déjà dans le prélèvement d'un seul humain infecté il doit y avoir une part très faible d'ARN viral.

Oui, en effet. Détecter de l’arn dans quelque chose de propre est facile (la sensibilité théorique est 1 copie). Le rapport signal bruit ne sera pas amélioré par la «*concentration*» des échantillons. Pas nécessairement à cause des autres ARN, mais aussi de «*«*tout le reste*»
Cette méthode de pool n’est pas applicable dans ce cas pour les raisons expliquées par minushabens.

[FDFD]

OK, compris.
Merci pour vos explications.

[FDFD]

Toutefois, voici un lien qui montre que l'idée n'est pas morte....
https://www.capital.fr/entreprises-m...rofins-1377209

[Flyingbike]

en effet. Mais ils ne groupent que 5 tests. Sur des tests ciblés ou même seulement 10% est positif, ça ne doit pas être si rentable.

Dommage, il n'y a pas d'infos précises. Car "grande spécificité" c'est indéniable, "grande sensibilité" c'est moins évident.

[FDFD]

La limitation à 5 tests est sans doute due aux raisons que vous évoquiez. Il est sans doute urgent de rester prudent sur la sensibilité...

Mais alors est-ce bien la même technique utilisée pour caractériser la quantité de virus dans les eaux usées ?

[Flyingbike]

https://www.eurofins-biomnis.com/faq/

Réglementation sur la technique du pooling

La crise sanitaire provoquée par le COVID-19 et la pénurie de réactifs et de consommables pour réaliser la RT-PCR a amené les chercheurs du monde entier à réfléchir à des solutions alternatives. Parmi celles-ci le « pooling » est une pratique qui consiste à tester simultanément plusieurs échantillons et en cas de positivité du pool à reprendre individuellement l’ensemble des échantillons de ce pool testé positif et cela afin de limiter la consommation de réactifs.
Parmi les pays qui pratiquent le pooling nous trouvons l’Allemagne et plus récemment les USA. C’est à ce titre que Eurofins Viracor dans le Missouri a mis à profit ce procédé selon les recommandations définies par la FDA.
En revanche le laboratoire Eurofins Biomnis n’a jamais utilisé le pooling car cette pratique n’est pas autorisée en France. Chaque test de RT-PCR est traité et analysé individuellement selon un processus parfaitement maîtrisé et conforme aux exigences des autorités de santé et de la norme ISO 15189.

[FDFD]

Merci, c'est intéressant !

[minushabens]

donc c'est une question de règlementation. Si ça se pratique aux Etats-Unis et en Allemagne c'est que ça ne doit pas marcher si mal finalement.