LE variant digne d'un film pourrait il frapper ?

[MissJenny]

c'est intéressant sur le site nextstrain de comparer les phylogénies des différents virus (menue déroulant "dataset"). La phylogénie du sars-cov2 est typique d'une population en expansion rapide.
-----

[FabiFlam]

Bonjour

Il semblerait qu'outre les variants on ait également identifié plusieurs recombinants. Ce n'est pas une bonne nouvelle car la probabilité de recombinaison du SARS-cov2 avec d'autres virus avait au départ été jugée assez faible. On voit à présent qu'elle est probablement bien plus élevée.

FabiFlam

[MissJenny]

mais s'agit-il de recombinants avec un autre virus ou bien de recombinants entre variants? Il y a eu un papier de l'équipe de Balloux qui disait ne pas avoir trouvé de signal de recombinaison, mais c'était au début de l'épidémie. Plus il y a de porteurs du virus plus il y a de chances qu'un même individu porte deux variants séparés qui peuvent éventuellement recombiner.

pour ceux que ça intéresse, on repère la recombinaison en découpant un segment du génome (dans les banques de données pas dans la vraie vie) et en calculant une phylogénie de ce segment. si elle diverge suffisamment de la phylogénie reconstruite sur le reste du génome on en déduit qu'il y a eu un événement de recombinaison.